Search
dr inż. Krzysztof Ocetkiewicz
Employment
- Projektant systemów informatycznych at Dział Usług Chmurowych
Publications
Filters
total: 26
Catalog Publications
Year 2024
-
Multi-GPU UNRES for scalable coarse-grained simulations of very large protein systems
PublicationGraphical Processor Units (GPUs) are nowadays widely used in all-atom molecular simulations because of the advantage of efficient partitioning of atom pairs between the kernels to compute the contributions to energy and forces, thus enabling the treatment of very large systems. Extension of time- and size-scale of computations is also sought through the development of coarse-grained (CG) models, in which atoms are merged into extended...
-
Multi-GPU-powered UNRES package for physics-based coarse-grained simulations of structure, dynamics, and thermodynamics of protein systems at biological size- and timescales
PublicationCoarse-grained models are nowadays extensively used in biomolecular simulations owing to the tremendous extension of size- and time-scale of simulations. The physics-based UNRES (UNited RESidue) model of proteins developed in our laboratory has only two interaction sites per amino-acid residue (united peptide groups and united side chains) and implicit solvent. However, owing to rigorous physics-based derivation, which enabled...
Year 2023
-
Long‐time scale simulations of virus‐like particles from three human‐norovirus strains
PublicationThe dynamics of the virus like particles (VLPs) corresponding to the GII.4 Houston, GII.2 SMV, and GI.1 Norwalk strains of human noroviruses (HuNoV) that cause gastroenteritis was investigated by means of long-time (about 30 μs in the laboratory timescale) molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field. The main motion of VLP units turned out to be the bending at the junction between the P1 subdomain (that...
-
Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse‐grained simulations to treat large proteins
PublicationWe report major algorithmic improvements of the UNRES package for physics-based coarse-grained simulations of proteins. These include (i) introduction of interaction lists to optimize computations, (ii) transforming the inertia matrix to a pentadiagonal form to reduce computing and memory requirements, (iii) removing explicit angles and dihedral angles from energy expressions and recoding the most time-consuming energy/force terms...
-
UNRES-GPU for Physics-Based Coarse-Grained Simulations of Protein Systems at Biological Time- and Size-Scales
PublicationThe dynamics of the virus like particles (VLPs) corresponding to the GII.4 Houston, GII.2 SMV, and GI.1 Norwalk strains of human noroviruses (HuNoV) that cause gastroenteritis was investigated by means of long-time (about 30 μs in the laboratory timescale) molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field. The main motion of VLP units turned out to be the bending at the junction between the P1 subdomain (that...
Year 2021
-
Improving Clairvoyant: reduction algorithm resilient to imbalanced process arrival patterns
PublicationThe Clairvoyant algorithm proposed in “A novel MPI reduction algorithm resilient to imbalances in process arrival times” was analyzed, commented and improved. The comments concern handling certain edge cases in the original pseudocode and description, i.e., adding another state of a process, improved cache friendliness more precise complexity estimations and some other issues improving the robustness of the algorithm implementation....
-
Interval Edge Coloring of Bipartite Graphs with Small Vertex Degrees
PublicationAn edge coloring of a graph G is called interval edge coloring if for each v ∈ V(G) the set of colors on edges incident to v forms an interval of integers. A graph G is interval colorable if there is an interval coloring of G. For an interval colorable graph G, by the interval chromatic index of G, denoted by χ'_i(G), we mean the smallest number k such that G is interval colorable with k colors. A bipartite graph G is called (α,β)-biregular...
-
Total chromatic sum for trees
PublicationThe total chromatic sum of a graph is the minimum sum of colors (natural numbers) taken over all proper colorings of vertices and edges of a graph. We provide infinite families of trees for which the minimum number of colors to achieve the total chromatic sum is equal to the total chromatic number. We construct infinite families of trees for which these numbers are not equal, disproving the conjecture from 2012.
Year 2017
-
No-Wait & No-Idle Open Shop Minimum Makespan Scheduling with Bioperational Jobs
PublicationIn the open shop scheduling with bioperational jobs each job consists of two unit operations with a delay between the end of the first operation and the beginning of the second one. No-wait requirement enforces that the delay between operations is equal to 0. No-idle means that there is no idle time on any machine. We model this problem by the interval incidentor (1, 1)-coloring (IIR(1, 1)-coloring) of a graph with the minimum...
-
Szeregowanie zadań dwuprocesorowych w systemach otwartych
PublicationW pracy rozważany jest problem szeregowania zadań dwuoperacyjnych w systemie otwartym (open-shop), z kryterium minimalizacji długości harmonogramu oraz sumy czasów zakończenia wszystkich zadań. Zakładając jednostkowe czasy wykonywania operacji można stosować efektywne metody chromatyczne rozwiązywania problemu, poprzez sprowadzenie go do modelu grafowego oraz zastosowanie w nim wybranego modelu kolorowania, które pozwala uzyskać...
Year 2015
-
KOALA Graph Theory Internet Service
PublicationKOALA has been created with the idea of C++ library templates, implementing a broad set of procedures in the fields of algorithmic graph theory and network problems in discreate optimization. During the C2NIWA project, a library has been greatly ectended, the code refactored and enclosed with the internet service available in the public repository of thr project. Today it contains interconnected educational materials in the form...
-
On the independence number of some strong products of cycle-powers
PublicationIn the paper we give some theoretical and computational results on the third strong power of cycle-powers, for example, we have found the independence numbers alpha((C^2_10)^⊠3) = 30 and alpha((C^4 _14)^⊠3) = 14. A number of optimizations have been introduced to improve the running time of our exhaustive algorithm used to establish the independence number of the third strong power of cycle-powers. Moreover, our results establish...
Year 2014
-
Zgred - Zgred Graph Editor
PublicationThe paper presents a graph editor that was developed as a supplementary tool for the Koala graph library. We discuss its requirements, design choices and main ideas behind the implementation. The later part of the paper is meant to be a brief user manual, as we go through the functionality provided by the editor
Year 2013
-
Drugie Igrzyska Akademii ETI
PublicationW sobotę 2 lutego 2013 r. odbyły się drugie Igrzyska Akademii ETI zorganizowane przez Wydział Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki Politechniki Gdańskiej dla uczniów szkół ponadgimnazjalnych regionu. Celem Igrzysk było zwiększenie zainteresowania informatyką młodzieży szkół ponadgimanzjalnych i promocja studiów na Wydziale ETI PG. W tegorocznych Igrzyskach udział wzięli uczniowie z 7 szkół województwa pomorskiego.
-
Partial dominated schedules and minimizing the total completion time of deteriorating jobs
PublicationA problem of scheduling deteriorating jobs on a single processor is considered. The processing time of a job is given by a function pi=ai+bisi, where si is the starting time of the job, ai>=0, bi>=0, for i=1,...,n. Jobs are non-preemptive and independent and there are neither ready times nor deadlines. The goal is to minimize the total weighted completion time. We show how to employ the concept of non-dominated schedules to construct...
Year 2012
-
Igrzyska Akademii ETI : Konkurs dla młodych talentów informatycznych, potencjalnych studentów WETI
PublicationSprawozdanie z pierwszych Igrzysk Akademii ETI, które odbyły się 21 stycznia 2012 r.
Year 2011
-
Jak szybko gasić pożar, czyli przypadek szeregowania zadań czasowozależnych
Publicationartykuł poświęcony jest planowaniu pracy brygad strażackich walczących z pożarami lasu. model matematyczny, który tutaj zastosowano to szeregowanie zadań uwarunkowanych czasowo. przedyskutowano złożoność problemu w przypadku zastosowania dwóch kryteriów optymalizacji: długości harmonogramu i średniego czasu przepływu. pokazano, że w ogólności nie istnieją uszeregowania idealne, zapewniające minimalizację obu kryteriów jednocześnie
-
Szeregowanie zadań uwarunkowanych czasowo
Publicationw pracy przedstawiono wyniki badań nad problemami szeregowania zadań uwarunkowanych czasowo. dla problemu 1|pi=a+bisi|σci przedstawiono nowe heurystyki, przypadek wielomianowy oraz w pełni wielomianowy schemat. wprowadzono koncepcję eliminacji zdominowanych fragmentów harmonogramu, oraz pokazano jak wykorzysta¢ ją do konstrukcji algorytmu dokładnego dla tego problemu, a także jak przy jej pomocy przyspieszy¢ inne algorytmy. następnie...
Year 2010
-
Elimination of dominated partial schedules in scheduling deteriorating jobs
Publicationw artykule rozważany jest problem szeregowania zadań uwarunkowanych czasowo, w notacji trójpolowej opisywany przez 1 | pi = a + bisi | ?ci. wprowadzona jest koncepcja zdominowanych częściowych harmonogramów oraz przedstawiony jest niewielomianowy algorytm dla problemu, który bazuje na eliminacji zdominowanych częściowych harmonogramów. przedstawione są wyniki eksperymentów obliczeniowych, porównujących zaprezentowany algorytm oraz...
-
Scheduling jobs to contain a natural disaster: a model and complexity
Publicationthis paper is devoted to the problem of scheduling suppression units so that a natural disaster is dealt with as efficient as possible. the concept of deteriorating jobs is adopted, that is, the formal model of scheduling represents linearly increasing value loss as the disaster remains unsuppressed and increasing time for its suppression. more precisely, two different goals are considered: finding a suppression schedule of minimal...
Year 2009
-
A FPTAS for minimizing total completion time in a single machine time-dependent scheduling problem
PublicationIn this paper a single machine time-dependent scheduling problem with total completion time criterion is considered. There are given n jobs J1,…,Jn and the processing time pi of the ith job is given by pi=a+bisi, where si is the starting time of the ith job (i=1,…,n),bi is its deterioration rate and a is the common base processing time. If all jobs have deterioration rates different and not smaller than a certain constant u>0,...
-
A new optimal algorithm for a time-dependent scheduling problem
PublicationIn this article a single machine time-dependent scheduling problem with total completion time criterion is considered. There are n given jobs j_1, ..., j_n and the processing time pi of the i-th job is given by p_i = 1 + b_is_i, where si is the starting time of the i-th job, i = 1, ..., n. If all jobs have different and non-zero deterioration rates and bi > bj => bi >= (b_min+1)/(b_min) b_j + 1/b_min, where b_min = min{b_i}, then...
-
Algorytm branch-and-bound dla pewnego problemu szeregowania zadań uwarunkowanych czasowo
PublicationW artykule został przedstawiony algorytm branch-and-bound dla problemu szeregowania zadań uwarunkowanych czasowo 1 | pi = 1 + aisi | sum Ci. Przedstawiono także wyniki eksperymentów komputerowych prezentujących wydajność algorytmu. Zastosowanie przedstawionego algorytmu umożliwia powiększenie "obliczalnych" rozmiarów instancji o 6-10 zadań w stosunku do algorytmu pełnego przeszukiwania.
Year 2008
-
Metaheurystyki w szeregowaniu zadań uwarunkowanych czasowo
Publicationw artykule tym zbadano zastosowanie algorytmów metaheurystycznych w problemach szeregowania zadań uwarunkowanych czasowo. porównano wyniki algorytmu genetycznego, ewolucji różnicowej oraz symulowanego wyżarzania, z reprezentacjami rozwiązania: permutacyjną, opartą o priorytety reguł i kodowaniem przedziałowym, osiągnięte w rozwiązywaniu np-trudnego problemu 1 | pi = ai + bisi | sum wici. gdzie to możliwe, wyniki porównano z rozwiązaniami...
-
W pełni wielomianowy schemat aproksymacyjny dla pewnego problemu szeregowania zadań uwarunkowanych czasowo
Publicationw artykule tym rozważany jest następujący problem szeregowania zadań: dany jest jeden procesor, zbiór zadań j1, ..., jn, czas przetwarzania zadania i wynosi pi = a + bisi, zaś celem jest minimalizacja całkowitego czasu wykonywania zadań. przedstawiony został pełny wielomianowy schemat aproksymacyjny, który, o ile wszystkie współczynniki wydłużania zadań (bi) w instancji problemu są różne i większe od pewnej, ustalonej liczby u,...
Year 2007
-
Porównanie heurystyk dla problemu szeregowania zadań czasowo-zależnych o wspólnym podstawowym czasie wykonywania
PublicationW pracy rozważany jest następujący, jednoprocesorowy problem szeregowania zadań czasowo-zależnych. danych jest n+1 zadań o czasach wykonywania postaci pi = a + bisi, gdzie si oznacza czas rozpoczęcia wykonywania i-tego zadania, a > 0, bi > 0, i = 0, 1, ..., n. wszystkie zadania są niepodzielne i dostępne w chwili t0 = 0. należy znaleźć harmonogram minimalizujący łączny czas zakończenia. w pracy przedstawiono algorytm, który, o...
seen 2329 times