Search
Amplification of a single-locus variable-number direct-repeats with restriction fragment length polymorphism (DR-PCR/RFLP) for genetic typing of Acinetobacter baumannii strains
Abstract
W celu poszukiwania nowych metod typowania genetycznego szczepów Acinetobacter baumannii przydatnych w szpitalnych badaniach epidemiologicznych przeprowadzono analizę dostępnych w banku genów sekwencji szczepów referencyjnych na obecność nowych motywów repetytywnych. Do badania polimorfizmu sekwencji repetytywnych w szczepach Acinetobacter sp. wykorzystano proste powtórzenia typu "direct repeat" (DR) zlokalizowane w jednym miejscu na chromosomie. Produkty amplifikacji PCR poddawano analizie restrykcyjnej (metoda DR-PCR/RFLP). Przebadano 90 szczepów Acinetobacter baumannii, izolowanych od pacjentów Szpitala Klinicznego w Bydgoszczy. Wszystkie szczepy były najpierw typowane z użyciem techniki REA/ApaI/-PFGE. Uzyskano 21 unikalnych typów. Metoda DR-PCR/RFLP wykazała niższą siłą dyskryminacji niż REA-PFGE, wyróżniono 12 klasterów, jednakże może być alternatywną techniką w badaniach epidemiologicznych w szukaniu wewnątrzgatunkowych relacji szczepów A. baumannii.
Authors (5)
-
Alicja Nowak-Zaleska
-
-
Cite as
Full text
- Publication version
- Accepted or Published Version
- License
-
open in new tab
Keywords
Details
- Category:
- Articles
- Type:
- artykuł w czasopiśmie z listy filadelfijskiej
- Published in:
-
Polish Journal of Microbiology
no. 57,
pages 11 - 17,
ISSN: 1733-1331 - Language:
- Polish
- Publication year:
- 2008
- Bibliographic description:
- Nowak-Zaleska A., Krawczyk B., Kotłowski R., Mikucka A., Gospodarek E.: Amplification of a single-locus variable-number direct-repeats with restriction fragment length polymorphism (DR-PCR/RFLP) for genetic typing of Acinetobacter baumannii strains// Polish Journal of Microbiology. -Vol. 57., nr. nr 1 (2008), s.11-17
- Verified by:
- Gdańsk University of Technology
seen 151 times
Recommended for you
PCR-Based Genotyping of Mycobacterium tuberculosis with New GC-Rich Repeated Sequences and IS6110 Inverted Repeats Used as Primers.
- R. Kotłowski,
- I. C. Shamputa,
- N. A. El Aila
- + 4 authors
Ewaluation of a PCR Melting Profile technique for bacterial strain differentiation
- B. Krawczyk,
- A. Samet,
- J. Leibner
- + 1 authors