Search
Department of Physical Chemistry
Publications
Filters
total: 371
Catalog Publications
Year 2013
-
On the Structure and Volumetric Properties of Solvated Lanthanoid(III) Ions in Amide Solutions
PublicationThe coordination chemistry and the volumetric properties of three representative lanthanoid(III) ions lanthanum-(III), gadolinium(III), and lutetium(III) have been studied in three amide solvents with gradually increasing spatial demand upon coordination: N,N-dimethylformamide (dmf)
-
Properties of water in the region between a tubulin dimer and a single motor head of kinesin
PublicationA kinesin is a molecular motor that can perform movement on a microtubule track in a stepping-like manner. This motion is connected with processes of association and dissociation of kinesin and tubulin. Water is an important participant in these kinds of molecular interactions. This is why we have decided to investigate the dynamical and structural properties of water in the region between the kinesin catalytic domain and the tubulin...
-
Prototype of electrochemical sensor for measurements of volatile organic compounds in gases
PublicationThe paper presents a laboratory prototype of an electrochemical sensor for measurements of volatile organic compounds (VOCs) in gases, utilizing ionic liquids and commercial screen printed electrodes by DropSens. The following ionic liquids have been tested as the electrolyte and redox reaction environment: 1-butyl, 3-methylimidazolium dicyanoamide ([BMIM][N(CN)2]), 1-octyl, 3-methylimidazolium tetrafluoroborate ([OMIM][BF4]),...
-
The Effect of Sterols on Amphotericin B Self-Aggregation in a Lipid Bilayer as Revealed by Free Energy Simulations
PublicationAmphotericin B (AmB) is an effective but toxic antifungal drug, known to increase the permeability of the cell membrane, presumably by assembling into transmembrane pores in a sterol-dependent manner. The aggregation of AmB molecules in a phospholipid bilayer is, thus, crucial for the drug’s activity. To provide an insight into the molecular nature of this process, here, we report an atomistic molecular dynamics simulation study...
-
The hydration of the protein stabilizing agents: trimethylamine-N-oxide, glycine and its N-methylderivatives - the volumetric and compressibility studies
PublicationThe densities at T = (288.15, 293.15, 298.15, 303.15, and 308.15) K and sound velocities at T = 298.15 K have been measured for aqueous solutions of trimethylamine-N-oxide, glycine, N-methylglycine (sarcosine), N,N-dimethylglycine, N,N,N-trimethylglycine (betaine). From these data the apparent molar volumes, VΦ, the apparent molar isentropic compressions, KS,Φ, and the solvation numbers of solutes have been determined. The concentration...
-
Understainding solid-phase microextraction: key factors influencing the extraction process and trends in improving the technique
PublicationAnalytical chemists are faced with the daunting challenges of accurately monitoring the state of the environment and the processes taking place in it and of determining an enormous range of analytes often present in trace and ultratrace amounts in sample matrixes with complex or variable compositions. Further challenges are presented by the need to introduce new methodologies into current analytical practice and equipment to comply...
-
Volumetric properties of zinc(II) chloride in N,N-dimethylacetamide and dimethylsulfoxide
PublicationW oparciu o pomiary gęstości szeregu równomolarnych mieszanin soli Zn(ClO4)2 -ZnCl2 wyznaczono pozorne objętości molowe kompleksów powstających podczas kompleksowania jonów cynku jonami chlorkowymi w dimetylosulfotlenku i N,N-dimetyloacetamidzie w 298.15 K. Uzyskane wyniki jednoznacznie wskazują na to, że w N,N-dimetyloacetamidzie wszystkie kompleksy chlorkowe jonów cynku(II) są czterokoordynacyjne. W dimetlosulfotlenku natomiast...
Year 2012
-
A coordination chemistry study of hydrated and solvated cationic vanadium ions in oxidation states +III, +IV, and +V in solution and solid state
PublicationPrzedmiotem studiów jest chemia koordynacyjna solwatów jonów wanadu(III), oksowanadu(IV) jaki i dioksowanadu(V) w rozpuszczalnikach tlenowo-donorowych takich jak: woda, dimetylosulfotlenek (DMSO) oraz N,N'-dimetylopropylenomocznik (DMPU). Badania prowadzone były w roztworach ciekłych jak i w fazie stałej z wykorzystaniem absorpcji (EXAFS), rozproszenia (LAXS) jak i dyfrakcji promieniowania X. Analiza uzyskanych wyników wskazuje,...
-
Apparent molar volumes and compressibilities of electrolytes and ions in gamma-butyrolactone
PublicationW oparciu o zmierzone wartości gęstości roztworów i rozpuszczalnika w temperaturach od 15 do 40oC wyznaczono pozorne molowe objętości bromku litu, nadchloranu litu, nadchloranu sodu, tetrafenyloboranu sodu oraz bromku tetrafenylofosfoniowego w gamma-butyrolaktonie. Ponadto, wyznaczone prędkości rozchodzenia się dźwięku w 25oC w badanych układach pozwoliły obliczyć pozorne molowe ściśliwości wybranej grupy soli. Uzyskane (w wyniku...
-
Apparent Molar Volumes and Compressibilities of Lanthanum, Gadolinium and Lutetium trifluoromethanesulfonates in Dimethylsulfoxide
PublicationZmierzono gęstości roztworów trifluorometanosulfonianów lantanu, gadolinu i lutetu w dimetylosulfotlenku w zakresie temperatur 293,15 -333,15 K. W oparciu o uzyskane wartości gęstości wyznaczono pozorne objętości molowe, cząstkowe objętości molowe oraz rozszerzalności izobaryczne. Dodatkowo zmierzono szybkości rozchodzenia się dźwięku w badanych roztworach w 298,15 K i wyznaczono pozorne ściśliwości molowe trifluorometanosulfonianów...
-
Application of the tetraphenylphosphonium tetraphenylborate (TPTB) assumption to the thermodynamic properties of solvated ions in dimethylsulfoxide
PublicationW niniejszej pracy za pomocą spektroskopii ATR FTIR sprawdzano możliwość zastosowania tetrafenyloboranu tetrafenylofosfoniowego w metodzie elektrolitu wzorcowego, służącej do podziału wielkości termodynamicznych elektrolitów w dimetylosulfotlenku na udziały jonowe. Jednoznacznie stwierdzono, że poza termodynamiczne założenie o identycznych oddziaływaniach jonów w elektrolicie wzorcowym z cząsteczkami DMSO jest nieprawdziwe. Uzyskane...
-
Characteristics of hydration water around hen egg lysozyme as the protein model in aqueous solution. FTIR spectroscopy and molecular dynamics simulation
PublicationW niniejszej pracy przedstawiono wyniki badań dotyczące hydratacji białka modelowego - lizozymu z jaja kurzego w roztworze wodnym. Wiodącą techniką stosowaną w badaniach była spektroskopia oscylacyjna FTIR z zastosowaniem techniki rozcieńczenia izotopowego wody półciężkiej HDO w roztworze wody zwykłej. Analiza widma HDO przy pomocy "metody widm zaburzonych" pozwoliła na wyizolowanie widma wody zaburzonej przez lizozym, a tym samym...
-
Chemometric Method of Spectra Analysis Leading to Isolation of Lysozyme and CtDNA Spectra Affected by Osmolytes
PublicationW niniejszej pracy zaprezentowana została chemometryczna metoda analizy danych widmowych, prowadząca do wyizolowania widm FTIR biomakrocząsteczek (lizozymu z białka jaja kurzego i ctDNA) zaburzonych przez wybrane osmolity (TMAO, betainę) w roztworach wodnych. Została ona oparta na metodzie widm różnicowych, wykorzystywanej pierwotnie do określania struktury rozpuszczalnika wokół cząsteczek substancji rozpuszczonej. Cykliczne wykorzystanie...
-
Densimetric and ultrasonic characterization of pentaerythritol in water and in aqueous NaCl and MgCl2 solutions at different temperatures
PublicationZmierzono gęstości dla serii roztworów pentaerytritolu w czystej w wodzie jak i w wodnych roztworach NaCl i MgCl2 zawierających stałą ilość soli. Pomiary wykonano dla trzech różnych zawartości NaCl i MgCl2 w sześciu rożnych temperaturch w przedziale od 20oC do 40oC. Ponadto wyznaczono szybkości rozchodzenia się dźwięku w przygotowanych roztworach dla dwóch temperatur (25 i 37oC). W oparciu o uzyskane wielkości obliczono pozorne...
-
Densimetric and ultrasonic characterization of urea and its derivatives in water
PublicationW oparciu o pomiary gęstości dla serii roztworów jak i rozpuszczalnika wykonanych w temperaturach 15, 20, 25, 30 i 35oC wyznaczono pozorne molowe objętości mocznika, N-metylomocznika, N,N'-dimetylomocznika, N,N,N',N'-tetrametylomocznika, N-etylomocznika, N,N'-dietylomocznika jak i N-butylomocznika w wodzie. Dodatkowe pomiary szybkości dźwięku przeprowadzone w temperaturze 25oC pozwoliły obliczyć ściśliwości adiabatyczne, pozorne...
-
Determination of volatile organic compounds using solventless sample preparation techniques and gas chromatography
PublicationIn this paper the latest advances in the determination of volatile organic compounds using solvent-free extraction techniques in the sample preparation step are presented. A paper is focus mainly on one of the most popular sample preparation technique: solid-phase microextraction technique (SPME) combined with different detection systems and its applications to sampling of VOCs from the samples with different matrices. This paper...
-
Elektrochemiczny czujnik na bazie cieczy jonowej do oznaczania par benzaldehydu
PublicationW pracy przedstawiono prototypowy, laboratoryjny, elektrochemiczny czujnik do oznaczania par benzaldehydu w argonie. Cieczą jonową testowaną jako elektrolit i środowisko reakcji redox była: bis(trifluorometylosulfonylo)imidek 1-butylo,3-metyloimidazolinowy ([BMIM][Tf2N]). W pomiarach użyto komercyjnych elektrod firm: DropSens Co. i BVT Technologies. Walidacji poddano dwa parametry metrologiczne czujnika: granicę wykrywalności i...
-
Elektrochemiczny gazowy czujnik na bazie cieczy jonowej do oznaczania benzaldehydu
PublicationW pracy przedstawiono wyniki badań dotyczące opracowania dwóch wersji prototypowego, laboratoryjnego elektrochemicznego czujnika do oznaczania par benzaldehydu. Elektrolitem w tych czujnikach była ciecz jonowa [HMIM][Tf2N] (bis(trifluorometylosulfonylo)imidek 1-heksylo,3-metyloimidazolinowy). Jeden z czujników zbudowany był wg koncepcji Clarka z membraną PDMS, drugi z użyciem komercyjnych elektrod firmy DropSens Co. W obu wersjach,...
-
Intramolecular interactions in crystals of tris(2,6-diisopropylphenoxy)silanethiol and its sodium salts
PublicationHydrolytically stable tris(2,6-diisopropylphenoxy)silanethiol has been obtained and reacted with sodium. Solid state interactions within and between the molecules of tris(2,6-diisopropylphenoxy)silanethiol including S-H---π-interactions between the S-H unit and the π-system of the arene have been analyzed. The interactions are documented by X-ray diffraction and FT-IR spectroscopy.
-
The importance of the shape of the protein-water interface of a kinesin motor domain for dynamics of the surface atoms of the protein
PublicationSingle kinesin motor domain immersed in water has been investigated using molecular dynamics. It has been found that local properties of water in solvation shell change along with the nature of neighboring protein surface. However, a detailed analysis leads to the conclusion that the geometrical features of hydrogen bonds and overall structure of kinesin hydration water is not very different from bulk water. The local values of...
-
The importance of the shape of the protein–water interface of a kinesin motor domain for dynamics of the surface atoms of the protein
PublicationA single kinesin motor domain immersed in water has been investigated using molecular dynamics. It has been found that local properties of water in the solvation shell change along with the nature of the neighboring protein surface. However, a detailed analysis leads to the conclusion that the geometrical features of hydrogen bonds and overall structure of kinesin hydration water are not very different from bulk water. The local...
-
Volumetric and acoustic properties of D-mannitol in aqueous sodium or magnesium(II) chloride solutions over temperature range of 293.15 to 313.15 K
PublicationWykorzystując zmierzone wartości gęstości oraz prędkości rozchodzenia się dźwięku wyznaczono pozorne objętości molowe i pozorne ściśliwości molowe D- mannitolu w (1, 5 i 10) % wodnych roztworach chlorku sodu oraz chlorku magnezu(II). Obliczono graniczne wartości pozornych wielkości molowych, odpowiednie funkcje przeniesienia oraz współczynniki rozszerzalności. Otrzymane wielkości powiązano z oddziaływaniami D-mannitol -sól (NaCl...
-
Why the solvation water around proteins is more dense than bulk water
PublicationThe main aim of this work is to propose a rational explanation of commonly observed phenomenon of increasing water density within solvation shell of proteins. We have observed that geometry of the water-water hydrogen bond network within solvation layer differs from the one in bulk water and it is the effect of interactions of water molecules with protein surface. Altered geometry of the network reflects changes in the structure...
-
Why the Solvation Water around Proteins Is More Dense than Bulk Water
PublicationThe main aim of this work is to propose a rational explanation of the commonly observed phenomenon of increasing water density within solvation shell of proteins. We have observed that the geometry of the water–water hydrogen bond network within solvation layer differs from the one in bulk water, and it is the result of interactions of water molecules with protein surface. Altered geometry of the network reflects changes in the...
Year 2011
-
Analysis of the unique structural and physicochemical properties of the DraD/AfaD invasin in the context of its belonging to the family of chaperone/usher type fimbrial subunits
PublicationInwazyna DraD kodowana przez operon dra posiada strukturę charakterystyczną dla białek podjednostkowych fimbrii typu chaperone-usher. Fold-Ig białka DraD posiada dwie charakterystyczne cechy wyróżniające je z pośród rodziny fimbrialnych białek podjednostkowych: 1) zaburzenie struktury beta-beczki w rejonie szczeliny akceptorowej objawiające się układem wiązań wodorowych głównego łańcucha polipeptydowego oraz 2) nietypowo usytuowany...
-
Apparent molar volumes and compressibilities of tetrabutyl-ammonium bromide in organic solvents
PublicationW oparciu o pomiary gęstości i szybkości rozchodzenia się dźwięku w niewodnych roztworach bromku czterobutyloamoniowego obliczono pozorne objętości molowe w przedziale temperatur od 288,15 K do 323,15 K oraz pozorne ściśliwości w temperaturze 298,15 K. Graniczne wielkości pozornej objętości molowej i ściśliwości wyznaczono w oparciu o równanie Massona, jak i równanie Redlicha, Rosenfelda i Mayera oraz z wykorzystaniem teorii Pitzera....
-
Effect of oxygenation time on signal of a sensor based on ionic liquids
PublicationThe paper presents an oxygen sensor based on ionic liquids and solid electrodes. The following ionic liquids have been employed: [BMIM][BF4], [HMIM][Cl], [BMIM][N(CN2)]. Minimum time of the sensor exposure to analyte, after which the signal (current intensity) was stable, has been evaluated. An impact of volumetric flow rate of analyte on the sensor exposure time and signal has been determined. A product of permeability coefficient...
-
Fourier transform infrared spectroscopic and theoretical study of water interactions with glycine and its N-methylated derivatives
PublicationZbadano hydratację glicyny i jej metylowych pochodnych: N-metyloglicyny (NMG), N,N-dimetyloglicyny (DMG) i N,N,N-trimetyloglicyny (TMG) przy wykorzystaniu spektroskopii FTIR, z zastosowaniem cząsteczki HDO jako sondy molekularnej. Ilościowa wersja metody widm różnicowych pozwoliła na wyizolowanie widma wody zaburzonej przez substancję rozpuszczoną. Wyniki widmowe zostały skonfrontowane z obliczeniami teoretycznymi w ramach teorii...
-
Hydration of Simple Carboxylic Acids from Infrared Spectra of HDOand Theoretical Calculations
PublicationBadanie hydratacji kwasów karboksylowych w rozcieńczonych roztworach wodnych ma duże znaczenie dla zrozumienia ich funkcji biologicznych. Metodą stosowaną w badaniach była spektroskopia oscylacyjna FTIR z zastosowaniem techniki rozcieńczenia izotopowego wody półciężkiej HDO w roztworze wody zwykłej. Do analizy danych widmowych wykorzystano ''metodę widm różnicowych''. Widma HDO zaburzonej przez kwasy: mrówkowy, octowy i propionowy...
-
Membrane-SPME the best 'green' sample preparation technique for the gas chromatographic determination polar organic pollutants in polar media
PublicationOne of the most popular technique for sample preparation, which fulfill requirements of green analytical chemistry, is solid phase microextraction (SPME). Because of the undoubted advantages of SPME technique, solvent-free character of the extraction process and the enormous potential in analytical practice, a series of studies has been undertaken to develop new technical solutions, where improving the sensitivity and the extraction...
-
Polyethylene glycol-coated solid-phase microextraction fibres for the extraction of polar analytes-A review
PublicationThe article discusses the merits and limitations of commercially available solid-phase microextraction (SPME) fibres and compares them with the new type of extraction coatings, in particular those containing polyethylene glycol as sorbent, as well as the methods of the preparation of the latter. It also analyses their possible application for the extraction of a broad spectrum of analytes, with particular emphasis on the sampling...
-
Prototypowy czujnik do oznaczania lotnych związków opganicznych w powietrzu
PublicationW pracy zaprezentowano prototypowy elektrochemiczny czujnik zbudowany na bazie cieczy jonowej do oznaczania związków z grupy lotnych związków organicznych (LZO). W czujniku zostały użyte komercyjne elektrody firmy DropSens. w postaci pasków z nadrukowanymi elektrodami na ceramicznym podłożu. Jako elektrolit i środowisko reakcji redox wykorzystano następujące ciecze jonowe: dicyjanoamid 1-butylo-3-metyloimidazoliowy ([BMIM][N(CN2)]),...
-
Solvation of multivalent cations in methanol - apparent molar volumes, expansibilities, and isentropic compressibilities
PublicationWyznaczono gęstości roztworów trifluorometanosulfonianów galu, itru, lantanu, gadolinu i lutetu w metanolu w zakresie temperatur (283.15 to 313.15) K. Zmierzono prędkości dźwięku dla tych układów w temperaturze T = 298.15 K. Z uzyskanych danych wyznaczono standardowe cząstkowe objętości molowe i ich pochodne temperaturowe oraz standardowe cząstkowe molowe ściśliwości adiabatyczne badanych jonów. Wyniki omówiono stosując klasyczny...
-
Stabilizing agents and protein stability
PublicationBiałka są kluczowymi elementami żywych organizmów, jak również efektywnymi katalizatorami w biotechnologii i medycynie. Szybki rozwój wielu gałęzi biotechnologii wiąże się z coraz większym zapotrzebowaniem na produkty białkowe charakteryzujące się wysoką stabilnością. Jednym ze sposobów osiągnięcia większej stabilności białek jest wykorzystanie małych związków organicznych, tzw. osmolitów. Do tej grupy związków należą aminokwasy,...
-
Vibrational spectroscopic studies of N,N'-dimethylpropyleneurea-water system: Affected solvent spectra and factor analysis
PublicationZmierzono widma FT-IR układu N,N'-dimetylopropylenomocznik (DMPU) - woda w całym zakresie składów w zakresie 4000-500 cm-1 przy użyciu techniki całkowitego wewnętrznego odbicia (ATR). Hydratacja DMPU została dodatkowo zbadana przy pomocy transmisyjnej spektroskopii FT-IR izotopowo rozcieńczonej HDO w H2O. Widma zanalizowano przy użyciu ilościowej wersji metody widm różnicowych, prowadzącej do wyizolowania widma rozpuszczalnika...
Year 2010
-
An effective method for studying intermolecular interactions in binary liquids with hydrogen bonds: FTIR spectra and ab initio calculations in the N-methylformamide - methanol system
PublicationMolecular complexes in methanol (MeOH)−N-methylformamide (NMF) mixtures were studied based on their FTIR-ATR spectra, to which two methods of analysis were applied: factor analysis and a quantitative version of the difference-spectra method. The mean composition of a complex between NMF and MeOH molecules over the whole range of mixture compositions was determined. Absorbing species differentiated with regard to the interaction...
-
Apparent molar volume and compressinility of tetrabutylphosphonium bromide in various solvents
PublicationW oparciu o pomiary gęstości wyznaczono pozorne objętości molowe bromku czero-n-butylofosfoniowego w etanolu, 1-propanolu, 1-butanolu, acetonie i acetonitrylu w przedziale temperatur od 288,15 K do 323,15 K. Ponadto zmierzone w 298,15 K szybkości rozchodzenia się dźwięku w badanych cieczach pozwoliły obliczyć pozorne ściśliwości adiabatyczne bromku. Wielkości pozorne ekstrapolowano do nieskończenie rozcieńczonego stężenia w celu...
-
Apparent molar volumes and compressibilities of alkaline earth metal ions in methanol and dimethylsulfoxide
PublicationTemperature dependencies of density of magnesium (II), calcium (II), strontium (II), barium (II) perchlorates as well as beryllium (II), and sodium trifluoromethanesulfonates in methanol and dimethylsulfoxide have been determined over the composition range studied. From density data the apparent molar volumes and partial molar volumes of the salts at infinite dilution as well as the expansibilities have been evaluated. The apparent...
-
Apparent molar volumes and compressibilities of selected electrolytes in dimethylsulfoxide
PublicationDensities at T = (293.15, 298.15, 303.15, 313.15, 323.15, and 333.15) K and sound velocities at T = 298.15 K of tetraphenylphosphonium bromide, sodium tetraphenylborate, sodium bromide, and sodium perchlorate in dimethylsulfoxide have been measured over the composition range from (0 to 0.3) mol kg1. From these data, apparent molar volumes and apparent molar isentropic compressibilitiesat infinite dilution as well as the expansibilities...
-
Charakterystyka otoczki solwatacyjnej białka przeciwdziałającego zamarzaniu wody
PublicationWiele organizmów rozwinęło oryginalne sposoby na radzenie sobie z niebezpieczeństwami związanymi z narażaniem na niskie temperatury. Istnieje np. szczególna grupa białek powstrzymujących wzrost zarodków krystalizacji wody. W budowie analizowanego tu białka wskazać można trzy powierzchnie: jedną wiążącą się do lodu oraz dwie pozostające w kontakcie z wodą w stanie ciekłym. Przedmiotem tej pracy było opisanie struktury wody sąsiadującej...
-
Chemometric determination of solute-affected solvent vibrational spectra as a superior way of information extraction on solute solvation phenomena
PublicationW pracy zaprezentowano dwie chemometryczne metody wyznaczania widm zaburzonych rozpuszczalnika oraz liczby cząsteczek zaburzonych, na podstawie zmierzonych serii wibracyjnych widm FT-IR roztworów substancji. Pierwsza z metod została stworzona na podstawie Namiarowej Analizy Faktorowej (ang. Target Factor Analysis). Druga z nich wykorzystuje algorytm izolacji widm czystych składników z serii widm mieszanin. Działanie obu metod zostało...
-
Current trends in solid-phase microextraction (SPME) fibre catings
PublicationThis critical review presents information on known and innovative approaches to the manufacture of fibre coatings used in solid-phase microextraction (SPME). The properties, advantages and drawbacks of the different types of commercially available SPME fibre coatings are discussed in detail, as are those of novel types of coatings and the methodologies of their preparation. The applications of fibre coatings in the solid-phase...
-
Electrochemical sensor for measurement of volatile organic compounds employing square wave perturbation voltage
PublicationThe paper presents the results of investigation on a prototype sensor for measurement of benzaldehyde in air. Sensitivity and limit of quantification of the sensor were determined for different internal electrolyte using the square wave voltammetry (SWV) as a detection technique. The working and counter electrodes were made of platinum. Ionic liquids 1-hexyl, 3-methylimidazolium chloride,1-hexyl, 3-methylimidazolium bis (trifluoromethanesulfonyl)...
-
Electrochemical sensor for measurement of volatile organic compounds in air
PublicationPrzedstawiono rezultaty badań prototypowego czujnika do oznaczania mrówczanu etylu i formaldehydu w powietrzu. Określono czułość wskazań czujnika i jego granice oznaczalności wykorzystując jako techniki detekcyjne pulsową woltamperometrię różnicową (DPV) oraz woltamperometrię fali prostokątnej (SWV). Elektrodę roboczą i przeciwelektrodę stanowiły elektrody z Pt. Elektrolitem wewnętrznym była ciecz jonowa (chlorek 1-heksylo,3-metyloimidazolinowy)....
-
Hydratacja domeny katalitycznej kinezyny
PublicationKinezyna należy do białek zwanych motorami molekularnymi, które są zdolne do wykonywania pracy mechanicznej. Konwencjonalna kinezyna wyposażona jest w dwie domeny motoryczne. Potrafi ona poruszać się w uporządkowany sposób przemieszczając się po szlakach wyznaczanych przez tzw. mikrotubule, które tworzone są przez białko tubulinę. Jej rola polega m.in. na transporcie białek i organelli komórkowych. Naturalnym środowiskiem działania...
-
Sol-gel technique - a versatile tool for adsorbent preparation
PublicationPrzygotowanie próbek do analizy, w tym przede wszystkim izolacja i/lub wzbogacanie analitów stanowi kluczowy element każdej procedury analitycznej z zakresu oznaczania składników śladowych. Wyzwania analityczna są związane zarówno z właściwościami fizykochemicznymi samych analitów jak i składników matrycy oraz stosowanych sorbentów. Choć gama znanych sorbentów i faz stacjonarnych, które można wykorzystać w praktyce analitycznej...
-
Structural properties of hydration shell around various conformations of simple polypeptides
PublicationIn this paper we investigate structural properties of water within the solvation shell around the peptide core created by a well-defined conformation of polypeptide chain. The following secondary structures are investigated: linear (straight chain), and three helices PII (polyproline-like), 310, and α. We propose using the two-particle contribution to entropy as a rational measure of the water structural ordering within the solvation...
-
Synthesis and structural characterization of novel 2-benzimidazolylthioureas: adducts of natural isothiocyanatesand 2-amino-1-methylbenzimidazole
PublicationNa drodze syntezy chemicznej uzyskano addukty naturalnych izotiocyjanianów - alilu, benzylu i fenyloetylu i 2-amino-1-metylobenzoimidazolu. W następstwie optymalizacji warunków reakcji, poszczególne 2-benzimidazolilotiomoczniki otrzymano produkty z umiarkowanymi wydajnościami. Strukturę molekularną i krystaliczną produktów scharakteryzowano przy użyciu metod spektroskopowych i X-ray. Analiza uzyskanych widm pozwoliła stwierdzić,...
-
The hydrogen bond network structure within the hydration shell around simple osmolytes: Urea, tetramethylurea, and trimethylamine-N-oxide, investigated using both a fixed charge and a polarizable water model
PublicationDespite numerous experimental and computer simulation studies, a controversy still exists regarding the effect of osmolytes on the structure of surrounding water. There is a question, to what extent some of the contradictory results may arise from differences in potential models used to simulate the system or parameters employed to describe physical properties of the mixture and interpretation of the results. Bearing this in mind,...
-
The hydrogen bond network structure within the hydration shell around simple osmolytes: Urea, tetramethylurea, and trimethylamine-N-oxide, investigated using both a fixed charge and a polarizable water model
PublicationDespite numerous experimental and computer simulation studies, a controversy still exists regarding the effect of osmolytes on the structure of surrounding water. There is a question, to what extent some of the contradictory results may arise from differences in potential models used to simulate the system or parameters employed to describe physical properties of the mixture and interpretation of the results. Bearing this in mind,...