Abstract

Kinezyna należy do białek zwanych motorami molekularnymi, które są zdolne do wykonywania pracy mechanicznej. Konwencjonalna kinezyna wyposażona jest w dwie domeny motoryczne. Potrafi ona poruszać się w uporządkowany sposób przemieszczając się po szlakach wyznaczanych przez tzw. mikrotubule, które tworzone są przez białko tubulinę. Jej rola polega m.in. na transporcie białek i organelli komórkowych. Naturalnym środowiskiem działania kinezyny jest otoczenie tworzone w znaczącej większości przez cząsteczki wody. Jak wiadomo, dzięki pracom eksperymentalnym oraz tym wykorzystującym modelowanie molekularne, właściwości wody znajdującej się w sąsiedztwie białek mogą znacząco różnić się od właściwości wody czystej (na przykład pod względem współczynników dyfuzji czy też liczby tworzonych wiązań wodorowych).Niniejsza praca koncentruje się na badaniach właściwości strukturalnych hydratacyjnej wody metodami dynamiki molekularnej. Wyniki wskazują, że właściwości wody w sąsiedztwie kinezyny są w istotnym stopniu zmienione w porównaniu z właściwościami wody czystej, a ponadto charakter wody solwatacyjnej jest różny w sąsiedztwie różnych obszarów białka. Ponadto ujawniona została wysoka heterogeniczność właściwości wody znajdującej się pomiędzy domeną motoryczną i dimerem tubulinowym. Zmieniają się one w zależności od odległości danej warstwy wody od powierzchni dimeru tubulinowego jak i w zależności od odległości pomiędzy kinezyną i tubuliną.

Authors (2)