Search
Dział Usług Chmurowych
Publications
Filters
total: 9
Catalog Publications
Year 2024
-
Multi-GPU UNRES for scalable coarse-grained simulations of very large protein systems
PublicationGraphical Processor Units (GPUs) are nowadays widely used in all-atom molecular simulations because of the advantage of efficient partitioning of atom pairs between the kernels to compute the contributions to energy and forces, thus enabling the treatment of very large systems. Extension of time- and size-scale of computations is also sought through the development of coarse-grained (CG) models, in which atoms are merged into extended...
-
Multi-GPU-powered UNRES package for physics-based coarse-grained simulations of structure, dynamics, and thermodynamics of protein systems at biological size- and timescales
PublicationCoarse-grained models are nowadays extensively used in biomolecular simulations owing to the tremendous extension of size- and time-scale of simulations. The physics-based UNRES (UNited RESidue) model of proteins developed in our laboratory has only two interaction sites per amino-acid residue (united peptide groups and united side chains) and implicit solvent. However, owing to rigorous physics-based derivation, which enabled...
Year 2023
-
Long‐time scale simulations of virus‐like particles from three human‐norovirus strains
PublicationThe dynamics of the virus like particles (VLPs) corresponding to the GII.4 Houston, GII.2 SMV, and GI.1 Norwalk strains of human noroviruses (HuNoV) that cause gastroenteritis was investigated by means of long-time (about 30 μs in the laboratory timescale) molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field. The main motion of VLP units turned out to be the bending at the junction between the P1 subdomain (that...
-
Parallel implementation of a Sailing Assistance Application in a Cloud Environment
PublicationSailboat weather routing is a highly complex problem in terms of both the computational time and memory. The reason for this is a large search resulting in a multitude of possible routes and a variety of user preferences. Analysing all possible routes is only feasible for small sailing regions, low-resolution maps, or sailboat movements on a grid. Therefore, various heuristic approaches are often applied, which can find solutions...
-
Wykorzystanie klasyfikacji funkcjonalnej usług do efektywnego zarządzania zasobami chmurowymi
PublicationWykazano jak istotnym problemem jest zarzadzanie chmurą obliczeniową, w tym alokacja zasobów do wykonania usług (workloadów) zgłoszonych przez użytkownika. Przeanalizowano problem podziału usług wdrażanych w środowiskach chmurowych na klasy określające ich funkcjonalność. Zaproponowano oryginalną metodę alokacji workloadów wykorzystującą wprowadzoną klasyfikację funkcjonalną oraz identyfikację tych klas na podstawie wielkości generowanego...
Year 2022
-
Algorytm mrówkowy do zarządzania zasobami sprzętowymi chmury obliczeniowej w przypadku różnych kategorii usług
PublicationZarządzanie chmurą obliczeniową odbywa się na dwóch poziomach: zarządzanie żądaniami klientów chmury oraz zarządzanie jej infrastrukturą, na której te usługi są realizowane. Analizując standardy dotyczące zarządzania usługami, w niniejszym rozdziale skoncentrowano się na drugim poziomie zarządzania, którego głównym celem jest efektywne wykonanie wskazanej usługi (lub usług) na dostępnych zasobach sprzętowych, tak by spełnione zostały...
-
Inteligentne zarządzanie usługami chmurowymi
PublicationRozwój chmur obliczeniowych stanowi wyzwanie dla nowych efektywnych metod zarządzania zasobami chmurowymi, zwłaszcza, że oprócz usług typu SaaS rozwija się nowe kategorie usług jak obliczenia brzegowe czy wielochmurowe. W pracy zaproponowano ogólny model zarządzania usługami oraz efektywne procedury alokacji zasobów. Podkreślono potrzebę oszacowania parametrów zasobów chmury by zapewnić wykonanie żądanych usług. Przedstawiono również...
Year 2021
-
Total chromatic sum for trees
PublicationThe total chromatic sum of a graph is the minimum sum of colors (natural numbers) taken over all proper colorings of vertices and edges of a graph. We provide infinite families of trees for which the minimum number of colors to achieve the total chromatic sum is equal to the total chromatic number. We construct infinite families of trees for which these numbers are not equal, disproving the conjecture from 2012.
Year 2018
-
TASK CLOUD INFRASTRUCTURE IN THE CENTRE OF INFORMATICS – TRICITY ACADEMIC SUPERCOMPUTER & NETWORK
PublicationThe cloud solution called the TASK cloud is described. Its main components and the way of their implementation are described. Examples of deployed environments based on the cloud are also presented. Moreover, the idea of combining the cloud and big data platforms is suggested and discussed.