Search
Department of Physical Chemistry
Publications
Filters
total: 42
Catalog Publications
Year 2021
Year 2020
-
Molecular Determinants of Proton Transfer in ATP Synthase FO Complex
Publication -
Rat cathepsin K: Enzymatic specificity and regulation of its collagenolytic activity
Publication -
Role of Glycosaminoglycans in Procathepsin B Maturation: Molecular Mechanism Elucidated by a Computational Study
Publication
Year 2019
-
Local and long range potentials for heparin‐protein systems for coarse‐grained simulations
Publication -
Molecular dynamics insights into protein‐glycosaminoglycan systems from microsecond‐scale simulations
Publication -
Synthesis and in silico characterization of artificially phosphorylated glycosaminoglycans
Publication
Year 2018
-
Molecular dynamics-based model of VEGF-A and its heparin interactions
Publication -
Use of the UNRES force field in template-assisted prediction of protein structures and the refinement of server models: Test with CASP12 targets
Publication
Year 2012
-
N-(4-Methylpiperazin-4-ium-1-yl)dithiocarbamate sesquihydrate
PublicationW strukturze krystalicznej tytułowego związku, C6H13N3S2-1.5H2O, obserwuje się słabe wiązania wodorowe typu NH...S pomiędzy cząsteczkami jonów obojnaczych. Prowadzi to do wytworzenia pofałdowanej struktury warstwowej, równoległej do płaszczyzny (100). W jednostce asymetrycznej występują trzy niezależne cząsteczki wody, obsadzone połówkowo.
Year 2011
-
Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS
PublicationWe describe a versatile method to enforce the rotation of subsets of atoms, e.g., a protein subunit, in molecular dynamics (MD) simulations. In particular, we introduce a “flexible axis” technique that allows realistic flexible adaptions of both the rotary subunit as well as the local rotation axis during the simulation. A variety of useful rotation potentials were implemented for the GROMACS 4.5 MD package. Application to the...
-
Torsional elasticity and energetics of F1-ATPase
PublicationFoF1-ATPase is a rotary motor protein synthesizing ATP from ADP driven by a cross-membrane proton gradient. The proton flow through the membrane-embedded Fo generates the rotary torque that drives the rotation of the asymmetric shaft of F1. Mechanical energy of the rotating shaft is used by the F1 catalytic subunit to synthesize ATP. It was suggested that elastic power transmission with transient storage of energy in some compliant...
Year 2010
-
How do sterols determine the antufungal activitiy of amphotericin B? Free energy of binding between the drug and its membrane targets.
PublicationAmphotericin B (AmB) is a well-known polyene antibiotic used to treat systemic fungal infections. It is commonly accepted that the presence of sterols in the membrane is essential for the AmB biological activity, that is, for the formation of transmembrane ion channels. The selective toxicity of AmB for fungal cells is attributed to the fact that it is more potent against fungal cell membranes containing ergosterol than against...
Year 2009
-
Amphotericin B and Its New Derivatives - Mode of Action
PublicationAmphotericin B (AmB) is a well known antifungal and antiprotozoal antibiotic used in the clinic for several decades. Clinicalapplications of AmB, however, are limited by its nephrotoxicity and many other acute side effects which are not acceptable by patientswhen their life is not threaten. In order to improve the therapeutic index of this drug, lipid formulations have been introduced and manyefforts have been made to obtain less...
-
Influence of a lipid bilayer on the conformational behavior of amphotericin B derivatives - A molecular dynamics study.
PublicationAmphotericin B (AmB) is an effective but very toxic antifungal antibiotic. In our laboratory a series of AmB derivatives of improved selectivity of action was synthesized and tested. To understand molecular basis of this improvement, comparative conformational studies of amphotericin B and its two more selectivederivatives were carried out in an aqueous solution and in a lipid membrane. These molecular simulation studies revealed...
-
Modeling of the alcohol dehydrogenase active site. Two different modes of alcohol binding in crystals of zinc and cadmium tri-tert-butoxysilanethiolates evidenced by X-ray diffraction and solid state vibrational spectroscopy
PublicationOpisano syntezę, struktury cząsteczkowe oraz widma FT-IR, 1H. 13C, 29Si, 113Cd NMR dziesięciu nowych, mieszanoligandowych kompleksów cynku i kadmu z ligandem tri-tert-butoksysilanotiolanowym i pochodnymi imidazolu. Za pomocą rentgenowskiej analizy strukturalnej i spektroskopii w podczerwieni udokumentowano dwa różne sposoby wiązania etanolu i metanolu w kryształach tych związków. Opisane kompleksy stanowią modele miejsca aktywnego...
-
On the Possibility of the Amphotericin B-Sterol Complex Formation in Cholesterol- and Ergosterol-Containing Lipid Bilayers: A Molecular Dynamics Study
PublicationAmphotericin B (AmB) is a well-known membrane-active antibiotic that has been used to treat systemicfungal infections for more than 45 years. Therapeutic application of AmB is based on the fact that it is moreactive against ergosterol-containing membranes of fungal cells than against mammalian membranes withcholesterol. In this paper, we examine the hypothesis according to which the selectivity of the AmB's membraneaction originates...
-
Preclusion of irreversible destruction of Dr adhesin structures by a high activation barrier for the unfolding stage of the fimbrial DraE subunit
PublicationFimbrie Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli stanowią przykład eksponowanych powierzchniowo struktur adhezyjnych podlegających biogenezie według zakonserwowanego, pośród bakterii Gram-ujemnych, systemu "chaperone-usher" ("białko opiekuńcze-zewnątrzbłonowe białko kanałowe"). Powyższe struktury adhezyjne są niezbędne w procesie specyficznej adhezji bakterii do receptorów zlokalizowanych na powierzchni docelowych komórek gospodarza....
-
Purification and biochemical characteristic of a cold-active recombinant esterase from Pseudoalteromonas sp. 643A under denaturing conditions.
PublicationIn this paper production of a cold-active esterase EstA from the Antarctic bacterium Pseudoalteromonas sp. 643A in E. coli expression system was described. The purification and biochemical characteristic of EstA were performed in the presence of urea and then compared with results obtained for the esterase with no addition of urea and isolated from the native source. In both cases the cold-active enzyme displayed similar properties....
Year 2008
Year 2007
-
Interactions of amphotericin B derivatives with lipid membranes - a molecular dynamics study
PublicationW pracy analizowano oddziaływanie dwóch nisko-toksycznych pochodnych amfoterycyny B (związki SAmE i PAmE) z modelami błon lipidowych. Badania wykonane zostały za pomocą dynamiki molekularnej. Modele błon oprócz fosfolipidów DMPC zawierały odpowiednio cholesterol (model błony zwierzęcej) lub ertosterol (model błony grzybowej). Analiza wyników wykazała, że obie pochodne amfoterycyny B zachowują się inaczej w błonie cholesterolowej...
-
The mechanism of overcoming multidrug resistance (MDR) of fungi by amphotericin B and its derivatives
PublicationPrzeprowadzono badania porównawcze w celu określenia aktywności i cytotoksyczności amfoterycyny B (AmB) i jej pochodnych wobec standardowego szczepu S. cerevisiae i jego transformantów zawierających geny C. albicans kodujące białka oporności wielolekowej (MDR) typu ABC i MFS. Pochodne AmB: amid 3-dimetyloaminopropylowy amfoterycyny B oraz ester metylowy N-metylo-N-D-fruktopiranozylo-amfoterycyny B wykazały efekt fungistatyczny...
Year 2006
-
Interaction of amphotericin B and its selected derivatives with membranes: molecular modeling studies
PublicationJest to praca przeglądowa obejmująca krytyczną analizę danych dotyczących oddziaływania amfoterycyny B (AmB) i jej wybranych, mniej toksycznych pochodnych, z błonami lipidowymi. Amfoterycyna B jest antybiotykiem przeciwgrzybowym ale ze względu na jej toksyczność trwają prace nad modyfikacjami chemicznymi tego związku. Celem molekularnym dla tego antybiotyku jest błona lipidowa i dlatego różnicowe powinowactwo AmB i jej pochodnych...
-
Monosaccharides as internal probes for the determination of the absolute configuration of 2-butanol
PublicationD-dlukoza, D-mannoza i L-ramnoza zostały poddane reakcji z mieszaniną racemiczną 2-butanolu. Otrzymane w ten sposób glikozydy były analizowane za pomocą spektroskopii NMR, z wykorzystaniem eksperymentów COSY i NOESY. Analiza konformacyjna wiązania glikozydowego (dokonana w oparciu o modelowanie molekularne i heteronuklearne stałe sprzężenia) wraz z analizą sprzężeń dipolowych obserwowanych w widmie NOESY umożliwiła określenie konfiguracji...
Year 2005
-
Apparent molar volumes of divalent transition metal bromides in dimethyl sulfoxide solutions
PublicationWyznaczono pozorne i cząstkowe molowe objętości bromków dwuwartościowych metali przejściowych szeregu Mn(II)-Zn(II)w roztworach w dimetylosulfotlenku. Przedyskutowano korelacje między objętościami molowymi a stanami koordynacyjnymi i sposobem jonizacji soli.
-
Molecular modelling of membrane activity of amphotericin B, a polyene macrolide antifungal antibiotic
PublicationPraca dotyczy różnego typu modelowań molekularnych cząsteczki przeciwgrzybowego antybiotyku (amfoterycyny B). Praca przeglądowa obejmuje opis badań nad właściwościami molekularnymi samej cząsteczki antybiotyku, jej oddziaływań z powierzchnią błony oraz struktur kanałowych jakie tworzą cząsteczki amfoterycyny wewnątrz błony lipidowej.
-
Partition coefficients of selected environmentally important volatile organic compounds determined by gas - liquid chromatography with polydimethylsiloxane stationary phase
PublicationPrzedstawiono wartości współczynników podziału (stałych podziału) 14 lotnych związków organicznych istotnych dla stanu środowiska (często oznaczanych w powietrzu w pomieszczeniach zamkniętych) między fazą gazową (N2) a ciekłą (PDMS). Wyznaczano je dwiema technikami (izotermiczną i z liniowo programowanym wzrostem temperatury). Dowiedziono, że istnieje możliwość wyznaczania współczynników podziału techniką LTPRI w oparciu o skalę...
-
The common effect of hydrophobic and electrophilic types of hydration dependent on protonation in the sec-butyloamine/HCl/H2O system studied by FTIR spectroscopy
PublicationZbadano hydratację sec-butyloaminy w zależności od pH roztworów wodnych przy pomocy spektoskopii FTIR, z zastosowaniem techniki rozcieńczenia izotopowego HDO w H2O. Dane widmowe poddano analizie przy pomocy ilościowej metody widm różnicowych. Stwierdzono, iż wiązania wodorowe cząsteczek wody tworzących klatratopodobną otoczkę hydratacyjną wokół aminy ulegają wzmocnieniu na skutek oddziaływania z grupą elektrofilową aminy.
-
The structure of dimethylsulfoxide-solvated magnesium and calcium ions in solution and the solid state, and overview of the coordination chemistry of hydrated and solvated alkaline earth metal ions
PublicationOznaczono strukturę w stanie stałym i ciekłym solwatowanych jonów magnezu i wapnia w dimetylosulfotlenku. Stwierdzono, ze jony te tworzą sześciokoordynacyjne solwaty ze średnią długością wiązań Mg-O i Ca-O 2.062(4) i 2.303(5)A. Przegląd literaturowy ukazał, że jony berylu i magnezu we wszystkich rozpuszczalnikach tworzą odpowiednio cztero- i sześciokoordynacyjne solwaty, podczas gdy jony wapnia i strontu istnieją jako ośmiokoordynacyjne...
-
Thermodynamic properties of inorganic salts in nonaqueous solvents. II. Apparent molar volumes and compressibilities of divalent transition-metal perchlorates in acetonitrile
PublicationW oparciu w wyniki pomiarów gęstości wykonanych w temperaturze 15,20,25,30,35,40 i 50 stopni Celsjusza oraz pomiaru szybkości dżwięku w temperaturze 25 stopni Celsjusza, wyznaczono pozorne objętości molowe oraz ściśliwości adiabatyczne roztworów nadchloranów manganu(II), kobaltu(II), niklu(II) i cynku(II). Obliczono odpowiednie wartości standardowe oraz rozszerzalności izobaryczne. Przeanalizowano związki między strukurą elektronową...
-
Wykorzystanie zjawiska sorpcji w opracowaniu nowych technik izolacji analitów organicznych z mediów gazowych oraz ciekłych z zastosowaniem polidimetylosiloksanu.
Publication.
Year 2004
-
Apparent molar volumes of divalent transition metal perchlorates and chlorides in N,N-dimethylacetamide.
PublicationZmierzono gęstości roztworów nadchloranów i chlorków manganu(II), kobaltu(II), niklu(II), miedzi(II) i cynku(II) w temperaturach 10, 20,25, 30, 40, 50 i 60(o)C. Obliczono pozorne objętości molowe. Wyznaczono graniczne wartości cząstkowych molowych objętości tych soli oraz odpowiednie rozszerzalności. Przeanalizowano i wyjaśniono różnice we właściwościach wolumetrycznych roztworów nadchloranów i chlorków.
-
Automated high-capacity sorption probe for extraction of organic compounds in aqueous samples followed by gas chromatographic analysis.
PublicationOpracowano zautomatyzowany zestaw wyposażony w próbnik o dużej pojemności sorpcyjnej do oznaczania związków śladowych z zastosowaniem chromatografii gazowej. Zestaw łączy prostotę SPME z wysoką wydajnością techniki ekstrakcji z zastosowaniem ruchomego elementu sorpcyjnego (SBSE). Procedura pobierania próbek była przeprowadzana z zastosowaniem podajnika automatycznego. Ze względu na pełną automatyzację zestawu, możliwa jest bezobsługowa...
-
Interaction of amphotericin B with phospholipids in the model membrane - molecular dynamics study.
PublicationAmfoterycyna B jest antybiotykiem używanym w leczeniu układowych infekcji grzybowych. Jej mechanizm działania polega na tworzeniu kanałów wewnątrz błon lipidowych. W przedstawianej pracy publikowane są wyniki symulacji przeprowadzonej dynamiką molekularną monomerycznej i dimerycznej formy antybiotyku wewnątrz błony lipidowej zbudowanej z cząsteczek DMPC. Wyniki te wskazują, że powinowactwo cząsteczek amfoterycyny wewnątrz dimeru...
-
Ionic hydration in LiPF6, NaPF6, and KPF6 aqueous solutions derived from infrared HDO spectra.
PublicationZbadano hydratację LiPF6, NaPF6 oraz KPF6 przy pomocy metody FTIR, z zastosowaniem techniki rozcieńczenia izotopowego HDO w H2O. Dane widmowe poddano analizie metodą ważonych widm różnicowych. Główne wnioski pracy stanowią uzupełnienie i rozszerzenie pasmowego modelu hydratacji kationów, wcześniej postulowanego na podstawie widm w podczerwieni HDO wodnych roztworów różnych elektrolitów.
-
Molecular aspects of the interaction between amphotericin B and a phospholipid bilayer: molecular dynamics studies.
PublicationAmfoterycyna B jest antybiotykiem z grupy polienów makrolidowych. Stosowany jest on w leczeniu układowych infekcji grzybowych. Wiadomo że związek ten oddziałuje ze składnikami błon lipidowych i tworzy kanały. W przedstawianej pracy prezentowane są wyniki symulacji przeprowadzonej dynamiką molekularną układu składającego się z 200 cząsteczek lipidów DMPC i jednej cząsteczki amfoterycyny ułożonej na powierzchni błony. Z przeprowadzonej...
-
Nowoczesne techniki przygotowania próbki do oznaczania analitów organicznych z zastosowaniem chromatografii gazowej. Część I. Podstawy teoretyczne ekstrakcji. Modern techniques of preparation of samples for determining organic analytes by gas chromatography. Part I. Theoretical principles of extraction.
PublicationPrzedstawiono podstawy teoretyczne technik izolacji i wzbogacania analitów organicznych z próbek gazowych oraz ciekłych. Już pobieżna analiza literatury dotyczącej omawianych zagadnień, pokazuje jak różnorodne i bogate spektrum technik jest stosowane na etapie przygotowania próbki. Z drugiej strony, z punktu widzenia podstaw fizykochemicznych, większość technik opiera się na dwóch zjawiskach: adsorpcji analitów na medium zatrzymującym...
-
Nowoczesne techniki przygotowania próbki do oznaczania analitów organicznych z zastosowaniem chromatografii gazowej. Część II. Aparatura. Modern techniques of preparation of samples for determining organic analytes by gas chromatography. Part II. Instrumentation.
PublicationW pracy dokonano przeglądu szerokiego spektrum technik przygotowania próbki ze szczególnym uwzględnieniem technik o charakterze prośrodowiskowym. Opisu technik dokonano pod kątem wykorzystywanych mechanizmów izolacji analitów oraz stosowanych rozwiązań aparaturowych.
-
Solvation and partial molar volumes of some transition metal cations in N,N-dimethylacetamide, triethylphosphate and acetonitrile.
PublicationW oparciu o precyzyjne pomiary gęstości roztworów nadchloranów metali przejściowych szeregu Mn(II)-Zn(II) w DMA, TEP i AN wyznaczono pozorne molowe oraz graniczne wartości cząstkowych molowych objętości sole w temperaturach 293, 298 i 303,15 K. Wyznaczone wartości rozdzielono na udziały jonowe. Przeanalizowano czynniki decydujące o wielkości cząstkowych molowych objętości solwatowanych kationów.
-
Thermodynamic properties of inorganic salts in nonaqueous solvents. I. Apparent molar volumes and compressibilities of divalent transition-metal perchlorates in N,N-dimethylformamide.
PublicationZmierzono gęstości i szybkość dźwięku dla roztworów nadchloranów dwuwartościowych metali przejściowych w N,N-dimetyloformamidzie. W oparciu o uzyskane wyniki wyznaczono pozorne objętości molowe, cząstkowe objętości molowe, rozszerzalności izobaryczne oraz ściśliwości adiabatyczne. Dokonano analizy oraz zbadano wpływ rodzaju kationu metalu.
-
Thick film traps with an irregular film. Preparation and evaluation.
PublicationOpisano nową metodę wytwarzania otwartych pułapek kapilarnych do wzbogacania lotnych związków organicznych z próbek gazowych. Badanie właściwości tego typu pułapek wykazało, że spadek ich sprawności chromatograficznej w porównaniu z pułapkami z filmem regularnym, jest rzędu 20-30%. Opracowana technologia jest bardzo prosta i pozwala na szybkie i tanie wytwarzanie dużych ilości pułapek z grubymi filmami również przez niewyspecjalizowane...
-
Ultra thick open tubular traps with an increased inner diameter.
PublicationPrzeanalizowano zagadnienia związane z zastosowaniem otwartych pułapek kapilarnych z grubym nieregularnym filmem polidimetylosiloksanu do wzbogacania lotnych związków organicznych. Przeprowadzone rozważania teoretyczne oraz prace eksperymentalne wykazały, że zwiększenie średnicy wewnętrznej pułapek może znacząco polepszyć ich właściwości. Dla danego natężenia przepływu próbki oraz danego stosunku objętości faz w pułapce, liczba...