Publications
Filters
total: 68
Catalog Publications
Year 2024
-
Why Are Left-Handed G-Quadruplexes Scarce?
PublicationG-quadruplexes (G4s) are nucleic acid structures crucial for the regulation of gene expression and genome maintenance. While they hold promise as nanodevice components, achieving desired G4 folds requires understanding the interplay between stability and structural properties, like helicity. Although right-handed G4 structures dominate the experimental data, the molecular basis for this preference over left-handed helicity is unclear....
-
Low-Barrier Hydrogen Bond Determines Target-Binding Affinity and Specificity of the Antitubercular Drug Bedaquiline
PublicationThe role of short strong hydrogen bonds (SSHB) in ligand-target binding remains largely unexplored, thereby hin- dering a potentially important avenue in the rational drug de- sign. Here, we investigate the interaction between bedaquiline (Bq), a potent anti-tuberculosis drug, and the mycobacterial ATP synthase, to unravel the role of a specific hydrogen bond to a conserved acidic residue in the target affinity and specificity....
Year 2023
-
Telomerase inhibition - unfulfilled hopes in the perfect molecular target
PublicationTelomerase plays a pivotal role in cell proliferation, homeostasis, and neoplastic transformation, making it a promising molecular target for cancer chemotherapy. Of note, although hTERT has been explored thoroughly as a target, none of the promising molecules has been approved as a drug until now. The subject of research conducted as part of my doctoral dissertation is explaining the cellular and molecular mechanism of action...
-
How acidic amino acid residues facilitate DNA target site selection
PublicationDespite the negative charge of the DNA backbone, acidic residues (Asp/Glu) commonly participate in the base readout, with a strong preference for cytosine. In fact, in the solved DNA/protein structures, cytosine is recognized almost exclusively by Asp/Glu through a direct hydrogen bond, while at the same time, adenine, regardless of its amino group, shows no propensity for Asp/Glu. Here, we analyzed the contribution of Asp/Glu...
Year 2022
Year 2021
-
Inhibition Ability of Natural Compounds on Receptor-Binding Domain of SARS-CoV2: An In Silico Approach
Publication -
Emergence of Aggregation Induced Emission (AIE), Room-Temperature Phosphorescence (RTP), and Multistimuli Response from a Single Organic Luminogen by Directed Structural Modification
Publication
Year 2020
-
Peculiar hydrogen bonding behaviour of water molecules inside the aqueous nanochannels of lyotropic liquid crystals
Publication -
Cover Feature: Anilate Tethered Neutral Tetrahedral Pd(II) Cages Exhibiting Selective Encapsulation of Xylenes and Mesitylene (Chem. Eur. J. 19/2020)
Publication
Year 2019
-
Descriptors to Predict Dye‐Sensitized Semiconductor Based Photocatalyst for Hydrogen Evolution Reaction
Publication
Year 2016
-
Spectroscopy and Dynamics of Cryptolepine in the Nanocavity of Cucurbit[7]uril and DNA
Publication -
Nuclear quantum effects in a HIV/cancer inhibitor: The case of ellipticine
Publication -
Coordination polymers of Fe(iii) and Al(iii) ions with TCA ligand: distinctive fluorescence, CO2uptake, redox-activity and oxygen evolution reaction
Publication
Year 2015
Year 2013
-
Synthesis of disubstituted 1,3,4,9-tetrahydropyrano-[3,4-b]indole-1-acetic acids derivatives
Publication1,3,4,9-tetrahydropyrano[3,4-b ]indole-1-acetic acid derivatives are of interest for pharmaceutical research as a core structure for synthesis of biological active substance - Etodolac (selective Cyclooxygenase-2 inhibitor, which belongs to the Non-steroidal Anti-inflammatory Drug, NSAID, that shows a clin-ically effective analgesic and anti-inflammatory activity). Here the way of synthesis of two 1,3,4,9-tetrahydropyrano[3,4-b...
-
Modulation of CYP3A4 activity and induction of apoptosis, necrosis and senescence by the anti-tumour imidazoacridinone C-1311 in human hepatoma cells
Publication -
CYP3A4 overexpression enhances the cytotoxicity of the antitumor triazoloacridinone derivative C-1305 in CHO cells
Publication
Year 2012
-
Synthesis of Thermally Stable Energetic 1,2,3-Triazole Derivatives
Publication -
Antifungal Activity of Homoaconitate and Homoisocitrate Analogs
PublicationThirteen structural analogs of two initial intermediates of the L-alpha-aminoadipate pathway of L-lysine biosynthesis in fungi have been designed and synthesized, including fluoro- and epoxy-derivatives of homoaconitate and homoisocitrate. Some of the obtainedcompounds exhibited at milimolar range moderate enzyme inhibitory properties against homoaconitase and/or homoisocitrate dehydrogenase of Candida albicans. The structural...
Year 2011
-
A novel cold-active beta-D-galactosidase from the Paracoccus sp. 32d - gene cloning, purification and characterization
PublicationBeta-D-galactosidase (EC 3.2.1.23) catalyze the hydrolysis of terminal non-reducing beta-D-galactose residues in beta-D-galactosides. Cold-active beta-D-galactosidases have recently become a focus of attention of researchers and dairy product manufactures owing to theirs ability to: (I) eliminate of lactose from refrigerated milk for people afflicted with lactose intolerance, (II) convert lactose to glucose and galactose which...
Year 2010
-
The noncanonical disulfide bond as the important stabilizing element of the immunoglobulin fold of the Dr fimbrial DraE subunit
PublicationAdhezyny fimbrialne bakterii patogennych stanowią liniowe asocjaty białkowe odpowiedzialne za wiązanie do specyficznych receptorów na powierzchni komórek gospodarza. Biogeneza tych struktur odbywa się przez system sekrecji typu chaperone/usher zakonserwowany pośród bakterii Gram-ujemnych. Powyższe struktury adhezyjne charakteryzują się wysoką odpornością na denaturację i deasocjację, powodowane przez temperaturę lub chemiczne czynniki...
-
Possiblities of application of recombined lysostaphin as an alternative agent in the therapy of Staphylococcus aureus mastitis
Publication -
Characterization of exceptionally thermostable single-stranded DNA-binding proteins from Thermotoga maritima and Thermotoga neapolitana
PublicationBACKGROUND: In recent years, there has been an increasing interest in SSBs because they find numerous applications in diverse molecular biology and analytical methods.RESULTS: We report the characterization of single-stranded DNA binding proteins (SSBs) from the thermophilic bacteria Thermotoga maritima (TmaSSB) and Thermotoga neapolitana (TneSSB). They are the smallest known bacterial SSB proteins, consisting of 141 and 142 amino...
Year 2008
-
Effect of alcohol consumption on the levels of volatile organohalogen compounds in blood and urine = Wpływ spożywania alkoholu na poziom lotnych związków chlorowcoorganicznych w krwi i moczu ludzkim
PublicationW pracy przedstawiono wyniki oznaczania lotnych związków chlorowcoorganicznych w próbkach moczu i krwi pochodzących od dawców w różny sposób narażonych na ekspozycje lotnych związków chlorowcoorgnicznych (styl życia: palenie papierosów, picie alkoholu, przyjmowanie lekarstw czy rodzaj wykonywanej pracy). Do izolacji i wzbogacania analitów z próbek moczu i krwi, wykorzystano technikę analizy fazy nadpowierzchniowej nad cienką warstwą...
-
Chromogenic complexes and selective preconcentration of Fe(III) and Cu(II) by hydroxynaphthoyl-1,4,7,10-tetraazacyclododecane derivatives
PublicationSpektroskopowe oznaczanie zawartości jonów żelaza w różnych próbkach środowiskowych jest przedmiotem wieloletnich badań. Pomimo tego ciągle poszukuje się selektywnych odczynników zdolnych do tworzenia kompleksów z jonami żelaza(II) lub żelaza(III). 1,4,7,10-tetraazacyklododekan nie tworzy kompleksów z jonami żelaza, ale wprowadzając stosowne podstawniki można uzyskać właściwe ligandy. W reakcji acylowania otrzymano 1-(1-hydroksy-2-naftoilo)-1,4,7,10-tetraazacyklododekan...
-
A comparative evaluation of PCR ribotyping and ERIC PCR for determining the diversity of clinical Pseudomonas aeruginosa isolates
PublicationW pracy porównano dwie metody stosowane do badania różnorodności genetycznej drobnoustrojów. Modelem do badań była grupa 62 klinicznych izolatów bakterii P. aeruginosa. Zdecydowanie wyższy potencjał różnicujący stwierdzono w przypadku metody ERIC PCR, której zastosowanie pozwoliło na wyodrębnienie 36 różnych genotypów. W przypadku rybotypowania wyróżniono tylko 9 genotypów.
-
1,4,7,10-Tetraazacyclododecane incorporating salicyli acid moieties. Synthesis and properties
PublicationPochodne 1,4,7,10-tetraazacyklododekanu są związkami które znalazły szerokie zastosowanie w wielu dziedzinach: medycynie, chemii, farmacji, ochronie środowiska itd. Właściwości fizykochemiczne poszczególnych związków determinowane są przez pierścień makrocykliczny i podstawniki. Kwas salicylowy i salicylamid tworzą kompleksy chelatowe z kationami II grupy jak również z metalami przejściowymi. W reakcji acylowania cyklenu pochodnymi...
Year 2007
-
Występowanie oraz polimorfizm genów kodujących syntezę autotransporterów proteaz serynowych (SPATE) wśród bakterii Escherichia coli wywołujących biegunki u dzieci w regionie Gdańska
PublicationW grupie 96 szczepów bakterii Escherichia coli wyizolowanych w rejonie Gdańska od dzieci z biegunką zbadano obecność oraz polimorfizm sekwencji genów kodujących grupę białek o wspólnej nazwie: SPATE (Serine Protease Autotransporters of Enterobacteriaceae). Za pomocą analizy restrykcyjnej zidentyfikowano 8 różnych genów kodujących białka z tej grupy. Obecność jednego genu stwierdzono w 39 szczepach, w 15 szczepach występowały dwa,...
-
Protective effect of lysostaphin from Staphylococcus simulans against growth of Staphylococcus aureus in milk and some other food products
PublicationZbadano skuteczność hamowania rozwoju Staphylococcus aureus w mleku, mięsie wieprzowym i majonezie lizostafyną uzyskaną przez ekspresję genu enzymu ze Staphylococcus simulans w komórkach Escherichia coli. Przeprowadzone eksperymenty wykazały znaczący wpływ lizostafyny na ograniczenie rozwoju Staphylococcus aureus.
-
Molecular typing of Staphylococcus aureus isolated from cows with mastitis in the east of Poland on the basis of polymorphism of genes coding protein A and coagulase
PublicationPolimorfizm genów kodujących białko A i koagulazę wykorzystano do badania zmienności genetycznej bakterii Staphylococcus aureus wyizolowanych z gruczołów mlekowych krów u których stwierdzono stan zapalny. W badanej grupie 82 szczepów wyróżniono 24 genotypy.
-
Expression and intein-mediated purification of novel staphylokinase SakSTAR with reduced immunogenicity and antiplatelet and antithrombin activation
PublicationSkonstruowano nową formę stafylokinazy zawierającej na swoim C-końcu domenę pochodzącą z C-konieca ----(KOŃCA)---??? hirudyny. Wprowadzono do sekwencji stafylokinazy sekwencje RGD i DGR, odpowiedzialne za zmniejszenie agregacji płytek krwi (52% do 38%) a tym samym zwiększenie skuteczności działania tego białka jako potencjalnego leku. Otrzymany nowy wariant stafylokinazy posiadał zwiększoną aktywność fibrynolityczną, czego przejawem...
-
DAF - and collagen-binding properties of chimeric Dr fimbriae
PublicationEkspozycja białek heterologicznych na powierzchni mikroorganizmów jest jedną z nowych strategii stosowanych w mikrobiologii, biotechnologii oraz projektowaniu nowoczesnych szczepionek. W niniejszej pracy zbadano możliwość wykorzystania białka podjednostkowego DraE fimbrii Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli jako nośnika heterologicznych sekwencji. W rejon odpowiadający N-terminalnej domenie 2 białka DraE wprowadzono epitopową...
Year 2006
-
Synteza i właściwości nowych pochodnych 1,4,7,10-tetraazacyklododekanu
PublicationCelem pracy była synteza i zbadanie właściwości pochodych 1,4,7,10-tetraazacyklododekanu (cyklenu). Otrzymano trzy grupy związków: alkilowe pochodne cyklenu, acylowe pochodne cyklenu i pochodne posiadające w swojej budowie ugrupowanie azowe. Acylowe pochodne zostały zsyntezowane w reakcji z wykorzystaniem p-nitrofenylowych estrów aktywnych, co nie było do tej pory stosowane w chemii cyklenu. Jest to jednoetapowa reakcja w wyniku...
-
Novel method of expression and purification of hirudin based on pBAD TOPO, pTYB12 vectors and gene synthesis
PublicationW pracy przedstawiono nową, szybką i tanią metodę otrzymywania, ekspresji i oczyszczania białka hirudyny naturalnie izolowanego z ślinianek pijawki lekarskiej. Hirudyna pełni funkcje bezpośredniego inhibitora trombiny, głównego białka biorącego udział w tworzeniu skrzepów krwi. Właściwości te wykorzystywane są od wielu lat w klinice. Opracowana metoda pozwoliła uzyskać 17 mg/l hodowli E. coli białka o wysokiej czystości i aktywności...
-
High yield synthesis and preliminary spectroscopic study of mono-N-alkylated cyclen derivatives of salicylic acid
PublicationW artykule przedstawiono reakcję bezpośredniego alkilowania cyklenu bromopochodnymi kwasu salicylowego. Otrzymane związki wykorzystano do badań spektroskopowych. Stwierdzono, że tworzą one wybiórczo kompleksy z jonami metali grupy II. Wyznaczono stałe tworzących się kompleksów.
Year 2005
-
Thermodynamic and electrostatic properties of ternary Oxytricha nova TEBP-DNA complex
PublicationZa pomocą metod chemi obliczeniowej badano właściwości molekularne kompleksu telomerowego białka TEBP z Oxytricha nova w kompleksie trójskkładnikowym z DNA o sekwencji telomerowej. Wyliczone wartości energii kompleksowania wskazują specyficznie na jedną z dróg tworzenia kompleksu, gdzie wpierw podjednostka alfa łaczy się z DNA a następnie podjednostka beta dołącza się do takiego dwuskładnikowego kompleksu. Policzone rozkłady molekularnego...
-
Techniki biologii molekularnej w analityce produktów mięsnych
PublicationW pracy przedstawiono możliwości wykorzystania reakcji PCR (Polymerase Chain Reaction) do identyfikacji patogennych drobnoustrojów a także do badania składu surowcowego w mięsnych produktach żywnościowych.
-
Oznaczanie niezmienionych form lotnych związków bromo- i chloroorganicznych w próbkach płynów biologicznych z wykorzystaniem opracowanej metodyki TLHS-DAI-GC-ECD
PublicationRozprawa doktorska dotyczyła opracowania nowej procedury analitycznej opartej na wykorzystaniu analizy fazy nadpowierzchniowej nad cienkim filmem cieczy z samoczynną generacją strumienia ciekłego sorbentu w połączeniu z chromatografem gazowym wyposażonym w detektor wychwytu elektronów (TLHS-DAI-GC-ECD). Skupiono się na :1. wykonaniu badań optymalizacyjnych poprzedzających walidację metodyki TLHS-DAI-GC-ECD (sprawdzenie trwałości...
-
Nowe źródła lizostafyny Staphylococcus simulans - konstrukcja układów ekspresyjnych, oczyszczanie i badanie właściwości białka.
Publication.
-
New effective sources of lysostaphin Staphylococcus simulans
PublicationLizostafyna jest białkiem posiadającym zdolność lizowania ścian komórkowych bakterii z rodzaju Staphylococcus. W pracy przedstawiono konstrukcje dwóch kolejnych układów ekspresyjnych umożliwiających otrzymywanie rekombinantowej lizostafyny w komórkach bakterii Escherichia coli, metodykę oczyszczania białka oraz jego charakterystykę biochemiczną.
-
N-alkyl derivatives of 2-amino-2-deoxy-D-glucose
PublicationMono- i di-N-alkilowe pochodne 1,3,4,6-tetra-O-acetylo-2-amino-2-deoksy-beta-D-glukozy (alkil = metyl, etyl, propyl, butyl, pentyl, heksyl, benzyl) otrzymano w wyniku redukcyjnej alkilacji per-O-acetylo-D-glukozaminy. (N-etylo, N-propylo, N-butylo, N-pentylo, N-heksylo)-1,3,4,6-tetra-O-acetylo-2-amino-2-deoksy-beta-D-glukozy deacetylowano w celu podjęcia prób enzymatycznej fosforylacji. Wszystkie produkty scharakteryzowano za pomocą...
-
Molecular modelling of membrane activity of amphotericin B, a polyene macrolide antifungal antibiotic
PublicationPraca dotyczy różnego typu modelowań molekularnych cząsteczki przeciwgrzybowego antybiotyku (amfoterycyny B). Praca przeglądowa obejmuje opis badań nad właściwościami molekularnymi samej cząsteczki antybiotyku, jej oddziaływań z powierzchnią błony oraz struktur kanałowych jakie tworzą cząsteczki amfoterycyny wewnątrz błony lipidowej.
-
Molecular dynamics simulation and MM-PBSA analysis of Oxytricha nova TEBP ternary complex with ssDNA
PublicationPraca dotyczy badań metodami chemii obliczeniowej właściwości elektrostatycznych i termodynamicznych kompleksu telomerowego białka TEBP pochodzącego z organizmu Oxytricha z jednoniciowym telomerowym DNA (ssDNA).
-
MM/PBSA analysis of molecular dynamics simulations of bovine beta-lactoglobulin: free energy gradients in conformational transitions?
PublicationPraca dotyczy pH zależnych zmian konformacyjnych EF pętli beta-laktoglobuliny. Zmiany te są śledzone za pomocą metod obliczeniowych chemii (dynamika molekularna oraz metody MM/PBSA).
-
Mechanizmy regulacji aktywności syntazy glukozamino-6-fosforanu z Candida albicans.
Publication.
-
Lizostafyna - źródła otrzymywania i zastosowanie
PublicationW pracy przedstawiono ogólną charakterystykę liostafyny: budowę, właściwości biochemiczne, źródła otrzymywania enzymu. Przedstawiono także możliwości wykorzystania tego białka w medycynie i weterynarii jako alternatywny chemioterapeutyk przeciw infekcjom wywoływanym przez gronkowce oraz w przemyśle żywnościowym do poprawy mikrobiologicznej jakości produktów.
-
Induction of unique structural changes in guanine-rich DNA regions by the triazoloacridone C-1305, a topoisomerase II inhibitor with antitumor activities.
PublicationCelem pracy było scharakteryzowanie odziaływania związku C-1305 z DNA w porównaniu do innych inhibitorów topoizomerazy II. Badania pokazują, że C-1305 odziaływuje preferencyjnie z parami CG, interkaluje do DNA i zaburza sąsiednie otoczenie w bardzo charakterystyczny sposób, który nie został zaobserwowany u pozostałych 22 badanych związków.
-
Derivatives of 1-nitroacridine induce apoptosis only in a limited number of human colon adenocarcinoma cells
PublicationPraca dotyczy indukcji apoptozy w komórkach ludzkich raków okrężnicy HT29 i HCT8 pod wpływem pochodnych 1-nitroakrydyny: C-857 i C-1748. Wykazano, że związki te w stężeniach biologicznie istotnych (EC90) indukują apoptozę tylko w części populacji komórek. Efekt ten uzależniony był od czasu inkubacji komórek ze związkiem, a nie zależał od stężenia związku.
-
Crystallization and preliminary X-ray analysis of the isomerase domain of glucosamine-6-phosphate synthase from Candida albicans
PublicationSyntaza glukozamino-6-fosforanu (EC 2.6.1.16) katalizuje pierwszy, praktycznie nieodwracalny etap w szlaku biosyntezy heksozoamin, którego produktem końcowym jest UDP-GlcNAc, kluczowy substrat dla tworzenia ściany komórkowej drobnoustrojów. Otrzymano kryształy domeny izomerazowej syntazy GlcN-6-P z Candida albicans, składającej się z reszt 346-712 (42 kDa). Analiza rentgenograficzna kryształu wykazała, że należy on do grupy przestrzennej...
-
Comparison of the ability to induce apoptosis by acridine derivatives in solid tumor and leukemia cells
PublicationW pracy wykazano różną wrażliwość komórek nowotworowych do ulegania apoptozie pod wpływem pochodnych akrydyny.