Wyszukiwarka
UNRES web server: Extensions to nucleic acids, prediction of peptide aggregation, and new types of restrained calculations
Abstrakt
The third version of the UNRES web server is described, in which the range of biological macromolecules treated and calculation types has been extended significantly. DNA and RNA molecules have been added to enable the user to run simulations of their folding/hybridization and dynamics. To increase the accuracy of the simulated proteins models, the restraints on secondary structure have been enhanced to include the probabilities of the coil, extended and helical state, which are taken from the PSIPRED or HHpred raw input and the restraints from multiple bioinformatics models have been added. The NMR-data-assisted functionality has been extended to include time-averaged restraints, this feature enabling the user to model multistate and intrinsically-disordered proteins and those with intrinsically-disordered regions. Finally, the prediction of the propensity of peptides to aggregation has been included to enable the user to predict peptide solubility and aggregation, including the character and the structures of the aggregates.
Cytowania
-
0
CrossRef
-
0
Web of Science
-
0
Scopus
Autorzy (9)
-
Rafał Ślusarz
-
Adam Sieradzan dr
-
Artur Gieldon
-
Magdalena J. Ślusarz
-
Mateusz Leśniewski
-
Nguyen Truong Co
-
Adam Liwo
-
Cezary Czaplewski Dr hab.
Cytuj jako
Pełna treść
pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach dostępnych w wersji elektronicznej [także online]
- Opublikowano w:
-
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY
ISSN: 0022-2836 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2025
- Opis bibliograficzny:
- Ślusarz R., Sieradzan A., Gieldon A., Lubecka E., Ślusarz M. J., Leśniewski M., Co N. T., Liwo A., Czaplewski C., UNRES web server: Extensions to nucleic acids, prediction of peptide aggregation, and new types of restrained calculations, JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2025,10.1016/j.jmb.2025.168968
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1016/j.jmb.2025.168968
- Źródła finansowania:
-
- Publikacja bezkosztowa
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 0 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Implementation of Time-Averaged Restraints with UNRES Coarse-Grained Model of Polypeptide Chains
- N. T. Co,
- C. Czaplewski,
- E. Lubecka
- + 1 autorów