Wyszukiwarka
Abstrakt
1. We present Visual TreeCmp—a package of applications for comparing phylogenetic tree sets. 2. Visual TreeCmp includes a graphical web interface allowing the visualization of compared trees and command line application extended by comparison methods recently proposed in the literature. 3. The phylogenetic tree similarity analysis in Visual TreeCmp can be performed using eighteen metrics, of which 11 are dedicated to rooted trees and seven to the un-rooted ones. Additionally, in the case of different sets of labels, the compared trees can be pruned so that the sets are identical. 4. The Visual TreeCmp is dedicated to people who need a universal and easy-to-use tool designed to compare arbitrary (not necessary binary) phylogenetic trees. An example of its use in a supertree accuracy analysis is described in section 3. 5. The Visual TreeCmp package Web application is available at: (https://eti.pg.edu.pl/TreeCmp), and its source codes available under the GNU license can be reached through several repositories located at: (https://github.com/TreeCmp)
Cytowania
-
2 4
CrossRef
-
0
Web of Science
-
2 2
Scopus
Autorzy (3)
-
Damian Bogdanowicz dr inż.
Cytuj jako
Pełna treść
- Wersja publikacji
- Accepted albo Published Version
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1111/2041-210X.13358
- Licencja
- Copyright (2020 British Ecological Society)
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach
- Opublikowano w:
-
Methods in Ecology and Evolution
nr 11,
strony 494 - 499,
ISSN: 2041-210X - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2020
- Opis bibliograficzny:
- Goluch T., Bogdanowicz D., Giaro K.: Visual TreeCmp : Comprehensive Comparison of Phylogenetic Trees on the Web// Methods in Ecology and Evolution -Vol. 11,iss. 4 (2020), s.494-499
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1111/2041-210x.13358
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 358 razy