Initial geometries and MD trajectories of right- and left-handed G-quadruplexes

Opis

Dataset contains initial geometries of 12 monomeric, 2-tetrad G-quadruplexes featuring three different loop lengths (T1, T2 and T3), adapted by the sequence GGTnGGTnGGTnGG where n=(1-3). For each loop length variant two directions of strand progression (clockwise (+) and anti-clockwise (-)) and two helicities (left-handed (LH) and right-handed (RH)) were considered. All structures are solvated in water with K+ and CL- ions. Additionally, dataset contains MD-generated folded-state ensembles of energetically accessible folds. Ensembles were obtained by concatenaiting folded-state parts of trajectories from independent MD runs for each system.

Plik z danymi badawczymi

initial_structures_and_folded_state_ensembles.tar.gz

2.0 GB, S3 ETag 1f3b809d8a6666c81d8d15a7e9f04577-5, pobrań: 73

Hash pliku liczony jest ze wzoru
hexmd5(md5(part1)+md5(part2)+...)-{parts_count} gdzie pojedyncza część pliku jest wielkości 512 MB

Przykładowy skrypt do wyliczenia:
https://github.com/antespi/s3md5

pobierz

Informacje szczegółowe o pliku

Licencja:: otwiera się w nowej karcie

CC BY

Uznanie autorstwa
Oprogramowanie:: VMD, PyMol

Informacje szczegółowe

Rok publikacji:

2023

Data zatwierdzenia:

2023-11-24

Język danych badawczych:

angielski

Dyscypliny:

nauki chemiczne (Dziedzina nauk ścisłych i przyrodniczych)

DOI:

10.34808/w2df-6642

Finansowanie:

Badanie zależności pomiędzy sekwencją DNA a strukturą jako punkt wyjścia do projektowania G-kwadrupleksów o określonej topologii -- zintegrowane podejście łączące symulacje molekularne i metody eksperymentalne

Weryfikacja:

Politechnika Gdańska

Słowa kluczowe

Cytuj jako

Autorzy

wyświetlono 173 razy

Wyszukiwarka