A Data Driven Model for Predicting RNA-Protein Interactions based on Gradient Boosting Machine - Publikacja - MOST Wiedzy

Wyszukiwarka

A Data Driven Model for Predicting RNA-Protein Interactions based on Gradient Boosting Machine

Abstrakt

RNA protein interactions (RPI) play a pivotal role in the regulation of various biological processes. Experimental validation of RPI has been time-consuming, paving the way for computational prediction methods. The major limiting factor of these methods has been the accuracy and confidence of the predictions, and our in-house experiments show that they fail to accurately predict RPI involving short RNA sequences such as TERRA RNA. Here, we present a data-driven model for RPI prediction using a gradient boosting classifier. Amino acids and nucleotides are classified based on the high-resolution structural data of RNA protein complexes. The minimum structural unit consisting of five residues is used as the descriptor. Comparative analysis of existing methods shows the consistently higher performance of our method irrespective of the length of RNA present in the RPI. The method has been successfully applied to map RPI networks involving both long noncoding RNA as well as TERRA RNA. The method is also shown to successfully predict RNA and protein hubs present in RPI networks of four different organisms. The robustness of this method will provide a way for predicting RPI networks of yet unknown interactions for both long noncoding RNA and microRNA.

Cytowania

  • 1 2

    CrossRef

  • 0

    Web of Science

  • 1 1

    Scopus

Autorzy (3)

  • Zdjęcie użytkownika  Dharm Skandh Jain

    Dharm Skandh Jain

  • Zdjęcie użytkownika  Sanket Rajan Gupte

    Sanket Rajan Gupte

  • Zdjęcie użytkownika  Raviprasad Aduri

    Raviprasad Aduri

Cytuj jako

Pełna treść

pobierz publikację
pobrano 28 razy
Wersja publikacji
Accepted albo Published Version
Licencja
Creative Commons: CC-BY otwiera się w nowej karcie

Słowa kluczowe

Informacje szczegółowe

Kategoria:
Publikacja w czasopiśmie
Typ:
artykuły w czasopismach
Opublikowano w:
Scientific Reports nr 8, strony 1 - 10,
ISSN: 2045-2322
Język:
angielski
Rok wydania:
2018
Opis bibliograficzny:
Jain D., Gupte S., Aduri R.: A Data Driven Model for Predicting RNA-Protein Interactions based on Gradient Boosting Machine// Scientific Reports -Vol. 8,iss. 1 (2018), s.1-10
DOI:
Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1038/s41598-018-27814-2
Weryfikacja:
Politechnika Gdańska

wyświetlono 80 razy

Publikacje, które mogą cię zainteresować

Meta Tagi