Wyszukiwarka
Abstrakt
Ability to quantify dissimilarity of different phylogenetic trees describing the relationship between the same group of taxa is required in various types of phylogenetic studies. For example, such metrics are used to assess the quality of phylogeny construction methods, to define optimization criteria in supertree building algorithms, or to find horizontal gene transfer (HGT) events. Among the set of metrics described so far in the literature, the most commonly used seems to be the Robinson–Foulds distance. In this article, we define a new metric for rooted trees—the Matching Pair (MP) distance. The MP metric uses the concept of the minimum-weight perfect matching in a complete bipartite graph constructed from partitions of all pairs of leaves of the compared phylogenetic trees. We analyze the properties of the MP metric and present computational experiments showing its potential applicability in tasks related to finding the HGT events.
Cytowania
-
1 4
CrossRef
-
0
Web of Science
-
1 2
Scopus
Autorzy (2)
-
Damian Bogdanowicz dr inż.
Cytuj jako
Pełna treść
pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuł w czasopiśmie wyróżnionym w JCR
- Opublikowano w:
-
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY
nr 24,
wydanie 5,
strony 422 - 435,
ISSN: 1066-5277 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2017
- Opis bibliograficzny:
- Bogdanowicz D., Giaro K.: Comparing Phylogenetic Trees by Matching Nodes Using the Transfer Distance Between Partitions// JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY. -Vol. 24, iss. 5 (2017), s.422-435
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1089/cmb.2016.0204
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 99 razy