Wyszukiwarka
Effect of Ion and Binding Site on the Conformation of Chosen Glycosaminoglycans at the Albumin Surface
Abstrakt
Albumin is one of the major components of synovial fluid. Due to its negative surface charge, it plays an essential role in many physiological processes, including the ability to form molecular complexes. In addition, glycosaminoglycans such as hyaluronic acid and chondroitin sulfate are crucial components of synovial fluid involved in the boundary lubrication regime. This study presents the influence of Na+, Mg2+ and Ca2+ ions on human serum albumin–hyaluronan/chondroitin-6- sulfate interactions examined using molecular docking followed by molecular dynamics simulations. We analyze chosen glycosaminoglycans binding by employing a conformational entropy approach. In addition, several protein–polymer complexes have been studied to check how the binding site and presence of ions influence affinity. The presence of divalent cations contributes to the decrease of conformational entropy near carboxyl and sulfate groups. This observation can indicate the higher affinity between glycosaminoglycans and albumin. Moreover, domains IIIA and IIIB of albumin have the highest affinity as those are two domains that show a positive net charge that allows for binding with negatively charged glycosaminoglycans. Finally, in discussion, we suggest some research path to find particular features that would carry information about the dynamics of the particular type of polymers or ions
Cytowania
-
7
CrossRef
-
0
Web of Science
-
7
Scopus
Autorzy (6)
-
Piotr Sionkowski
-
Piotr Bełdowski dr
-
Natalia Kruszewska
-
Beata Marciniak
-
Krzysztof Domino
Cytuj jako
Pełna treść
- Wersja publikacji
- Accepted albo Published Version
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.3390/e24060811
- Licencja
-
otwiera się w nowej karcie
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach
- Opublikowano w:
-
ENTROPY
nr 24,
ISSN: 1099-4300 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2022
- Opis bibliograficzny:
- Sionkowski P., Bełdowski P., Kruszewska N., Weber P., Marciniak B., Domino K.: Effect of Ion and Binding Site on the Conformation of Chosen Glycosaminoglycans at the Albumin Surface// ENTROPY -Vol. 24,iss. 6 (2022), s.811-
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.3390/e24060811
- Źródła finansowania:
-
- COST_FREE
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 86 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Albumin–Hyaluronan Interactions: Influence of Ionic Composition Probed by Molecular Dynamics
- P. Bełdowski,
- M. Przybyłek,
- P. Raczyński
- + 6 autorów
Changes of Conformation in Albumin with Temperature by Molecular Dynamics Simulations
- P. Weber,
- P. Bełdowski,
- K. Domino
- + 2 autorów
Collagen type II–hyaluronan interactions – the effect of proline hydroxylation: a molecular dynamics study
- P. Bełdowski,
- M. Przybyłek,
- D. Bełdowski
- + 4 autorów