Słowa kluczowe

Informacje szczegółowe

Kategoria:

Publikacja w czasopiśmie

Typ:

artykuły w czasopismach

Opublikowano w:

JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS nr 310,
ISSN: 0167-7322

Język:

angielski

Rok wydania:

2020

Opis bibliograficzny:

Panuszko A., Stangret J., Nowosielski B., Bruździak P.: Interactions between hydration spheres of two different solutes in solution: The least squares fitting with constraints as a tool to determine water properties in ternary systems// JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS -Vol. 310, (2020), s.113181-

DOI:

Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1016/j.molliq.2020.113181

Bibliografia: test

1. A. Chand, S. Chowdhuri, A comparative study of hydrogen bonding structure and dynamics in aqueous urea solution of amides with varying hydrophobicity: effect of addition of trimethylamine N-oxide (TMAO), J. Mol. Liq. 242 (2017) 70-81. otwiera się w nowej karcie
2. A. Chand, S. Chowdhuri, Effects of dimethyl sulfoxide on the hydrogen bonding structure and dynamics of aqueous N-methylacetamide solution, J. Chem. Sci. 128 (2016) 991-1001. otwiera się w nowej karcie
3. A. Chand, P. Chettiyankandy, S.K. Pattanayak, S. Chowdhuri, Effects of trimethylamine-N-oxide (TMAO) on aqueous N-methylacetamide solution: a com- parison of different force fields of TMAO, J. Mol. Liq. 225 (2017) 926-935. otwiera się w nowej karcie
4. I. Yu, M. Nagaoka, Slowdown of water diffusion around protein in aqueous solution with ectoine, Chem. Phys. Lett. 388 (2004) 316-321. otwiera się w nowej karcie
5. S. Paul, S. Paul, Exploring the counteracting mechanism of trehalose on urea con- ferred protein denaturation: a molecular dynamics simulation study, J. Phys. Chem. B 119 (2015) 9820-9834. otwiera się w nowej karcie
6. E.A. Oprzeska-Zingrebe, M. Kohagen, J. Kästner, J. Smiatek, Unfolding of DNA by co- solutes: insights from Kirkwood-Buff integrals and transfer free energies, Eur. Phys. J. Special Topics 227 (2019) 1665-1679. otwiera się w nowej karcie
7. J. Hunger, N. Ottosson, K. Mazur, M. Bonn, H.J. Bakker, Water-mediated interactions between trimethylamine-N-oxide and urea, Phys. Chem. Chem. Phys. 17 (2015) 298-306. otwiera się w nowej karcie
8. K.I. Oh, C.R. Baiz, Crowding stabilizes DMSO-water hydrogen-bonding interactions, J. Phys. Chem. B 122 (2018) 5984-5990. otwiera się w nowej karcie
9. V.P. Korolev, O.A. Antonova, N.L. Smirnova, Thermodynamic characteristics, struc- ture, and interactions of L-proline in aqueous solutions of alcohols and urea, J. Struct. Chem. 55 (2014) 353-359. otwiera się w nowej karcie
10. C. Malardier-Jugroot, D.T. Bowron, A.K. Soper, M.E. Johnson, T. Head-Gordon, Struc- ture and water dynamics of aqueous peptide solutions in the presence of co- solvents, Phys. Chem. Chem. Phys. 12 (2010) 382-392. otwiera się w nowej karcie
11. D. Russo, The impact of kosmotropes and chaotropes on bulk and hydration shell water dynamics in a model peptide solution, Chem. Phys. 345 (2008) 200-211 (Neutrons in Biology). otwiera się w nowej karcie
12. G. Nandini, D.N. Sathyanarayana, Ab initio studies on geometry and vibrational spectra of N-methyl formamide and N-methylacetamide, J. Mol. Struct. THEOCHEM 579 (2002) 1-9. otwiera się w nowej karcie
13. A. Radzicka, L. Pedersen, R. Wolfenden, Influences of solvent water on protein fold- ing: free energies of solvation of cis and trans peptides are nearly identical, Bio- chemistry 27 (1988) 4538-4541. otwiera się w nowej karcie
14. H. Guo, M. Karplus, Ab initio studies of hydrogen bonding of N-methylacetamide: structure, cooperativity, and internal rotational barriers, J. Phys. Chem. 96 (1992) 7273-7287. otwiera się w nowej karcie
15. T.W. Whitfield, G.J. Martyna, S. Allison, S.P. Bates, H. Vass, J. Crain, Structure and hy- drogen bonding in neat N-methylacetamide: classical molecular dynamics and Raman spectroscopy studies of a liquid of peptidic fragments, J. Phys. Chem. B 110 (2006) 3624-3637. otwiera się w nowej karcie
16. U. Adhikari, S. Scheiner, Preferred configurations of peptide-peptide interactions, J. Phys. Chem. A 117 (2013) 489-496. otwiera się w nowej karcie
17. M. Albrecht, C.A. Rice, M.A. Suhm, Elementary peptide motifs in the gas phase: FTIR aggregation study of formamide, acetamide, N-methylformamide, and N- methylacetamide, J. Phys. Chem. A 112 (2008) 7530-7542. otwiera się w nowej karcie
18. R. Vargas, J. Garza, R.A. Friesner, H. Stern, B.P. Hay, D.A. Dixon, Strength of the N − H⋯O = C and C-H⋯O=C bonds in formamide and N-methylacetamide dimers, J. Phys. Chem. A 105 (2001) 4963-4968. otwiera się w nowej karcie
19. M. Albertí, N. Faginas Lago, A. Laganà, F. Pirani, A portable intermolecular potential for molecular dynamics studies of NMA-NMA and NMA-H2O aggregates, Phys. Chem. Chem. Phys. 13 (2011) 8422-8432. otwiera się w nowej karcie
20. X. Jiang, C. Wang, Evaluation of the individual hydrogen bonding energies in N- methylacetamide chains, SCIENCE CHINA Chem. 53 (2010) 1754-1761. otwiera się w nowej karcie
21. Y. Zhou, G. Deng, Y.Z. Zheng, J. Xu, H. Ashraf, Z.W. Yu, Evidences for cooperative resonance-assisted hydrogen bonds in protein secondary structure analogs, Sci. Rep. 6 (2016) 36932. otwiera się w nowej karcie
22. T. Forsting, H.C. Gottschalk, B. Hartwig, M. Mons, M.A. Suhm, Correcting the record: the dimers and trimers of: trans-N-methylacetamide, Phys. Chem. Chem. Phys. 19 (2017) 10727-10737. otwiera się w nowej karcie
23. H. Torii, T. Tatsumi, T. Kanazawa, M. Tasumi, Effects of intermolecular hydrogen- bonding interactions on the amide I mode of N-methylacetamide: matrix-isolation infrared studies and ab initio molecular orbital calculations, J. Phys. Chem. B 102 (1998) 309-314. otwiera się w nowej karcie
24. N. Faginas-Lago, A. Lombardi, M. Albertí, Aqueous N-methylacetamide: new analytic potentials and a molecular dynamics study, J. Mol. Liq. 224 (2016) 792-800. otwiera się w nowej karcie
25. A. Panuszko, M.G. Nowak, P. Bruździak, M. Stasiulewicz, J. Stangret, Amides as models to study the hydration of proteins and peptides spectroscopic and theoret- ical approach on hydration in various temperatures, J. Mol. Liq. 278 (2019) 706-715. otwiera się w nowej karcie
26. N.S. Kang, Y.K. Kang, Assessment of CCSD(T), MP2, and DFT methods for the calcu- lations of structures and interaction energies of the peptide backbone with water molecules, Chem. Phys. Lett. 687 (2017) 23-30. otwiera się w nowej karcie
27. M. Di Gioacchino, F. Bruni, M.A. Ricci, N-methylacetamide aqueous solutions: a neu- tron diffraction study, J. Phys. Chem. B 123 (2019) 1808-1814. otwiera się w nowej karcie
28. V.K. Yadav, A. Chandra, First-principles simulation study of vibrational spectral dif- fusion and hydrogen bond fluctuations in aqueous solution of N-methylacetamide, J. Phys. Chem. B 119 (2015) 9858-9867. otwiera się w nowej karcie
29. L.O. Paulson, D.T. Anderson, Infrared spectroscopy of the amide I mode of N- methylacetamide in solid hydrogen at 2-4 K, J. Phys. Chem. B 115 (2011) 13659-13667. otwiera się w nowej karcie
30. A. Panuszko, E. Gojło, J. Zielkiewicz, M. Śmiechowski, J. Krakowiak, J. Stangret, Hy- dration of simple amides. FTIR spectra of HDO and theoretical studies, J. Phys. Chem. B 112 (2008) 2483-2493. otwiera się w nowej karcie
31. X. Xiao, Y. Tan, L. Zhu, Y. Guo, Z. Wen, M. Li, X. Pu, A. Tian, Effects of the position and manner of hydration on the stability of solvated N-methylacetamides and the strength of binding between N-methylacetamide and water clusters: a computa- tional study, J. Mol. Model. 18 (2011) 1389-1399. otwiera się w nowej karcie
32. A. Bastida, M.A. Soler, J. Zúñiga, A. Requena, A. Kalstein, S. Fernández-Alberti, Hybrid quantum/classical simulations of the vibrational relaxation of the amide I mode of N-methylacetamide in D2O solution, J. Phys. Chem. B 116 (2012) 2969-2980. otwiera się w nowej karcie
33. P.A. Cazade, F. Hédin, Z.H. Xu, M. Meuwly, Vibrational relaxation and energy migra- tion of N-methylacetamide in water: the role of nonbonded interactions, J. Phys. Chem. B 119 (2015) 3112-3122. otwiera się w nowej karcie
34. P.A. Cazade, T. Bereau, M. Meuwly, Computational two-dimensional infrared spec- troscopy without maps: N-methylacetamide in water, J. Phys. Chem. B 118 (2014) 8135-8147. otwiera się w nowej karcie
35. B. Lin, P.E. Lopes, B. Roux, A.D. Mackerell, Kirkwood-Buff analysis of aqueous N- methylacetamide and acetamide solutions modeled by the CHARMM additive and Drude polarizable force fields, J. Chem. Phys. 139 (2013). otwiera się w nowej karcie
36. E. Kaczkowska, J. Wawer, M. Tyczyńska, M. Jóźwiak, J. Krakowiak, The hydration of selected biologically relevant molecules the temperature effect on apparent molar volume and compression, J. Mol. Liq. 274 (2019) 345-352. otwiera się w nowej karcie
37. P.P. Patil, V.R. Shaikh, P.D. Patil, A.U. Borse, K.J. Patil, Volumetric, isentropic com- pressibility and viscosity coefficient studies of binary solutions involving amides as a solute in aqueous and CCl 4 solvent systems at 298.15 K, J. Mol. Liq. 264 (2018) 223-232. otwiera się w nowej karcie
38. X.M. Cao, Y. Tian, Z.Y. Wang, Y.W. Liu, C.X. Wang, Effects of protein and phosphate buffer concentrations on thermal denaturation of lysozyme analyzed by isoconversional method, Bioengineered 7 (2016) 235-240. otwiera się w nowej karcie
39. A. Blumlein, J.J. McManus, Reversible and non-reversible thermal denaturation of ly- sozyme with varying pH at low ionic strength, Biochim. Biophys. Acta, Proteins Pro- teomics 1834 (2013) 2064-2070. otwiera się w nowej karcie
40. F. Cugia, M. Monduzzi, B.W. Ninham, A. Salis, Interplay of ion specificity, pH and buffers: insights from electrophoretic mobility and pH measurements of lysozyme solutions, RSC Adv. 3 (2013) 5882-5888. otwiera się w nowej karcie
41. P. Lo Nostro, N. Peruzzi, M. Severi, B.W. Ninham, P. Baglioni, Asymmetric partitioning of anions in lysozyme dispersions, J. Am. Chem. Soc. 132 (2010) 6571-6577. otwiera się w nowej karcie
42. M.A. Metrick, J.E. Temple, G. Macdonald, The effects of buffers and pH on the ther- mal stability, unfolding and substrate binding of RecA, Biophys. Chem. 184 (2013) 29-36. otwiera się w nowej karcie
43. H.I. Okur, J. Hladílková, K.B. Rembert, Y. Cho, J. Heyda, J. Dzubiella, P.S. Cremer, P. Jungwirth, Beyond the Hofmeister series: ion-specific effects on proteins and their biological functions, J. Phys. Chem. B 121 (2017) 1997-2014. otwiera się w nowej karcie
44. K.D. Collins, G.W. Neilson, J.E. Enderby, Ions in water: characterizing the forces that control chemical processes and biological structure, Biophys. Chem. 128 (2007) 95-104. otwiera się w nowej karcie
45. X. Tadeo, B. López-Méndez, D. Castaño, T. Trigueros, O. Millet, Protein stabilization and the Hofmeister effect: the role of hydrophobic solvation, Biophys. J. 97 (2009) 2595-2603. otwiera się w nowej karcie
46. N. Vlachy, B. Jagoda-Cwiklik, R. Vácha, D. Touraud, P. Jungwirth, W. Kunz, Hofmeister series and specific interactions of charged headgroups with aqueous ions, Adv. Colloid Interf. Sci. 146 (2009) 42-47. otwiera się w nowej karcie
47. A. Salis, M. Monduzzi, Not only pH. Specific buffer effects in biological systems, Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 23 (2016) 1-9. otwiera się w nowej karcie
48. G. Carrea, R. Bovara, P. Pasta, P. Cremonesi, The effect of Hofmeister anions and pro- tein concentration on the activity and stability of some immobilized NADdependent dehydrogenases, Biotechnol. Bioeng. 24 (1982) 1-7. otwiera się w nowej karcie
49. K.A. Biernacki, E. Kaczkowska, P. Bruździak, Aqueous solutions of NMA, Na 2 HPO 4 , and NaH 2 PO 4 as models for interaction studies in phosphate-protein systems, J. Mol. Liq. 265 (2018) 361-371. otwiera się w nowej karcie
50. M. Śmiechowski, E. Gojto, J. Stangret, Systematic study of hydration patterns of phosphoric(V) acid and its mono-, di-, and tripotassium salts in aqueous solution, J. Phys. Chem. B 113 (2009) 7650-7661. otwiera się w nowej karcie
51. M. Śmiechowski, J. Stangret, Vibrational spectroscopy of semiheavy water (HDO) as a probe of solute hydration, Pure Appl. Chem. 82 (2010) 1869-1887. otwiera się w nowej karcie
52. J. Stangret, Solute-affected vibrational spectra of water in Ca(ClO 4 ) 2 aqueous solu- tions, Spectrosc. Lett. 21 (1988) 369-381. otwiera się w nowej karcie
53. P. Bruździak, P.W. Rakowska, J. Stangret, Chemometric method of spectra analysis leading to isolation of lysozyme and CtDNA spectra affected by osmolytes, Appl. Spectrosc. 66 (2012) 1302-1310. otwiera się w nowej karcie
54. B. Berglund, J. Lindgren, J. Tegenfeldt, O-H and O-D stretching vibrations in isotopi- cally dilute HDO molecules in some solid hydrates, J. Mol. Struct. 43 (1978) 169-177. otwiera się w nowej karcie
55. S. Bratos, J.-C. Leicknam, S. Pommeret, Relation between the OH stretching fre- quency and the OO distance in time-resolved infrared spectroscopy of hydrogen bonding, Chem. Phys. 359 (2009) 53-57. otwiera się w nowej karcie

więcej (55) mniej

Źródła finansowania:

• Projekt Wpływ właściwości wody hydratacyjnej na proces powstawania włókien amyloidowych

Weryfikacja:

Politechnika Gdańska