Wyszukiwarka
Abstrakt
We describe a versatile method to enforce the rotation of subsets of atoms, e.g., a protein subunit, in molecular dynamics (MD) simulations. In particular, we introduce a “flexible axis” technique that allows realistic flexible adaptions of both the rotary subunit as well as the local rotation axis during the simulation. A variety of useful rotation potentials were implemented for the GROMACS 4.5 MD package. Application to the molecular motor F1-ATP synthase demonstrates the advantages of the flexible axis approach over the established fixed axis rotation technique.
Cytowania
-
4 8
CrossRef
-
0
Web of Science
-
4 3
Scopus
Autorzy (3)
-
Carsten Kutzner
- Max Planck Institute for Biophysical Chemistry Dept. Theoretical and Computational Biophysics
-
Jacek Czub prof. dr hab. inż.
- Max Planck Institute for Biophysical Chemistry Dept. Theoretical and Computational Biophysics
-
Helmut Grubmüller
- Max Planck Institute for Biophysical Chemistry Dept. Theoretical and Computational Biophysics
Cytuj jako
Pełna treść
pobierz publikację
pobrano 21 razy
- Wersja publikacji
- Accepted albo Published Version
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1021/ct100666v
- Licencja
-
otwiera się w nowej karcie
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuł w czasopiśmie wyróżnionym w JCR
- Opublikowano w:
-
Journal of Chemical Theory and Computation
nr 7,
wydanie 5,
strony 1381 - 1393,
ISSN: 1549-9618 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2011
- Opis bibliograficzny:
- Kutzner C., Czub J., Grubmüller H.: Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS// Journal of Chemical Theory and Computation. -Vol. 7, iss. 5 (2011), s.1381-1393
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1021/ct100666v
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 108 razy