Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS - Publikacja - MOST Wiedzy

Wyszukiwarka

Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS

Abstrakt

We describe a versatile method to enforce the rotation of subsets of atoms, e.g., a protein subunit, in molecular dynamics (MD) simulations. In particular, we introduce a “flexible axis” technique that allows realistic flexible adaptions of both the rotary subunit as well as the local rotation axis during the simulation. A variety of useful rotation potentials were implemented for the GROMACS 4.5 MD package. Application to the molecular motor F1-ATP synthase demonstrates the advantages of the flexible axis approach over the established fixed axis rotation technique.

Cytowania

  • 3 5

    CrossRef

  • 2 9

    Web of Science

  • 3 3

    Scopus

Autorzy (3)

  • Zdjęcie użytkownika  Carsten Kutzner

    Carsten Kutzner

    • Max Planck Institute for Biophysical Chemistry Dept. Theoretical and Computational Biophysics
  • Zdjęcie użytkownika dr hab. inż. Jacek Czub

    Jacek Czub dr hab. inż.

    • Max Planck Institute for Biophysical Chemistry Dept. Theoretical and Computational Biophysics
  • Zdjęcie użytkownika  Helmut Grubmüller

    Helmut Grubmüller

    • Max Planck Institute for Biophysical Chemistry Dept. Theoretical and Computational Biophysics

Cytuj jako

Pełna treść

pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu

Słowa kluczowe

Informacje szczegółowe

Kategoria:
Publikacja w czasopiśmie
Typ:
artykuł w czasopiśmie wyróżnionym w JCR
Opublikowano w:
Journal of Chemical Theory and Computation nr 7, wydanie 5, strony 1381 - 1393,
ISSN: 1549-9618
Język:
angielski
Rok wydania:
2011
Opis bibliograficzny:
Kutzner C., Czub J., Grubmüller H.: Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS// Journal of Chemical Theory and Computation. -Vol. 7, iss. 5 (2011), s.1381-1393
DOI:
Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1021/ct100666v
Weryfikacja:
Politechnika Gdańska

wyświetlono 33 razy

Publikacje, które mogą cię zainteresować

Meta Tagi