Wyszukiwarka
Abstrakt
The physics-based united-residue (UNRES) model of proteins ( www.unres.pl ) has been designed to carry out large-scale simulations of protein folding. The force field has been derived and parameterized based on the principles of statistical-mechanics, which makes it independent of structural databases and applicable to treat nonstandard situations such as, proteins that contain D-amino-acid residues. Powered by Langevin dynamics and its replica-exchange extensions, UNRES has found a variety of applications, including ab initio and database-assisted protein-structure prediction, simulating protein-folding pathways, exploring protein free-energy landscapes, and solving biological problems. This chapter provides a summary of UNRES and a guide for potential users regarding the application of the UNRES package in a variety of research tasks.
Cytowania
-
1 3
CrossRef
-
0
Web of Science
-
1 8
Scopus
Autorzy (12)
-
Adam K. Sieradzan
-
Cezary Czaplewski Dr hab.
-
Paweł Krupa
-
Magdalena Mozolewska dr
-
Agnieszka S. Karczyńska dr
-
Agnieszka G. Lipska
-
Ewa Gołaś dr
-
Tomasz Wirecki
-
Mariusz Makowski dr
-
Stanisław Ołdziej
-
Adam Liwo
Cytuj jako
Pełna treść
pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja monograficzna
- Typ:
- rozdział, artykuł w książce - dziele zbiorowym /podręczniku w języku o zasięgu międzynarodowym
- Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2022
- Opis bibliograficzny:
- Sieradzan A. K., Czaplewski C., Krupa P., Mozolewska M., Karczyńska A. S., Lipska A. G., Lubecka E., Gołaś E., Wirecki T., Makowski M., Ołdziej S., Liwo A.: Modeling the Structure, Dynamics, and Transformations of Proteins with the UNRES Force Field// Protein Folding. Methods and Protocols.Methods in Molecular Biology/ : , 2022, s.399-416
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1007/978-1-0716-1716-8_23
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 125 razy