Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół β-warstw o zróżnicowanym składzie aminokwasowym - analiza wyników dynamiki molekularnej - Publikacja - MOST Wiedzy

Wyszukiwarka

Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół β-warstw o zróżnicowanym składzie aminokwasowym - analiza wyników dynamiki molekularnej

Abstrakt

β-warstwa to jedna z najczęściej spotykanych struktur drugorzędowych w białkach. Jak dotąd mechanizmy rządzące ustrukturyzowaniem wody w warstwie solwatacyjnej wokół tej struktury są słabo poznane [1]. W celu lepszego zrozumienia zjawiska hydratacji wokół struktur o konformacji β-warstwy przeprowadzono analizę wyników pochodzących z symulacji metodą dynamiki molekularnej β-warstw składających się z 8 równoległych nici o różnym składzie aminokwasowym (Ala, Ser, Thr). Do opisu lokalnego uporządkowania wody wokół warstw wykorzystano dwucząstkowe funkcje korelacji jako podstawę racjonalnej miary uporządkowania cząsteczek wody. Miarę tę wykorzystano dla opisu dwóch rodzajów oddziaływań: woda-woda oraz peptyd-woda. Wkład biorący pod uwagę oddziaływania woda-woda po przyjęciu pewnych przybliżeń posłużył nam jako miara zmian strukturalnych w wodzie solwatującej peptyd, zaś podział tego wkładu na trzy człony: translacyjny, orientacyjny i konfiguracyjny, umożliwił wykreślenie diagramów uporządkowania. Właściwości strukturalne rozpuszczalnika wpływają na jego właściwości dynamiczne takie jak współczynniki autodyfuzji (translacyjnej i rotacyjnej). Oprócz funkcji rozkładu radialnego cząsteczek wody wokół płaszczyzny β-warstwy, określono również funkcje rozkładu radialnego atomów wodoru i tlenu wokół wybranych atomów peptydu oraz obliczono stałe czasowe "rezydencji" atomów rozpuszczalnika wokół tych atomów.

Pełna treść

pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu

Informacje szczegółowe

Kategoria:
Publikacja w czasopiśmie
Typ:
artykuły w czasopismach recenzowanych i innych wydawnictwach ciągłych
Opublikowano w:
CHEMIK nauka-technika-rynek
ISSN: 0009-2886
Język:
polski
Rok wydania:
2010
Opis bibliograficzny:
Czapiewski D., Zielkiewicz J.: Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół β-warstw o zróżnicowanym składzie aminokwasowym - analiza wyników dynamiki molekularnej// CHEMIK nauka-technika-rynek. -., nr. nr 9 suplement (2010),
Weryfikacja:
Politechnika Gdańska

wyświetlono 20 razy

Publikacje, które mogą cię zainteresować

Meta Tagi