Wyszukiwarka
Nie znaleźliśmy wyników w zadanych kryteriach!
Ale mamy wyniki w innych katalogach.Wyniki wyszukiwania dla: DYNAMIKA MOLEKULARNA
-
Dynamika molekularna oddziaływań przeciwgrzybowych heptaenów aromatycznych i ich izomerów all-trans ze sterolami w błonach lipidowych
PublikacjaAromatyczne heptaeny (AH) należą do grupy makrolidów polienowych o działaniu przeciwgrzybowym. Antybiotyki z tej grupy były pierwszymi, które zostały wykorzystane w terapii układowych infekcji grzybiczych. Amfoterycyna B (AmB) oraz nystatyna, czyli niearomatyczni przedstawiciele makrolidów heptaenowych, mają istotne znaczenie kliniczne w leczeniu, odpowiednio, grzybic wewnętrznych i zewnętrznych. Molekularne podstawy mechanizmu...
-
MM/PBSA analysis of molecular dynamics simulations of bovine beta-lactoglobulin: free energy gradients in conformational transitions?
PublikacjaPraca dotyczy pH zależnych zmian konformacyjnych EF pętli beta-laktoglobuliny. Zmiany te są śledzone za pomocą metod obliczeniowych chemii (dynamika molekularna oraz metody MM/PBSA).
-
Obtaining ionic forces by the total-energy tight-binding method
PublikacjaZastosowanie metody ciasnego wiązania w sformułowaniu nieortogonalnym do obliczania sił atomowych w symulacji metodą dynamiki molekularnej pozwala na stworzenie modelu charakteryzującego się lepszą przenośnością, w porównaniu z potencjałami empirycznymi, którymi posługuje się tradycyjna dynamika molekularna. W niniejszej pracy przedstawiono szczegółowo sposób obliczenia pochodnych elementów macierzy Hamiltona i macierzy nakładania...
-
WILiŚ Budownictwo Fizyka I
Kursy OnlineElementy algebry wektorów i analizy matematycznej. Równania ruchu. Transformacje Galileusza. Zasady mechaniki newtonowskiej. Ruch ciała o zmiennej masie. Nieinercjalne układy odniesienia. Siły bezwładności. Dynamika układu punktów materialnych. Ruch środka masy. Praca energia moc. Ruch obrotowy bryły sztywnej. Masowe momenty bezwładności. Prawo Steinera. Ruch drgający drgania swobodne, tłumione i wymuszone. Rezonans. Ruch falowy....
-
Cezary Czaplewski prof. dr hab.
Osoby -
Beata Adamczak dr inż.
Osoby -
Central-force decomposition of spline-based modified embedded atom method potential
PublikacjaCentral-force decompositions are fundamental to the calculation of stress fields in atomic systems by means of Hardy stress. We derive expressions for a central-force decomposition of the spline-based modified embedded atom method (s-MEAM) potential. The expressions are subsequently simplified to a form that can be readily used in molecular-dynamics simulations, enabling the calculation of the spatial distribution of stress in...
-
Molecular basis of the osmolyte effect on protein stability: a lesson from the mechanical unfolding of lysozyme
PublikacjaOsmolytes are a class of small organic molecules that shift the protein folding equilibrium. For this reason, they are accumulated by organisms under environmental stress, and find applications in biotechnology where proteins need to be stabilized or dissolved. However, despite years of research, debate continues over the exact mechanisms underpinning the stabilizing and denaturing effect of osmolytes. Here, we simulated the mechanical...
-
Mechanochemical Energy Transduction during the Main Rotary Step in the Synthesis Cycle of F1-ATPase
PublikacjaF1-ATPase is a highly efficient molecular motor that can synthesize ATP driven by a mechanical torque. Its ability to function reversibly in either direction requires tight mechanochemical coupling between the catalytic domain and the rotating central shaft, as well as temporal control of substrate binding and product release. Despite great efforts and significant progress, the molecular details of this synchronized and fine-tuned...
-
Quantum-classical calculations of the nanomechanical properties of metals
PublikacjaTradycyjnie symulacje komputerowe układów w skali atomowej prowadzone są przy użyciu klasycznej metody dynamiki molekularnej (MD) bądź kwantowych metod ab initio. Główną wadą ujęcia klasycznego jest jego empiryczna natura, a co za tym idzie - niewielka przenośność, jego prostota natomiast pozwala na przeprowadzanie symulacji układów zawierających miliony atomów. W wyniku zastosowania metod kwantowych otrzymuje się bardziej wiarygodne...