Filtry
wszystkich: 2551
-
Katalog
wyświetlamy 1000 najlepszych wyników Pomoc
Wyniki wyszukiwania dla: WATER CLUSTERS, MOLECULAR INTERACTIONS, HYDROGEN BONDS, AB INITIO CALCULATIONS, ELASTIC SCATTERING, DIRAC-HARTREE-FOCK SELF-CONSISTENT FIELD, GAUSSIAN FUNCTION BASIS SE
-
Evaluation of the scale-consistent UNRES force field in template-free prediction of protein structures in the CASP13 experiment
Publikacja -
Polarisation effects in low-energy positron–molecule scattering
PublikacjaThe UK molecular R-matrix method has been adapted to treat positron collisions from polyatomic targets. A simple empirical enhancement factor which corrects for the underestimation of electron–positron polarisation and correlation effects in the calculations performed with the static-plus-polarization model at low scattering energies is presented. Application of this model to positron scattering from carbon dioxide at energies...
-
Lipid-protein interactions in membranes: a molecular modelling study
Publikacja -
Gradient based basis function algorithms for identification of quasi periodically varying processes.
PublikacjaW pracy przedstawiono problem identyfikacji systemów, których parametry zmieniają się w sposób pseudookresowy. Pokazano sposób, w jaki można modelować takie systemy przy zastosowaniu metody harmonicznych funkcji bazowych.Przedstawiono dwa sposoby dekompozycji (struktura szeregowa i równoległa) takich układów na elementy związane z poszczególnymi funkcjami bazowymi. Zaprezentowany został sposób śledzenia częstotliwości funkcji...
-
Molecular simulation study of cooperativity in hydrophobic association: clusters of four hydrophobic particles
Publikacja -
Early stage of critical clusters growth in phenomenological and Molecular Dynamic simulation models.
PublikacjaOpisano proces kondensacji pary wodnej w ujĘciu fenomenologicznymi dynamiczno-molekularnym. Wczesne fazy wzrostu klastra opisano w ramach klasycznej teorii Hertza-Knudsena. Obszernie przedstawiono wyniki symulacji dynamiczno-molekularnych zjawiska kondensacji pary wodnej z jednorodnej fazy gazowej (przebieg powstawania małych klastrów H2O i szybkość wzrostu klastrów ponadkrytycznych).
-
Early stage of critical clusters growth in phenomenological and Molecular Dynamic simulation models
PublikacjaW artykule opisano wzrost klastrów krytycznych w ramach klasycznego podejścia fenomenologicznego oraz dynamiczno-molekularnego (MD). Została wyprowadzona nowa formuła opisujaca liczbę klastrów krytycznych. Sformułowano równania opisujace wczesne etapy wzrostu kropli o rozmiarach krytycznych. Opisano wyniki symulacji dynamiczno-molekularnych powstawania klastrów w jednorodnej parze przesyconej oraz podano czasowe zmiany rozkładu...
-
Quasi-analytical Near-to-Far Field Transformation Based on Field Matching Method for Scattering Problems
PublikacjaA new quasi-analytical near-to-far field transformation based on field matching method (field expansion in a base of Hankel functions) is presented. This approach uses finite element method to obtain near field, then the field is expressed in a base of Hankel functions. The evaluated coefficients allow to calculate the field outside the numerical domain, also in a far distance. The main advantage of the proposed technique is avoiding of...
-
Prediction of the structures of proteins with the UNRES force field, including dynamic formation and breaking of disulfide bonds
Publikacja -
Molecular and structural basis of inner core lipopolysaccharide alterations in Escherichia coli: incorporation of glucuronic acid and phosphoethanolamine in the heptose region.
PublikacjaIt is well established that lipopolysaccharide (LPS) often carries nonstoichiometric substitutions in lipid A and in the inner core. In this work, the molecular basis of inner core alterations and their physiological significance are addressed. A new inner core modification of LPS is described, which arises due to the addition of glucuronic acid on the third heptose with a concomitant loss of phosphate on the second heptose. This...
-
Tailoring optical constants of few-layer black phosphorus coatings: Spectroscopic ellipsometry approach supported by ab-initio simulation
Publikacja2D black phosphorus (BP) has attracted extensive attention as an anisotropic platform for novel optoelectronic and polarizing optics applications. Insight into the factors that tune the optical and polarizing properties of 2D BP reveals their essential influence on BP-based photonic and optoelectronic devices. In this work, studies of the optical constants of few-layer black phosphorus coatings are studied and discussed, with particular...
-
Assessment of the water quality of Kłodnica River catchment using self-organizing maps
PublikacjaRisk assessment of industrial areas heavily polluted due to anthropogenic actions is of increasing concern worldwide. So is the case of Polish Silesia region where mostly heavy industry like smelters, mining, chemical industries as well as heat and electricity production facilities are being located. Such situation raises numerous questions about environmental state of local water bodies with special attention paid to the Kłodnica...
-
Measurements of absolute elastic and vibrational cross sections for electron scattering from tetrahydrofuran
PublikacjaPrzedstawiono wstępne wyniki pomiaru absolutnych przekrojów czynnych na zderzenie elektronów z drobinami tetrahydrofuranu przy energii 10eV.
-
Elastic electron scattering in krypton in the energy range from 5 to 10 eV
PublikacjaZmierzono różniczkowe przekroje czynne na rozproszenie sprężyste elektronów w kryptonie dla energii elektronów 5, 7.5 oraz 10 eV, w zakresie kątów rozproszenia od 30 do 180 stopni. Pomiary w zakresie dużych kątów rozproszenia wykonano wykorzystując metodę lokalnego pola magnetycznego.
-
Multiplatform metabolomics provides insight into the molecular basis of chronic kidney disease
Publikacja -
Transport deficiency is the molecular basis of Candida albicans resistance to antifungal oligopeptides
Publikacja(FMDP), an inhibitor of glucosamine-6-phosphate synthase, exhibited growth inhibitory activity against Candida albicans, with minimal inhibitory concentration values in the 0.05–50 mg/L range. Uptake by the peptide permeases was found to be the main factor limiting an anticandidal activity of these compounds. Di- and tripeptide containing FMDP (F2 and F3) were transported by Ptr2p/Ptr22p peptide transporters (PTR) and FMDP-containing...
-
Water Interactions with Hydrophobic versus Hydrophilic Nanosilica
Publikacja -
Description of the hydrodynamic pressure field function around the ship hull
PublikacjaW artykule przedstawiono metodę aproksymacji pola hydrodynamicznego okrętu, wykorzystując pole obliczone metodą elementów skończonych. Punkty kontrolne umieszczono w środku paneli rozmieszczonych na kadłubie statku, na powierzchni dna morskiego oraz na powierzchni swobodnej; w p-ktach tych znajdują się osobliwości w postaci źródeł, upustów i/lub dipoli. Przedstawione wyniki obliczeń zostały uzyskane przy użyciu tych pierwszych...
-
Analytical calculations of scattering lengths for a class of long-range potentials of interest for atomic physics
PublikacjaWe derive two equivalent analytical expressions for an $l$th partial-wave scattering length $a_{l}$ for central potentials with long-range tails of the form % \begin{math} \displaystyle V(r)=-\frac{\hbar^{2}}{2m}\frac{Br^{n-4}}{(r^{n-2}+R^{n-2})^{2}} -\frac{\hbar^{2}}{2m}\frac{C}{r^{2}(r^{n-2}+R^{n-2})}, \end{math} % ($r\geqslant r_{s}$, $R>0$). % For $C=0$, this family of potentials reduces to the Lenz potentials discussed in...
-
FT-IR studies of molecular interactions in formamide-methanol mixtures
PublikacjaTechniką ATR zmierzono widma FT-IR roztworów metanolu(MeOH) i formamidu(FA) w całym zakresie ich składu. Przeprowadzono analizę faktorową widm, która wykazała obecność dwóch kompleksów molekularnych matanolu z formamidem. Na podstawie profilów stężeniowych indywiduów absorbujących wyznaczono średni skład kompleksów w zależności od składu mieszaniny. Przeprowadzono również analizę pasma CO formamidu metodą widm różnicowych. Wyniki...
-
Molecular dynamics-based model of VEGF-A and its heparin interactions
Publikacja -
Spectroscopic studies on physicochemical properties of selected unsymmetrical bisacridine derivatives and NMR analysis of their interactions with the model sequence Pu22 aided by molecular dynamics
PublikacjaIn recent years, new promising acridine derivatives have appeared, belonging to the unsymmetrical bisacridines (UAs) family with high anticancer activity. Both their physicochemical properties and their mechanism of action at the molecular level have not been thoroughly analyzed so far. Four derivatives were selected for the study, termed as: C-2028, C-2041, C-2045 and C-2053. The first aim of this work was to determine the protonation...
-
Interactions of N-alkyl-N-methylmorpholinium based ionic liquids with acetonitrile studied by density and velocity of sound measurements and molecular dynamics simulations
PublikacjaMorpholinium-based ionic liquids (ILs) and their mixtures with polar co-solvents are an interesting class of emerging electrolytes in electrochemistry that is relatively poorly studied. In this work, densities and sound velocities of four ILs, N-ethyl-N-methylmorpholinium tetrafluoroborate, N-butyl-N-methylmorpholinium tetrafluoroborate, N-octyl-N-methylmorpho-linium tetrafluoroborate and N-decyl-N-methylmorpholinium tetrafluoroborate...
-
Heat calculations for water-cooled radiators of the inverter for induction heating
Publikacja -
Synthesis and hydrogen evolving catalysis of a panchromatic photochemical molecular device
PublikacjaA dinuclear hydrogen evolution photocatalyst [(tbbpy)2Os(tpphz)PtI2](PF6)2 (tbbpy = 4,4′-tert-butyl-2,2′-bipyridine; tpphz = tetrapyrido[3,2-a:2′,3′-c:2′′,3′′-h:2′′′,3′′′-j]phenazine) is synthesized in order to make use of the broader range of visible light absorption mitigated by the osmium center. In a first step, the activity of the complex for hydrogen evolution is investigated by evaluating the role of different electron donors...
-
Elastic-contractile model proteins: Physical chemistry, protein function and drug design and delivery
Publikacja -
Interactions between hydration spheres of two different solutes in solution: The least squares fitting with constraints as a tool to determine water properties in ternary systems
PublikacjaBiological systems are complex and the problem of their description lies in mutual interactions between their components. This paper is focused on model experiment-based studies which can reduce these difficulties. The ternary aqueous N-methylacetamide (NMA)–Na2HPO4 system has been studied by means of the FTIR spectroscopy. A novel difference spectra method aimed to extract the spectral contribution of water affected simultaneously...
-
Two-center radial basis function network for classification of soft faults in electronic analog circuits
PublikacjaW pracy zaproponowano specjalizowaną sieć neuronową z dwucentrowymi radialnymi funkcjami bazowymi (TCRB) neuronów w warstwie ukrytej,przeznaczoną do diagnostyki uszkodzeń parametrycznych układów analogowych. Zastosowanie funkcji TCRB pozwala na znaczne zmniejszenie liczby neuronów w warstwie ukrytej, lepsze dopasowanie do słownika uszkodzeń oraz poprawę dokładności klasyfikacji, w porównaniu z dotychczas stosowaną siecią z jednocentrowymi...
-
Molecular Insight into the Self-Assembly Process of Cellulose Iβ Microfibril
Publikacja -
Solvation of N-methylformamide by ethanol: a comparison of molecular dynamics calculations with the experimental data
PublikacjaWykonano obliczenia metodami dynamiki molekularnej dla tytułowego układu. Rezultaty porównano z uzyskanymi wcześniej wynikami pomiarów termodynamicznych oraz wnioskami z nich wyciągniętymi.
-
Study of the transport properties of a molecular junction as a function of the distance between the leads
Publikacja -
Accuracy and parameter estimation of elastic and viscoelastic models of water hammer
PublikacjaW artykule analizowany jest zagadnienie uderzenia hydraulicznego, stanowiące jeden z najważniejszych problemów nieustalonego przepływu w przewodach pod ciśnieniem. Mimo ponad stuletnich doświadczeń w badaniach zagadnienie to jest ciągle nie w pełni rozpoznane. Może być onio rozpatrywane na dwóch płaszczyznach - praktycznej i teoretycznej. W obu przypadkach na etapie rozwiązania powstają problemy sprawiające, że wyniki nie są satysfakcjonujące....
-
Interactions of amphotericin B derivatives with lipid membranes - a molecular dynamics study
PublikacjaW pracy analizowano oddziaływanie dwóch nisko-toksycznych pochodnych amfoterycyny B (związki SAmE i PAmE) z modelami błon lipidowych. Badania wykonane zostały za pomocą dynamiki molekularnej. Modele błon oprócz fosfolipidów DMPC zawierały odpowiednio cholesterol (model błony zwierzęcej) lub ertosterol (model błony grzybowej). Analiza wyników wykazała, że obie pochodne amfoterycyny B zachowują się inaczej w błonie cholesterolowej...
-
Experimental and quantum chemical evidences for C–H⋯N hydrogen bonds involving quaternary pyridinium salts and pyridinium ylides
Publikacja -
Elastic-plastic properties of metal matrix composites: Validation of mean-field approaches
Publikacja -
Differential cross sections for elastic electron scattering in xenon in the energy range from 5ev to 10ev
PublikacjaRóżniczkowe przekroje czynne na rozproszenie sprężyste elektronów na atomach ksenonu zmierzone zostały dla energii 5, 7.9 i 10eV w zakresie kątów rozproszenia 30°-180°. W pomiarach wykorzystano technikę lokalnego pola magnetycznego. Wyznaczono także całkowity przekrój czynny na rozproszenie sprężyste oraz przekrój czynny na przekazanie pędu poprzez scałkowanie zmierzonych różniczkowych przekrojów czynnych dla wybranych energii....
-
Application of the J-matrix method to multichannel scattering
PublikacjaIn this contribution we describe the multichannel extension to the nonrelativistic J-matrix method, and present differential cross sections for scattering of slow electrons from Argon atoms. Nonrelativistic phase shifts, then the S-matrix and the cross sections have been calculated using newly developed Fortran code, JMATRIX-MULTI.We applied the model Hartree-Fock potential as the scattering potential, which was truncated in the...
-
Molecular basis of essentiality of early critical steps in the lipopolysaccharide biogenesis in Escherichia coli K-12: requirement of MsbA, cardiolipin, LpxL, LpxM and GcvB
PublikacjaTo identify the physiological factors that limit the growth of Escherichia coli K-12 strains synthesizing minimal lipopolysaccharide (LPS), we describe the first construction of strains devoid of the entire waa locus and concomitantly lacking all three acyltransferases (LpxL/LpxM/LpxP), synthesizing minimal lipid IVA derivatives with a restricted ability to grow at around 21 °C. Suppressors restoring growth up to 37 °C of Δ(gmhD-waaA)...
-
Deciphering the Molecular Mechanism of Substrate-Induced Assembly of Gold Nanocube Arrays toward an Accelerated Electrocatalytic Effect Employing Heterogeneous Diffusion Field Confinement
PublikacjaThe complex electrocatalytic performance of gold nanocubes (AuNCs) is the focus of this work. The faceted shapes of AuNCs and the individual assembly processes at the electrode surfaces define the heterogeneous conditions for the purpose of electrocatalytic processes. Topographic and electron imaging demonstrated slightly rounded AuNC (average of 38 nm) assemblies with sizes of ≤1 μm, where the dominating patterns are (111) and...
-
Law regulations against physical calculations - problems in water and sewage management
PublikacjaW pracy zostały opisane przykłady trzech typów problemów w zakresie gospodarki wodno-ściekowej, z jakimi można spotkać się w związku z wejściem w życie przepisów uwzględniających obowiązujące w tej dziedzinie dyrektywy Unii Europejskiej. Są to m.in. problemy ze zbyt szeroką możliwością interpretacji pewnych zapisów, problemy związane z nieuwzględnianiem w przepisach praw fizyki, a także brak ustawowej regulacji pewnych zagadnień.
-
A study of electron impact excitation of molecular oxygen at a scattering angle of 180 st.
PublikacjaZbadano wzbudzenie tlenu cząsteczkowego w zderzeniu z elektronem dla rozproszenia do tyłu, pod kątem 180 st. Do pomiarów wykorzystano nowe źródło lokalnego pola magnetycznego o geometrii stożkowej.
-
Molecular Simulation Study of the Potentials of Mean Force for the Interactions between Models of Like-Charged and between Charged and Nonpolar Amino Acid Side Chains in Water
Publikacja -
Self-ignition of hydrogen–nitrogen mixtures during high-pressure release into air
Publikacja -
Structure and function of natural proteins for water transport: general discussion
Publikacja -
DMSO hydration redefined: Unraveling the hydrophobic hydration of solutes with a mixed hydrophilic–hydrophobic characteristic
PublikacjaHydrophobic hydration of solutes with a mixed hydrophilic--hydrophobic characteristics is still poorly understood. This is because both experimental and theoretical methods find it difficult to see the ice-like water structure around the nonpolar solute groups, unlike hydrogen bonds with the hydrophilic groups. In order to unravel this problem, we have investigated DMSO hydration by means of infrared spectroscopy and theoretical...
-
Molecular self-assembly and optical activity of chiral thionooxalamic acid esters
PublikacjaZsyntezowano kilka optycznie czynnych estrów dietylowych kwasu bis(tiooksamowego). Związki te, z powodu ich zdolności do tworzenia ze sobą komplementarnych cyklicznych wiązań wodorowych, są potencjalnie użytecznym materiałem budulcowym większych układów supramolekularnych. Odpowiednie układy modelowe otrzymano z optycznie czynnych 1,2-diamin, które poddano acylowaniu chlorooksooctanem etylu, a następnie otrzymane półprodukty tionowano...
-
Study of the Interactions between Neurophysin II and Dipeptide Ligand by Means of Molecular Dynamics
Publikacja -
Structural Insights into σ1 Receptor Interactions with Opioid Ligands by Molecular Dynamics Simulations
Publikacja -
Differential cross sections for elastic electron scattering in argon over the angular range 130-180 st.
PublikacjaPomiary różniczkowych przekrojów czynnych na rozpraszanie sprężyste na atomach argonu w zakresie kątów 130-180 st. dla elektronów o energiach 5, 7.5 i 10 eV. W pomiarach wykorzystano technikę lokalnego pola magnetycznego.
-
Molecular basis for the DNA damage induction and anticancer activity of asymmetrically substituted anthrapyridazone PDZ-7
Publikacjanthrapyridazones, imino analogues of anthraquinone, constitute a family of compounds with remarkable anti-cancer activity. To date, over 20 derivatives were studied, of which most displayed nanomolar cytotoxicity towards broad spectrum of cancer cells, including breast, prostate and leukemic ones. BS-154, the most potent derivative, had IC50 values close to 1 nM, however, it was toxic in animal studies. Here, we characterize another...