Wyniki wyszukiwania dla: MPI
-
BC-MPI: running an mpi application on multiple clusters with beesycluster connectivity
PublikacjaW artykule zaproponowano nowy pakiet BC-MPI, który umożliwiauruchomienie aplikacji MPI na wielu klastrach z różnymi implementacjami MPI. Wykorzystuje dedykowane implementacje MPIdo komunikacji wewnątrz klastrów oraz tryb MPI THREAD MULTIPLE dokomunikacji pomiędzy klastrami w dodatkowych wątkach aplikacji MPI. Ponadto, aplikacja BC-MPI może być automatycznie skompilowanai uruchomiona przez warstwę pośrednią BeesyCluster. BeesyClusterumożliwia...
-
Checkpointing of Parallel MPI Applications using MPI One-sided API with Support for Byte-addressable Non-volatile RAM
PublikacjaThe increasing size of computational clusters results in an increasing probability of failures, which in turn requires application checkpointing in order to survive those failures. Traditional checkpointing requires data to be copied from application memory into persistent storage medium, which increases application execution time as it is usually done in a separate step. In this paper we propose to use emerging byte-addressable...
-
Performance and Power-Aware Modeling of MPI Applications for Cluster Computing
PublikacjaThe paper presents modeling of performance and power consumption when running parallel applications on modern cluster-based systems. The model includes basic so-called blocks representing either computations or communication. The latter includes both point-to-point and collective communication. Real measurements were performed using MPI applications and routines run on three different clusters with both Infiniband and Gigabit Ethernet...
-
Towards Easy-to-Use Checkpointing of MPI Applications within CLUSTERIX.
PublikacjaW literaturze wymienia się wiele bibliotek/systemów zarówno poziomu jądra jak i użytkownika, które wspomagają zapisywanie i odtwarzanie stanu procesów. W odniesieniu do aplikacji równoległych, jest to jednak zadanie cały czas trudne. Praca prezentuje nasze podejście do zapisywania/odtwarzania stanu aplikacji MPI wspomagane przez programistę, które wykorzystane będzie w środowisku projektu CLUSTERIX tj. zintegrowanej grupie klastrów...
-
Object serialization and remote exception pattern for distributed C++/MPI application
PublikacjaMPI is commonly used standard in development of scientific applications. It focuses on interlanguage operability and is not very well object oriented. The paper proposes a general pattern enabling design of distributed and object oriented applications. It also presents its sample implementations and performance tests.
-
New user-guided and ckpt-based checkpointing libraries for parallel MPI applications
PublikacjaPraca prezentuje szczególy projektowe i implementacyjne jak również wyniki wydajnościowe dwóch nowych bibliotek checkpointingu opracowanych przez autorów dla równoległych aplikacji MPI. Pierwsz biblioteka, tzw. user-guided wymaga od programisty dostarczenia funkcji pakujących i rozpakowujących stan procesu, ale dostarcza łatwego w użyciu API z wykorzystaniem stałych MPI. Wykorzystuje funkcje I/O MPI-2 lub dedykowany proces master...
-
A Solution to Image Processing with Parallel MPI I/O and Distributed NVRAM Cache
PublikacjaThe paper presents a new approach to parallel image processing using byte addressable, non-volatile memory (NVRAM). We show that our custom built MPI I/O implementation of selected functions that use a distributed cache that incorporates NVRAMs located in cluster nodes can be used for efficient processing of large images. We demonstrate performance benefits of such a solution compared to a traditional implementation without NVRAM...
-
Portable parallel simulator using MPI for 2D and 3D domains: design and performance testing
PublikacjaW artykule prezentujemy szczegóły projektowo-implementacyjne naszego modularnego kodu symulacyjnego z wykorzystaniem MPI, w tym nakładaniem obliczeń i komunikacji. Podkreślamy modularność naszej implementacji pozwalającą na łatwą adaptację kodu dla innych zasotosowań. Prezentujemy związek pomiędzy przyspieszeniem obliczeń, rozmiarem i kształtami trójwymiarowych domen z różnymi stosunkami liczby węzłów aktualizowanych przez procesor...
-
Three levels of fail-safe mode in MPI I/O NVRAM distributed cache
PublikacjaThe paper presents architecture and design of three versions for fail-safe data storage in a distributed cache using NVRAM in cluster nodes. In the first one, cache consistency is assured through additional buffering write requests. The second one is based on additional write log managers running on different nodes. The third one benefits from synchronization with a Parallel File System (PFS) for saving data into a new file which...
-
Investigation into MPI All-Reduce Performance in a Distributed Cluster with Consideration of Imbalanced Process Arrival Patterns
PublikacjaThe paper presents an evaluation of all-reduce collective MPI algorithms for an environment based on a geographically-distributed compute cluster. The testbed was split into two sites: CI TASK in Gdansk University of Technology and ICM in University of Warsaw, located about 300 km from each other, both connected by a fast optical fiber Ethernet-based 100 Gbps network (900 km part of the PIONIER backbone). Each site hosted a set...
-
Efektywna warstwa pośrednicząca dla obliczeń typu master-slave w środowisku C++/MPI
PublikacjaPokazano, jak dla wysokowydajnościowego algorytmu pisanego w modelu master-slave w języku C++ i spełniającego pewne ograniczenia można napisać i wykorzystać warstwę komunikacyjną zupełnie oddzielającą kod odpowiedzialny za komunikację od kodu odpowiedzialnego za dzie-dzinę problemową. Przedstawiona zostaje specyfkacja wymagań, jakie powinien spełniać hipotetyczny system rozproszony oraz warstwa komunikacyjna, a także wymagania...
-
Performance Assessment of Using Docker for Selected MPI Applications in a Parallel Environment Based on Commodity Hardware
PublikacjaIn the paper, we perform detailed performance analysis of three parallel MPI applications run in a parallel environment based on commodity hardware, using Docker and bare-metal configurations. The testbed applications are representative of the most typical parallel processing paradigms: master–slave, geometric Single Program Multiple Data (SPMD) as well as divide-and-conquer and feature characteristic computational and communication...
-
A Parallel MPI I/O Solution Supported by Byte-addressable Non-volatile RAM Distributed Cache
PublikacjaWhile many scientific, large-scale applications are data-intensive, fast and efficient I/O operations have become of key importance for HPC environments. We propose an MPI I/O extension based on in-system distributed cache with data located in Non-volatile Random Access Memory (NVRAM) available in each cluster node. The presented architecture makes effective use of NVRAM properties such as persistence and byte-level access behind...
-
A Fail-Safe NVRAM Based Mechanism for Efficient Creation and Recovery of Data Copies in Parallel MPI Applications
PublikacjaThe paper presents a fail-safe NVRAM based mechanism for creation and recovery of data copies during parallel MPI application runtime. Specifically, we target a cluster environment in which each node has an NVRAM installed in it. Our previously developed extension to the MPI I/O API can take advantage of NVRAM regions in order to provide an NVRAM based cache like mechanism to significantly speed up I/O operations and allow to preload...
-
Zastosowanie bajtowo adresowanej pamięci NVRAM do zwiększenia wydajności wybranych aplikacji równoległych wykorzystujących MPI I/O
PublikacjaObecnie wiele badań podejmuje temat rosnącego problemu wydajności operacji na plikach w środowiskach klastrowych. Jednocześnie, według ostatnich doniesień związanych z rozwojem technologii pamięci komputerowych, w najbliższej przyszłości na rynku powinny pojawić się układy trwałej pamięci o dostępie swobodnym, adresowanej bajtowo. Niniejsza rozprawa pokazuje, że przy użyciu takiej pamięci można zwiększyć wydajność wybranych...
-
European MPI Users' Group Conference (European PVM/MPI Users' Group Conference)
Konferencje -
Analyses of wave records from the Southern Baltic Sea with the emphases on large wave events
PublikacjaW pracy przedstawiono wyniki analizy pomiarów szeregów czasowych falowania uzyskanych z boi pomiarowych Waverider, umieszczonych w kilku miejscach linii brzegowej Morza Bałtyckiego. Celem badań było wskazanie okresów i regionów możliwego pojawiania się fal maksymalnych. Rozważano wpływ czasu trwania sztormu i kierunku wiatru na powstawanie pojedynczych oraz grup fal ekstremalnych.
-
Process arrival pattern aware algorithms for acceleration of scatter and gather operations
PublikacjaImbalanced process arrival patterns (PAPs) are ubiquitous in many parallel and distributed systems, especially in HPC ones. The collective operations, e.g. in MPI, are designed for equal process arrival times (PATs), and are not optimized for deviations in their appearance. We propose eight new PAP-aware algorithms for the scatter and gather operations. They are binomial or linear tree adaptations introducing additional process...
-
Paweł Czarnul dr hab. inż.
OsobyPaweł Czarnul uzyskał stopień doktora habilitowanego w dziedzinie nauk technicznych w dyscyplinie informatyka w roku 2015 zaś stopień doktora nauk technicznych w zakresie informatyki(z wyróżnieniem) nadany przez Radę Wydziału Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki Politechniki Gdańskiej w roku 2003. Dziedziny jego zainteresowań obejmują: przetwarzanie równoległei rozproszone w tym programowanie równoległe na klastrach obliczeniowych,...
-
Dissociative multi-photon ionization of isolated uracil and uracil-adenine complexes
PublikacjaRecent multi-photon ionization (MPI) experiments on uracil revealed a fragment ion at m/z 84 that was proposed as a potential marker for ring opening in the electronically excited neutral molecule. The present MPI measurements on deuterated uracil identify the fragment as C3H4N2O+ (uracil+ less CO), a plausible dissociative ionization product from the theoretically predicted open-ring isomer. Equivalent measurements on thymine...