Wyniki wyszukiwania dla: WIĄZANIA WODOROWE
-
Intermolecular Hydrogen Bonding Directed by Aryl–Perfluoroaryl π–π Stacking Interactions
PublikacjaThe crystal structures of five compounds capable of forming self-complementary hydrogen bonds but crystallizing as catemers or creating more complex crystal structures were compared with their complexes prepared by cocrystallization with perfluoroaryl compounds. The results of X-ray diffraction revealed that in all the cases the π–π stacking interactions caused reorganization of hydrogen bonds and induced creation of the expected...
-
Synthesis and structure of Dicyclohexylammonium Tri-tert-pentoxysilanethiolate and 5-aminopentylammonium Tri-tert-pentoxysilanethiolate
PublikacjaTri-tert-pentoksysilanotiol reaguje z dicykloheksyloaminą i 1,5-diaminopentanem dając odpowiednie sole amoniowe. Sole te scharakteryzowano poprzez analizę elementarną, widma IR i NMR oraz metodą rentgenowskiej analizy strukturalnej. Są to pierwsze pochodne tri-tert-pentoksysilanotiolu, dla których wyznaczono strukturę krystaliczną.
-
New examples of N^(+)-H···^(-)S hydrogen bonds: Synthesis and X-ray study of selected secondary ammonium tri-tert-butoxysilanethiolates
PublikacjaTri-tert-butoksysilanotiol reagując z aminami drugorzędowymi: Et2NH, morfoliną, dicykloheksyloaminą i 2,2,4,4-tetrametylopiperydyną daje odpowiednie sole amoniowe. Jak wykazują rentgenowskie badania strukturalne wszystkie te związki tworzą w ciele stałym jednostki dimeryczne {RS(-), R'NH2(+)}2, powiązane wiązaniami wodorowymi typu: N(+)-H···(-)S.
-
Triaquabis(tri-tert-butoxysilanethiolato)barium
PublikacjaReakcja metalicznego baru z tri-tert-butoksysilanotiolem w obecności śladów wody daje [Ba(C12H27O3SSi)2(H2O)3]. Atom baru koordynowany jest przez dwie reszty silanotiolanowe w sposób chelatujący (jako O,S-ligandy) oraz przez atomy tlenu z trzech cząsteczek wody, tworząc międzycząsteczkową sieć wiązań wodorowych typu O--H...O i O--H...S.
-
Hexakis(1-methylimidazole-kN3)iron(II) dichloride dihydrate
PublikacjaTytułowy związek, [Fe(C4H6N2)6]Cl2.2H2O jest izostrukturalny z odpowiednimi związkami Co, Ni i Ru. W kompleksowym kationie żelazo(II) jest koordynowane oktaedrycznie przez sześć ligandów 1-metyloimidazolowych. Jon ujemny jest agregatem dwóch jonów chlorkowych i dwóch cząsteczek wody połączonych wiązaniami wodorowymi.
-
<i>catena</i>-Poly[[[bis(thiourea-κS)cadmium]-di-μ-thiocyanato-κ<sup>2</sup>N:S;κ<sup>2</sup>S:N] dihydrate]
PublikacjaTytułowy związek tworzy jednowymiarowy łańcuch na skutek występowania mostkujących grup SCN pomiędzy atomami kadmu. Atomy kadmu obsadzają krystalograficzne środki symetrii i są koordynowane oktaedrycznie (zdeformowany oktaedr) przez 2 atomy S i 2 atomy N z mostkujących ligandow SCN oraz przez 2 atomy S z dwóch cząsteczek tiomocznika. Upakowanie jest wspomagane przez dodatkowe wiązania międzycząsteczkowe OH...S, NH...O i NH...N....
-
Nickel alendronate
PublikacjaKryształy tytułowego związku [Ni2(C4H12NO7P2)4(H2O)2]*2H2O, zostały otrzymane w warunkach hydrotermalnych. Jego struktura jest izotypowa ze strukturą analogicznego związku Co(II).
-
3,3'-Dibenzoyl-1,1'-dibenzyl-1,1'-(ethane-1,2-diyl)dithiourea
PublikacjaIn the title compound, C32H30N4O2S2, the carbonyl and thiocarbonyl groups are found in a rare synclinal conformation, with an S-C···C-O pseudo-torsion angle of 62.6(2)°. The molecule has Ci = S2 point-group symmetry with a crystallographic center of inversion located in the middle of the ethylene bridge. One of the symmetry-independent phenyl...
-
Imidazolium silanethiolates relevant to the active site of cysteineproteases. A cooperative effect in a chain of NH(+)...S(-) hydrogenbonds
PublikacjaThree imidazolium silanethiolates relevant to the active site of cysteine proteases have been synthesized and investigated by X-ray diffraction, IR spectroscopy and computational methods. As indicated by crystallographic and FT-IR data in the solid state, the transfer of proton from thiol to imidazole takes place and a thiolato-imidazolium ion pair is formed. The FT-IR spectra of crystalline imidazolium silanethiolates exhibit...
-
<i>N,N</i>'-diphenylthiourea acetone monosolvate
PublikacjaIn the title compound, C13H12N2S·C3H6O, the phenyl rings of the thiourea molecule are in syn and anti positions in relation to the C=S bond. Two molecules are connected by N-HS=C hydrogen bonds into a centrosymmetric dimer. An additional N-HO=C hydrogen bond to the acetone solvent molecule and some weak C-H interactions reinforce the crystal structure.
-
1,3-Di-<i>n</i>-butylthiourea
PublikacjaIn the title compound, C9H20N2S, the n-butyl groups are in syn and anti positions in relation to the C=S bond. In the crystal, two molecules are connected by two N-H···S=C hydrogen bonds into a centrosymmetric dimer. Another N-H···S=C hydrogen bond links the dimers, forming layers with a hydrophilic interior and a hydrophobic exterior, which spread across the (100) plane. Interlacing of the...
-
Preparation and X-ray structures of selected aminium thiosulfates
PublikacjaVarious types of aminium thiosulfates (1–6), including hydrates and mixed salts, have been obtained by the reaction of ammonium thiosulfate with amines. Tertbutylamine, cyclo-hexylamine and 1,6-diaminohexane gave crystals of (t-BuNH3)2S2O3·H2O (1), (c-C6H11NH3)2S2O3 (3) and {(NH4)2(H3NC6H12NH3)(S2O3)2} (6), respectively, which were investigated by X-ray structural analysis. Extensive hydrogen bonding of the N-H…O and N-H…S type...
-
Self-assembly of secondary aryl amides in cocrystals with perfluoroaryl coformers: structural analysis and synthon preferences
PublikacjaCooperation of aryl⋯perfluoroaryl stacking interactions and hydrogen bonds was utilized in the construction of six novel cocrystals of aromatic cis-amides with pentafluorobenzoic acid (pfba) and pentafluorophenol (pfp). They were obtained by crystallization from solution and structurally characterized. In four instances, the components form heterotetrameric motifs, in which amide:amide homodimer interacts symmetrically on two sides...
-
Interplay between Aryl···Perfluoroaryl and Hydrogen Bonding Interactions in Cocrystals of Pentafluorophenol with Molecules of Trigonal Symmetry
PublikacjaCocrystals of seven star-shaped triaryl compounds with pentafluorophenol (pfp) were prepared and structurally characterized by the single-crystal X-ray diffraction method. Cocrystallization of pfp with planar (or almost planar) compounds gave six 3:1 molecular complexes with well-defined layered structures. The layers are composed of alternating pfp3 trimers, linked by hydrogen bonding, and triaryl molecules held together in planes...
-
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół różnych konformacji poliseryny - analiza wyników dynamiki molekularnej
PublikacjaRozpuszczalnik w istotny sposób wpływa na preferencje peptydu do przyjmowania określonej struktury drugorzędowej. Przykładem tego może być fakt, iż w przypadku polialaniny stabilność konformacji helikalnej w wodzie jest niższa aniżeli w próżni, podczas gdy w przypadku poliseryny mamy do czynienia ze zjawiskiem odwrotnym. W celu lepszego zrozumienia tego zjawiska badano właściwości otoczek hydratacyjnych dookoła czterech konformacji...
-
Właściwości otoczki hydratacyjnej wokół β-warstw o zróżnicowanym składzie aminokwasowym - analiza wyników dynamiki molekularnej
Publikacjaβ-warstwa to jedna z najczęściej spotykanych struktur drugorzędowych w białkach. Jak dotąd mechanizmy rządzące ustrukturyzowaniem wody w warstwie solwatacyjnej wokół tej struktury są słabo poznane [1]. W celu lepszego zrozumienia zjawiska hydratacji wokół struktur o konformacji β-warstwy przeprowadzono analizę wyników pochodzących z symulacji metodą dynamiki molekularnej β-warstw składających się z 8 równoległych nici o różnym...
-
Charakterystyka otoczki solwatacyjnej białka przeciwdziałającego zamarzaniu wody
PublikacjaWiele organizmów rozwinęło oryginalne sposoby na radzenie sobie z niebezpieczeństwami związanymi z narażaniem na niskie temperatury. Istnieje np. szczególna grupa białek powstrzymujących wzrost zarodków krystalizacji wody. W budowie analizowanego tu białka wskazać można trzy powierzchnie: jedną wiążącą się do lodu oraz dwie pozostające w kontakcie z wodą w stanie ciekłym. Przedmiotem tej pracy było opisanie struktury wody sąsiadującej...
-
Hydratacja domeny katalitycznej kinezyny
PublikacjaKinezyna należy do białek zwanych motorami molekularnymi, które są zdolne do wykonywania pracy mechanicznej. Konwencjonalna kinezyna wyposażona jest w dwie domeny motoryczne. Potrafi ona poruszać się w uporządkowany sposób przemieszczając się po szlakach wyznaczanych przez tzw. mikrotubule, które tworzone są przez białko tubulinę. Jej rola polega m.in. na transporcie białek i organelli komórkowych. Naturalnym środowiskiem działania...
-
Structural properties of hydration shell around various conformations of simple polypeptides
PublikacjaIn this paper we investigate structural properties of water within the solvation shell around the peptide core created by a well-defined conformation of polypeptide chain. The following secondary structures are investigated: linear (straight chain), and three helices PII (polyproline-like), 310, and α. We propose using the two-particle contribution to entropy as a rational measure of the water structural ordering within the solvation...
-
The hydrogen bond network structure within the hydration shell around simple osmolytes: Urea, tetramethylurea, and trimethylamine-N-oxide, investigated using both a fixed charge and a polarizable water model
PublikacjaDespite numerous experimental and computer simulation studies, a controversy still exists regarding the effect of osmolytes on the structure of surrounding water. There is a question, to what extent some of the contradictory results may arise from differences in potential models used to simulate the system or parameters employed to describe physical properties of the mixture and interpretation of the results. Bearing this in mind,...