Wyszukiwarka
Filtry
wszystkich: 920
-
Katalog
- Publikacje 765 wyników po odfiltrowaniu
- Czasopisma 12 wyników po odfiltrowaniu
- Konferencje 1 wyników po odfiltrowaniu
- Osoby 21 wyników po odfiltrowaniu
- Wynalazki 11 wyników po odfiltrowaniu
- Projekty 11 wyników po odfiltrowaniu
- Laboratoria 1 wyników po odfiltrowaniu
- Zespoły Badawcze 2 wyników po odfiltrowaniu
- Kursy Online 20 wyników po odfiltrowaniu
- Dane Badawcze 76 wyników po odfiltrowaniu
Wyniki wyszukiwania dla: dna mismatch repai
-
In vitro affinity of Deinococcus radiodurans MutS towards mismatched DNA exceeds that of its orthologues from Escherichia coli and Thermus thermophilus
PublikacjaThe mismatch binding protein MutS is responsible for the recognition of mispaired and unpaired bases, which is the initial step in DNA repair. Among the MutS proteins most extensively studied in vitro are those derived from Thermus thermophilus, Thermus aquaticus and Escherichia coli. Here, we present the first report on the in vitro examination of DNA mismatch binding activity of MutS protein from Deinococcus radiodurans and confront...
-
A Colorimetric Microplate Assay for DNA-Binding Activity of His-Tagged MutS Protein
PublikacjaA simple microplate method was designed for rapid testing DNA-binding activity of proteins. The principle of the assay involves binding of tested DNA by his-tagged protein immobilized on a nickel-coated ELISA plate, following colorimetric detection of biotinylated DNA with avidin conjugated to horseradish peroxidase. The method was used to compare DNA mismatch binding activities of MutS proteins from three bacterial species. The...
-
Białka prokariotycznego systemu MMR: rola oraz interakcje
PublikacjaUszkodzenia komórkowego DNA w postaci błędnie sparowanych lub niesparowanych zasad azotowych są wynikiem niewłaściwie zachodzących procesów metabolizmu DNA, takich jak replikacja, rekombinacja oraz naprawa DNA. Utrwalenie tego rodzaju zmian prowadzi do powstania mutacji. System MMR (ang. DNA mismatch repair) usuwa te uszkodzenia przyczyniając się do zwiększenia wierności replikacji DNA oraz utrzymania stabilności genomu komórki....
-
Conservation and diversity of MutS proteins
PublikacjaThe homologues of MutS, mismatch repair protein, exist in all prokaryotes, with the exception of Actinobacteria, Mollicutes and part of the Archaea. Multiple alignments of 316 MutS amino acid sequences from 169 species revealed conserved residues and sequence motifs distinguishing MutS homologues. All MutS homologues show high conservation within the ATPase domain. MutS1, the homologue responsible for DNA mismatch recognition,...
-
MutS3: a MutS homologue of unknown biological function
PublikacjaThe homologues of MutS proteins are widespread among both Prokaryotes and Eukaryotes. MutS designated as MutS1 is a part of MMR (mismatch repair) system which is responsible for removal of mispaired bases and small insertion/deletion loops in DNA. Initially, the only MutS homologues known were those engaged in mismatch repair and these were later designated as MutS1. Subsequently, the MutS2 homologue was distinguished. MutS2 does...
-
MUTL PROTEIN AS A COMMON CONSTITUENT OF VSP, BER, NER AND MMR REPAIR SYSTEMS
PublikacjaMutS and MutL proteins are renowned mostly for their functions in well-characterized, post-DNA replication mismatch repair system (MMR). However, there is growing evidence that MMR system is not the only field of action of these proteins. Moreover, involvement in MMR does not even have to be their primary function. There are some reports indicating involvement of MutL in BER, NER and VSP (very short patch repair). MutL protein...
-
Conserved motifs of MutL proteins
PublikacjatThe MutL protein is best known for its function in DNA mismatch repair (MMR). However, there isevidence to suggest that MutL is not only the linker connecting the functions of MutS and MutH in MMR,but that it also participates in other repair systems, such as Very Short Patch (VSP), Base Excision (BER)and Nucleotide Excision Repair (NER). This study set out to identify the most highly conserved aminoacid sequence motifs in MutL...
-
Interactions of antitumor triazoloacridinones with DNA
PublikacjaW niniejszej pracy zbadano oddziaływanie sześciu wybranych pochodnych triazoloakrydonu z DNA. Analiza wiskozymetryczna pokazała, że związki te interkalują do DNA. Jednocześnie dalsze badania wykazały, że proces interkalacji nie jest istotny aktywności cytotoksycznej tej grupy związków. Badania z wykorzystaniem fibroblastów dowiodły, że jedna z pochodnych triazoloakrydonu, związek C-1305, po uprzedniej metabolicznej aktywacji indukuje...
-
Abstract DNA-type systems
PublikacjaAbstrakcyjny system typu DNA jest definiowany przez zestaw nieliniowych kinetycznych równań z wielomianowymi nieliniowościami, które przyjmują rozwiązania solitonowe związane z geometrią helis. Zestaw równań pozwala na dwie różne reprezentacje Laxa: forma von Neumanna i Darboux-kowariantna para Laxa. Wyjaśniamy dlaczego nie-Kolmogorowskie modele prawdopodobieństwa pojawiające się w kinetyce solitonowej są naturalnie związane z...
-
Maturity Mismatch in the Polish Banking System and its Impact on the Economy
PublikacjaIn the article maturity mismatch in the Polish banking system is estimated based on the publicly available data. Then the impact on the economy is discussed. Based on Polish central bank’s data it may be estimated that between 1996 and 2012 the maturity gap increased significantly – average residual maturity of assets exceeds 6 years in 2012 (less than 2 years in 1996), while that of liabilities remains below 1 year. The gap...
-
Skills Mismatch in the Context of Technological Change
PublikacjaThis dissertation examines the impact of technological change (TC) on skills and competences and how higher education’s role has changed along the way. Quantitative research was conducted to reveal the perceptions of students and employers in Poland on the relevance of particular skills in an ICT based economy. The results of this research show that there is generally a rather insignificant discrepancy in these perceptions....
-
Processing of 1-nitroacridine-induced DNA-DNA cross-links by topoisomerase I is associated with enhanced cellular survival: a possible role of topoisomerase I in the removal of DNA cross-links
PublikacjaW tej pracy wykazujemy, że modyfikacje plazmidu indukowane przez wzrastające dawki 1-nitroakrydyn (nitracrine i związek C-857) prowadzą do zahamowania aktywności katalitycznej topoizomerazy I. Hamowanie to związane jest z pojawieniem się pojedynczoniciowych uszkodzeń DNA i tworzeniem kowalencyjnych kompleksów topoizomeraza I-DNA. Nie obserwowano takich efektów dla topoizomerazy typu II.Dalsze badania wykazały, że jedna z 1-nitroakrydyn...
-
Applying fuzzy logic to decisional DNA digital TV
PublikacjaWprowadzono wspomaganie oparte na logice rozmytej do modelu telewizji wykorzystujacej decyzyjny DNA.
-
Naturally occurring mitochondrial DNA heteroplasmy in the MRL mouse
PublikacjaThe MRL/MpJ mouse is an inbred laboratory strain of Mus musculus, known to exhibit enhanced autoimmunity, increased wound healing, and increased regeneration properties. We report the full-length mitochondrial DNA (mtDNA) sequence of the MRL mouse (Accession # EU450583), and characterize the discovery of two naturally occurring heteroplasmic sites. The first is a T3900C substitution in the TpsiCloop of the tRNA methionine gene...
-
Fuzyjne polimerazy DNA – otrzymywanie, charakterystyka i zastosowanie
PublikacjaObecnie reakcje PCR (ang. Polymerase Chain Reaction) wykazują bardzo szerokie zastosowanie w diagnostyce medycznej, biologii molekularnej czy inżynierii genetycznej. Efektywność tych reakcji rozumiana jako wydajność i wierność przeprowadzonej amplifikacji jest nieodłącznie związana ze stosowaną polimerazą DNA i warunkami prowadzenia reakcji PCR. Aby sprostać wymaganiom stawianym przez nowoczesne metody diagnostyczne oraz współczesną...
-
Skills mismatch in the context of technological change
PublikacjaThe main purpose of this dissertation is to assess the perception asymmetry of smart skills and formal education in ICT based economy. In other words, the goal of this research is to assess perceptions of smart skills and competences in the context of technological change from the perspectives of employers and students in Poland. Determining the fore-mentioned relationship gives insight into the hypothetical perception asymmetry...
-
DNA modification by 1-nitroacridine derivatives. Comparison of 32P-Postlabeling and restriction enzyme analysis method for the detection of DNA adducts formed by 1-nitroacridines C-1748 and C-857
Publikacja4-podstawione 1-nitroakrydyny reprezentują nową grupę pochodnych akrydyny, zsyntetyzowanych na Politechnice Gdańskiej. Metoda 32P-postlabellingu wykazała, że pochodne C-1748 i C-857 tworzą od 4-6 adduktów DNA w systemie komórkowym i bezkomórkowym o innym rozkładzie plam chromatograficznych, jednakże niezależnym od zastosowanego systemu aktywacyjnego. Metoda enzymatycznej analizy restrykcyjnej pozwoliła natomiast śledzić kinetykę...
-
Interstrand crosslinking of DNA by C-1311 (Symadex) and other imidazoacridinones
PublikacjaImidazoakrydony, w tym pochodna C-1311 (Symadex) znajdująca się w pierwszej fazie badań klinicznych prowadzonych w USA, należą do grupy bardzo aktywnych związków przeciwnowotworowych zsyntetyzowanych w Katedrze Technologii Leków i Biochemii PG. Za pomocą zmodyfikowanej metody Parsons'a wykazaliśmy, że C-1311 indukuje, w sposób zależny od stężenia, międzyłańcuchowe wiązania sieciujące w komórkach różnych nowotworów ludzkiego pochodzenia...
-
Electroanalytical and spectroscopic procedures for examination of interactions between double stranded DNA and intercalating drugs
PublikacjaPrzedstawiono metodę elektrochemicznego opisu oddziaływań dsDNA ze związkiem biologicznie czynnym w warunkach, w których zarówno badany związek jak i cząsteczka DNA są w roztworze elektrolitu. Opracowano warunki pomiaru, gdzie ani związek, ani DNA nie adsorbuje na elektrodzie. Wykazano, podobnie jak podczas badania innymi metodami, że oddziaływania są dwojakiego rodzaju: elektrostatyczne i poporzez interkalację.
-
Two highly thermostable paralogous single-stranded DNA-binding proteins from Thermoanaerobacter tengcongensis
PublikacjaThe thermophilic bacterium Thermoanaerobacter tengcongensis has two single-stranded DNA-binding (SSB) proteins, designated TteSSB2 and TteSSB3. In a SSB complementation assay in Escherichia coli, only TteSSB3 took over the in vivo function of EcoSSB. We have cloned the ssb genes obtained by PCR and have developed E. coli overexpression systems. The TteSSB2 and TteSSB3 consist of 153 and 150 amino acids with a calculated molecular...
-
Interaction of antitumor triazoloacridone C-1305 and its analogs with telomeric DNA
PublikacjaBadaliśmy oddziaływanie pochodnej triazoloakrydonu C-1305 i jego bliskich analogów strukturalnych z oligonukleotydami zawierającycmi sekwencje telomerowe TTAGGG oraz oligonukleotydami sfałdowanymi w strukturę G-kwadrupleksu. Wykazaliśmy, że spośród badanych związków pochodna C-1305 wykazała największą specyficzność w stosunku do telomerowego DNA. Związek ten stabilizował także strukturę G-kwadrupleksu, podczas gdy jego analogi...
-
Cellular senescence induced by DNA damage and its role in carcinogenesis and chemotherapy
PublikacjaUszkodzenia DNA indukują w komórce różne procesy, w tym starzenie komórkowe, co może uruchamiać proces karcinogenezy jak i być związane z odpowiedzią na leki przecinowotworowe. Biologiczna rola starzenia komórkowego nie jest jednak jasna. Zasugerowano, że proces starzenia komórkowego może hamować proces karcinogenezy poprzez indukcję nieodwracalnego zahamowania wzrostu przez czynniki genotoksyczne. Indukcja starzenia komórkowego...
-
Comet assay-based methods for measuring DNA repair in vitro; estimates of inter- and intra-individual variation.
PublikacjaZdolność do naprawy uszkodzeń DNA jest jednym z najważniejszych wyznaczników podatności na choroby nowotworowe. Dlatego też użytecznym staje się możliwość pomiaru stopnia naprawy DNA w próbkach materiału badawczego pobranego od ochotników. Celem pracy było, po pierwsze, opracowanie w warunkach in vitro prostej metody (z wykorzystaniem techniki testu kometowego), w której naprawa DNA odbywa się poprzez wycinanie nukleotydów (NER)....
-
Epigenetic Basis of Regeneration: Analysis of Genomic DNA Methylation Profiles in the MRL/MpJ Mouse
PublikacjaEpigenetic regulation plays essential role in cell differentiation and dedifferentiation, which are the intrinsic processes involved in regeneration. To investigate the epigenetic basis of regeneration capacity, we choose DNA methylation as one of the most important epigenetic mechanisms and the MRL/MpJ mouse as a model of mammalian regeneration known to exhibit enhanced regeneration response in different organs. We report the...
-
Novel thermostable single-stranded DNA-binding protein (SSB) from Deinococcus geothermalis
PublikacjaW celu zbadania właściwości biochemicznych białka wiążącego się do jednoniciowego DNA (SSB) pochodzącego z Deinococcus geothermalis (DgeSSB), sklonowano gen ssb otrzymany w reakcji PCR, a następnie uzyskano wydajną biosyntezę białka DgeSSB. Gen składa się z 900 par zasad, kodujących białko złożone z 300 reszt aminokwasowych, o wyliczonej masie molekularnej równej 32.45 kDa. Sekwencja aminokwasowa wykazuje 43, 44% i 75% identyczności...
-
GRA1 protein vaccine confers better immune response compared to codon-optimized GRA1 DNA vaccine
PublikacjaW publikacji oszacowano immunogenność i właściwości protekcyjne szczepionki anty-Toxoplasma gondii opartej na białku rekombinantowym GRA1 oraz dwóch rodzajach szczepionek DNA (plazmidu zawierającego gen kodujący białko GRA1 dzikiego typu oraz modyfikowanego genu kodującego białko GRA1). Uzyskane wyniki sugerują lepsze właściowści immunoprotekcyjne rekombinantowego białka antygenowego niż szczepionek DNA.
-
Geologia dna morskiego 2021/2022
Kursy OnlineKurs przeznaczony jest dla studentów I semestru studiów II stopnia kierunku Inżynieria Morska i Brzegowa na WOiO i WILIŚ. Tematyka kursu obejmuje zagadnienia geologii morza, procesów formujących dno morskie i oceaniczne a także strefę brzegową oraz skał powstających w środowisku morskim.
-
Marek Czachor prof. dr hab.
Osoby -
Generation and Characterization of a DNA-GCN4 Oligonucleotide-Peptide Conjugate: The Impact DNA/Protein Interactions on the Sensitization of DNA
PublikacjaRadiotherapy, the most common therapy for the treatment of solid tumors, exerts its effects by inducing DNA damage. To fully understand the extent and nature of this damage, DNA models that mimic the in vivo situation should be utilized. In a cellular context, genomic DNA constantly interacts with proteins and these interactions could influence both the primary radical processes (triggered by ionizing radiation) and secondary reactions,...
-
Interstrand crosslinking of DNA in tumor and fibroblast cells by C-1311 (Symadex) and other imidazoacridinones
PublikacjaImidazoakrydony, w tym pochodna C-1311 znajdująca się w pierwszej fazie badań klinicznych prowadzonych przez firmę Xanthus Life Sciences, należą do grupy bardzo aktywnych związków przeciwnowotworowych zsyntetyzowanych w Katedrze Technologii Leków i Biochemii PG. Za pomocą zmodyfikowanej metody Parsons'a wykazaliśmy, że C-1311 indukuje w sposób zależny od stężenia międzyłańcuchowe wiązania sieciujące w komórkach różnych nowotworów...
-
DNA REPAIR
Czasopisma -
DNA SEQUENCE
Czasopisma -
Mobile DNA
Czasopisma -
DNA Reporter
Czasopisma -
Environmental DNA
Czasopisma -
Mitochondrial DNA
Czasopisma -
Identification and properties of the Deinococcus grandis andDeinococcus proteolyticus single-stranded DNA binding proteins (SSB)
PublikacjaW celu poznania właściwości biochemicznych białek SSB pochodzących z Deinococcus grandis (DgrSSB) i Deinococcus proteolyticus (DprSSB) sklonowano zaamplifikowane w reakcji PCR geny ssb w systemie ekspresyjnym Escherichia coli. Geny składają się z 891(DgrSSB) i 876 (DprSSB) nukleotydów kodujących odpowiednio 296 i 291 reszt aminokwasowych o teoretycznie wyznaczonej masie cząsteczkowej dla białek, równej 32,29 i 31,33 kDa. Sekwencja...
-
Folding‐upon‐repair DNA nanoswitches for monitoring DNA repair enzymes activity
PublikacjaWe demonstrate here a new class of DNA‐based nanoswitches that, upon enzymatic repair, could undergo a conformational change mechanism leading to a change in fluorescent signal. Such folding‐upon‐repair DNA nanoswitches are synthetic DNA sequences containing O6‐methyl‐guanine (O6‐MeG) nucleobases and labelled with a fluorophore/quencher optical pair. The nanoswitches are rationally designed so that only upon enzymatic demethylation...
-
Towards neural knowledge DNA
PublikacjaIn this paper, we propose the Neural Knowledge DNA, a framework that tailors the ideas underlying the success of neural networks to the scope of knowledge representation. Knowledge representation is a fundamental field that dedicates to representing information about the world in a form that computer systems can utilize to solve complex tasks. The proposed Neural Knowledge DNA is designed to support discovering, storing, reusing,...
-
Identification, cloning, expression, and characterizationof a highly thermostable single-stranded-DNA-binding protein (SSB) from Deinococcus murrayi
PublikacjaZidentyfikowano i scharakteryzowano białko SSB-podobne, pochodzące z Deinococcus murrayi (DmuSSB). Otrzymany w reakcji PCR fragment zawierający kompletny gen ssb sklonowano w systemie ekspresyjnym Escherichia coli. Gen składa się z 826 nt, kodujących 276 reszt aminokwasowych z wyliczoną teoretycznie masą cząsteczkową monomeru równą 30,14 kDa. DmuSSB zawiera dwie domeny wiążące jednoniciowe DNA OBna monomer I funkcjonuje jako homodimer....
-
Ocena wpływu pokarmowych kwasów nukleinowych i ich komponentów na replikacyjną i naprawczą syntezę DNA w modelach komórek ludzkiego układu pokarmowego
PublikacjaKwasy nukleinowe, do których należą DNA i RNA, są podstawowymi elementami każdej komórki niezbędnymi do prawidłowego funkcjonowania organizmu. Pomimo, że cząsteczki te stanowią również nieodłączne składniki produktów żywnościowych spożywanych przez człowieka, to badania na temat ich zawartości w żywności oraz wartości odżywczej są ograniczone. Wyniki uzyskane w niniejszej pracy doktorskiej pokazały istotne różnice w ilości, wielkości...
-
Taq DNA polymerase fused with DNA binding protein with increased resistance to inhibitors from clinical samples
PublikacjaNowadays PCR method is commonly used in molecular diagnostic. However, in many cases PCR is limited, by the presence of inhibitory substances in biological, soil or food samples Efficiency and fidelity of amplification is strongly connected with DNA polymerase and reaction conditions. To meet the requirements of modern diagnostic methods it is essential to seeking for new DNA polymerases with better properties useful in these field....
-
Viability of decisional DNA in robotics
PublikacjaThe Decisional DNA is an artificial intelligence system that uses prior experiences to shape future decisions. Decisional DNA is written in the Set Of Experience Knowledge Structure (SOEKS) and is capable of capturing and reusing a broad range of data. Decisional DNA has been implemented in several fields including Alzheimer’s diagnosis, geothermal energy and smart TV. Decisional DNA is well suited to use in robotics due to the...
-
Modified DNA polymerases for PCR troubleshooting
PublikacjaPCR has become an essential tool in biological science. However, researchers often encounter problems with difficult targets, inhibitors accompanying the samples, or PCR trouble related to DNA polymerase. Therefore, PCR optimization is necessary to obtain better results. One solution is using modified DNA polymerases with desirable properties for the experiments. In this article, PCR troubleshooting, depending on the DNA polymerase...
-
Fusion of Taq DNA polymerase with single-stranded DNA binding-like protein of Nanoarchaeum equitans—Expression and characterization
PublikacjaDNA polymerases are present in all organisms and are important enzymes that synthesise DNA molecules. They are used in various fields of science, predominantly as essential components for in vitro DNA syntheses, known as PCR. Modern diagnostics, molecular biology and genetic engineering need DNA polymerases which demonstrate improved performance. This study was aimed at obtaining a new NeqSSB-TaqS fusion DNA polymerase from the...
-
Adding Interpretability to Neural Knowledge DNA
PublikacjaThis paper proposes a novel approach that adds the interpretability to Neural Knowledge DNA (NK-DNA) via generating a decision tree. The NK-DNA is a promising knowledge representation approach for acquiring, storing, sharing, and reusing knowledge among machines and computing systems. We introduce the decision tree-based generative method for knowledge extraction and representation to make the NK-DNA more explainable. We examine...
-
Dual inhibition of PI3K/Akt signaling and the DNA damage checkpoint in p53-deficient cells with strong survival signaling: implications for cancer therapy
PublikacjaOporność komórek nowotworowych na leki uszkadzjące DNA związana jest ściśle ze zdolnością do utrzymywania blok z fazie G2 cyklu komórkowego. Blok ten regulowany jest przez mechanizmy punktu kontrolnego G2/M oraz szlaki przeżycia komórkowego. W pracy badaliśmy rolę szlaku kinazy PI3K/Akt w funkcjonowaniu punktu kontrolnego cyklu komórkowego i wpływ na przeżycie komórek traktowanych lekiem przeciwnowotworowym - cisplatyną. Nasze...
-
Regulacja topologii DNA przez topoizomerazę typu II, czyli jak struktura DNA wpływa na funkcjonowanie genów
PublikacjaW wielu ważnych procesach jakie zachodzą w komórce zmienia się topologia DNA i struktura chromatyny. Enzym, topoizomeraza typu II, jest jednym z ważnych czynników, który reguluje zmiany topologiczne i strukturalne w jądrze, przez co ma bezpośredni lub pośredni wpływ na takie procesy jak uporządkowanie struktury chromatyny poprzez wiązanie pętli chromatyny do szkieletu jądrowego, transkrypcję i replikację DNA, reperację uszkodzeń...
-
Paweł Sachadyn prof. dr hab. inż.
Osoby -
Mitochondrial DNA Part A
Czasopisma