Specjalność: Biotechnologia molekularna (WCh), II stopnia, stacjonarne
Prowadzący wykład: dr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni - forma stacjonarna
Prowadzący laboratoria: dr hab. Beata Krawczyk, prof. uczelni- zajęcia stacjonarne na PG, sala 304 WCH B (bud.7); III piętro.
Kontakt: (58) 347-23-83
Beata Krawczyk (wykłady): e-mail: beata.krawczyk@pg.edu.pl; WCH B; p.217;tel. (58) 347-23-83
Bartosz Ostrowski, WCH B, p.218 tel. (58) 347-13-83
Konsultacje: stacjonarnie we wtorek 1300 po uprzednium umówieniu się drogą e-mailową. Konsultacje z laboratoriów do uzgodnienia z prowadzącym.
Opis kursu
Kurs dotyczy technik amplifikacji kwasów nukleinowych, zarówno tych związanych z amplifikacją matrycy, jak i tych stosowanych w amplifikacji sygnału czy sondy. Poza metodyką związaną z praktycznym stosowaniem różnych metod, omówione zostaną przykłady zastosowań różnych technik.
Laboratoria według planu zajęć
Zasady zaliczenia przedmiotu:
WYKŁAD
- obecność obowiązkowa (dozwolona 1 nieobecność na zajęciach), w przypadku dluższej nieobecności wymagane zwolnienie lekarskie
- zaliczenie wykładu w formie testu (stacjonarnie)
- próg zaliczenia dla wykładu - 60%
- wykład stanowi 50% składowej oceny końcowej
LABORATORIA
- obecność na laboratoriach jest obowiązkowa (jednanieobecność dozwolona)
- sprawozdania (forma do ustalenia z prowadzącym)
- próg zaliczenia dla laboratorium - 60%
- laboratoria stanowią 50% składowej oceny końcowej przedmiotu
Szczegółowy program
Wykłady: Dodatnie strony testów opartych o kwasy nukleinowe (NAT). Metody amplifikacji targetu. Organizacja laboratorium amplifikacji kwasów nukleinowych Historia techniki PCR. Zasada działania (pracy) PCR, kinetyka reakcji, pierwsze kroki w nastawianiu PCR, analiza produktów amplifikacji. Podstawy PCR – reagenty i urządzenia do PCR (termocyklery): matryce do PCR (kwasy nukleinowe), odczynniki (dNTP, Mg2+), bufory do PCR –skład, startery oligonukleotydowe, polimerazy do PCR (właściwości). Przygotowanie matrycy do PCR i inhibitory. Optymalizacja PCR. Rozwiązywanie problemów, substancje wpływające na efektywność PCR: inhibicja i wzmacnianie. HOT-start PCR. Touchdown PCR. Strony dodatnie stosowania PCR i ograniczenia (problemy z kontaminacją, zwalczanie i zapobieganie, kontrole w reakcji PCR). Poprawa specyficzności reakcji PCR. Wewnętrzny (zagnieżdżony) PCR (nested PCR) podnosi czułość reakcji. Złożony PCR (multiplex PCR). Asymetryczny PCR w przygotowywaniu ssDNA do sekwencjonowania. Analiza ekspresji genów w wykorzystaniem RT-PCR, semi-ilościowy i ilościowy PCR. Kompetytywny PCR. Allelo-specyficzna amplifikacja (ASA). Szybka amplifikacja końców cDNA (RACE). Metoda T-RFLP do badania mikroorganizmów środowiskowych. Podstawy Real-time PCR. Genotypowanie z zastosowaniem RAPD (przypadkowe amplifikowanie polimorficznego DNA). Metody oparte o ligację adaptorów oligonukleotydowych i PCR (LM PCR). Technika LAMP. Zastosowanie PCR w diagnostyce molekularnej. Alternatywne techniki amplifikacji kwasów nukleinowych (NASBA, TMA, SDA, MDA, OLA). Zastosowanie polimerazy Phi29. Metody amplifikacji sygnału (bDNA, hybryd capture assay) i metody amplifikacji sondy.
Laboratoria: Strategia optymalizacji reakcji PCR: optymalizacja temperatury przyłączania starterów, stężenia DNA - badanie czułości reakcji, optymalizacja dNTP i Mg2+, składu buforu do PCR. Badanie substancji wpływających na PCR: inhibitory i wzmacniacze. Inhibicja pochodząca od odczynników podczas izolacji DNA (proteinaza, fenol, SDS, EDTA, materiał biologiczny-krew). Efekt inhibicji określonego stężenia SDS na aktywność polimerazy i znoszenie działania hamującego SDS przez Tween20. Ocena efektywności działania wzmacniaczy (podnoszenie wydajności PCR z użyciem odpowiedniego panelu wzmacniaczy) Multiplex PCR - wykrywanie dwóch różnych regionów genomu w jednej probówce - optymalizacja. Amplifikacja totalnego DNA z zastosowaniem polimerazy Phi29.
Details
- WWW:
- https://enauczanie.pg.edu.pl/moodle/course/view.php?id=30914 open in new tab
- Start date:
- 04-10-2023
- Access type:
-
By teacher
- Verified by:
- Gdańsk University of Technology
seen 58 times