Search
Search results for: G-KWADRUPLEKSY
-
Termodynamika oddziaływań i przejść strukturalnych DNA w układach wodnych na podstawie symulacji metodą dynamiki molekularnej
PublicationKwas deoksyrybonukleinowy jest jednym z najistotniejszych elementów każdej żywej komórki ze względu na rolę głównego nośnika informacji genetycznej. Posiada on instrukcje potrzebne do wzrostu, budowy, funkcjonowania oraz namnażania się wielu żywych organizmów, w tym także wirusów. Okazuje się, że w zależności od warunków środowiskowych, DNA może przyjmować wiele różnych struktur drugorzędowych, z których większość stanowi formy...
-
Mechanism of recognition of parallel G-quadruplexes by DEAH/RHAU helicase DHX36 explored by molecular dynamics simulations
PublicationBecause of high stability and slow unfolding rates of G-quadruplexes (G4), cells have evolved specialized helicases that disrupt these non-canonical DNA and RNA structures in an ATP-dependent manner. One example is DHX36, a DEAH-box helicase, which participates in gene expression and replication by recognizing and unwinding parallel G4s. Here, we studied the molecular basis for the high affinity and specificity of DHX36 for parallel-type...
-
Molecular dynamics simulations reveal the balance of forces governing the formation of a guanine tetrad—a common structural unit of G-quadruplex DNA
PublicationG-quadruplexes (G4) are nucleic acid conformations of guanine-rich sequences, in which guanines are arranged in the square-planar G-tetrads, stacked on one another. G4 motifs form in vivo and are implicated in regulation of such processes as gene expression and chromosome maintenance. The structure and stability of various G4 topologies were determined experimentally; however, the driving forces for their formation are not fully...