Search
Search results for: OSMOLITY
-
Chemometric Method of Spectra Analysis Leading to Isolation of Lysozyme and CtDNA Spectra Affected by Osmolytes
PublicationW niniejszej pracy zaprezentowana została chemometryczna metoda analizy danych widmowych, prowadząca do wyizolowania widm FTIR biomakrocząsteczek (lizozymu z białka jaja kurzego i ctDNA) zaburzonych przez wybrane osmolity (TMAO, betainę) w roztworach wodnych. Została ona oparta na metodzie widm różnicowych, wykorzystywanej pierwotnie do określania struktury rozpuszczalnika wokół cząsteczek substancji rozpuszczonej. Cykliczne wykorzystanie...
-
Wpływ oddziaływań sfer hydratacyjnych białek i osmolitów na stabilność białek w roztworze
PublicationZjawisko zwijania białek w roztworach osmolitów jest intensywnie badane od wielu lat. Wciąż jednak nie ma zgodności co do mechanizmu stabilizacji/destabilizacji białek. Celem niniejszej pracy było poznanie mechanizmu wpływu osmolitów na stabilność białek. W tym aspekcie przeprowadzone badania były ukierunkowane na poznanie wpływu osmolitów na sferę hydratacyjną białka. W niniejszej pracy zbadałem wpływ przedstawiciela osmolitów...
-
Stabilizing agents and protein stability
PublicationBiałka są kluczowymi elementami żywych organizmów, jak również efektywnymi katalizatorami w biotechnologii i medycynie. Szybki rozwój wielu gałęzi biotechnologii wiąże się z coraz większym zapotrzebowaniem na produkty białkowe charakteryzujące się wysoką stabilnością. Jednym ze sposobów osiągnięcia większej stabilności białek jest wykorzystanie małych związków organicznych, tzw. osmolitów. Do tej grupy związków należą aminokwasy,...
-
Wpływ osmolitów na stabilność białek w oparciu o metodę dynamiki molekularnej
PublicationCelem niniejszej pracy było zbadanie molekularnego mechanizmu wpływu biologicznie znaczących związków, tzw. osmolitów na stabilność białek. Aby zweryfikować istniejące hipotezy i dostarczyć spójnego obrazu działania osmolitów na poziomie molekularnym, wykorzystano metodę dynamiki molekularnej do zasymulowania mechanicznej denaturacji modelowych białek – lizozymu i ubikwityny. W tym podejściu odtworzony został efekt stabilizujący...
-
Oddziaływania międzycząsteczkowe w wybranych układach trójskładnikowych: woda - osmolit - model łańcucha białkowego
PublicationW niniejszej rozprawie przedstawione zostały wyniki moich prac nad oddziaływaniami międzycząsteczkowych w wodnych układach osmolitów i białek. Wykorzystałam równolegle dwa kierunki badań: spektroskopię w podczerwieni (FTIR) oraz badania wolumetryczne i akustyczne. Mając możliwość śledzenia formowania się włókien amyloidowych, postanowiłam zbadać również wpływ wytypowanych osmolitów na proces formowania się włókien białkowych. Najważniejszym...
-
The hydrogen bond network structure within the hydration shell around simple osmolytes: Urea, tetramethylurea, and trimethylamine-N-oxide, investigated using both a fixed charge and a polarizable water model
PublicationDespite numerous experimental and computer simulation studies, a controversy still exists regarding the effect of osmolytes on the structure of surrounding water. There is a question, to what extent some of the contradictory results may arise from differences in potential models used to simulate the system or parameters employed to describe physical properties of the mixture and interpretation of the results. Bearing this in mind,...
-
Molecular basis of the osmolyte effect on protein stability: a lesson from the mechanical unfolding of lysozyme
PublicationOsmolytes are a class of small organic molecules that shift the protein folding equilibrium. For this reason, they are accumulated by organisms under environmental stress, and find applications in biotechnology where proteins need to be stabilized or dissolved. However, despite years of research, debate continues over the exact mechanisms underpinning the stabilizing and denaturing effect of osmolytes. Here, we simulated the mechanical...
-
Are stabilizing osmolytes preferentially excluded from the protein surface? FTIR and MD studies
PublicationInteractions between osmolytes and hen egg white lysozyme in aqueous solutions were studied by means of FTIR spectroscopy and molecular dynamics. A combination of difference spectra method and chemometric analysis of spectroscopic data was used to determine the number of osmolyte molecules interacting with the protein, and the preferential interaction coefficient in presented systems. Both osmolytes – L-proline and trimethylamine-N-oxide...