Search
Search results for: METRYKI FILOGENETYCZNE
-
Matching Split Distance for Unrooted Binary Phylogenetic Trees
PublicationRekonstrukcja drzew ewolucji jest jednym z głównych celów w bioinformatyce. Drzewa filogenetyczne reprezentuje historię ewolucji i związki pokrewieństwa między różnymi gatunkami. W pracy proponujemy nową ogólną metodę określania odległości między nieukorzenionymi drzewami filogenetycznymi, szczególnie użyteczną dla dużych zbiorów gatunków. Następnie podajemy szczegółowe własności jednej metryki określonej przy użyciu tej metody...
-
Porównywanie topologii drzew i sieci filogenetycznych z wykorzystaniem metryki błędu
PublicationPodstawowymi modelami historii ewolucji organizmów są drzewa i sieci filogenetyczne. Ponieważ algorytmy konstrukcji filogenów zwracają różne wyniki dla tych samych danych wejściowych, powstaje problem oceny, który filogen najlepiej reprezentuje historię ewolucji dla zadanego zbioru gatunków. W pracy podano definicję metryki dla przestrzeni drzew o n liściach, zwanej metryką błędu. Dokonano przeglądu miar odległości na przestrzeni...
-
TreeCmp: Comparison of Trees in Polynomial Time
PublicationMetryki filogenetyczne umożliwiają ocenę jakości wyników analizy filogenetycznej oraz wiarygodności algorytmów przeprowadzających taką analizę. Aplikacja TreeCmp oferuje efektywne, wielomianowe implementacje ośmiu takich metryk (dla drzew nieukorzenionych i zawierających korzeń) zdefiniowanych dla dowolnych filogenez (nie koniecznie binarnych). Program ten jako pierwszy umożliwia wyznaczanie nowych metryk, definiowanych w oparciu...
-
Metoda porównywania drzew filogenetycznych wykorzystująca najlżejsze doskonałe skojarzenie w grafach dwudzielnych
PublicationDrzewa filogenetyczne przedstawiają historyczne, ewolucyjne związki pokrewieństwa między różnymi gatunkami lub różnymi osobnikami w ramach jednego gatunku. Istnieje wiele metod rekonstruowania drzew filogenetycznych. Wykorzystywanie różnych metod na tym samym zbiorze danych zazwyczaj owocuje powstaniem różnych drzew. Pojawia się zatem pytanie: jak bardzo dwa dane drzewa różnią się od siebie. W niniejszej pracy prezentujemy nową...