Search
Aleksandra Miszkiel
Publications
Filters
total: 9
Catalog Publications
Year 2017
-
Long range molecular dynamics study of interactions of the eukaryotic glucosamine-6-phosphate synthase with fructose-6-phosphate and UDP-GlcNAc
PublicationGlucosamine-6-phosphate synthase (EC 2.6.1.16) is responsible for catalysis of the first and practically irreversible step in hexosamine metabolism. The final product of this pathway, uridine 5 diphospho Nacetyl- d-glucosamine (UDP-GlcNAc), is an essential substrate for assembly of bacterial and fungal cell walls. Moreover, the enzyme is involved in phenomenon of hexosamine induced insulin resistance in type II diabetes, which...
-
Regulacja aktywności syntazy glukozamino-6-fosforanu z Candida albicans – badania metodami obliczeniowymi
PublicationNiniejsza praca przedstawia wyniki badań, prowadzonych metodami obliczeniowymi, poświęconych enzymowi syntazie GlcN-6-P pochodzącemu z drożdży C. albicans. Enzym ten odpowiedzialny jest między innymi za biosyntezę kluczowych składników ściany komórkowej grzybów i bakterii, ma również wpływ na regulację metabolizmu glukozy. Przedstawione badania stanowią jeden z etapów poszukiwania molekularnego mechanizmu inhibicji, której eukariotyczna...
Year 2012
-
Coarse-grained simulation - an efficient approach for studying motions of large proteins
PublicationOne of the most important challenges in performing Molecular Dynamics (MD) simulations of large protein complexes is to accommodate the model accuracy and the simulation timescale. Hitherto, for the most relevant dynamics of protein aggregates in an explicit aqueous environment, the timescale reachable for the all-atoms simulations is of hundreds of nanoseconds. This range is four to six orders of magnitude smaller than processes...
-
Molecular dynamics and verisimilitude - to what extent can one trust a computational simulation?
PublicationFor the last several tens of years, computer simulations have become of undeniable importance. Molecular Dynamics (MD) simulation techniques are used to examine the phenomena which occur at the level that cannot be observed directly. Thus, they can be successfully exploited in many different scientific fields such as: materials science, applied mathematics and theoretical physics, biochemistry, biophysics or drug design. Despite...
Year 2011
-
Computational methods for calculation of binding free energy for ligand-receptor complexes
PublicationAccurate description of the molecular complexes energetic influence is required for understanding of many biological functions carried out by proteins. Therefore, estimation of binding free energy for ligand-receptor complexes is of highest importance for structure-based ligand design and drug discovery approaches.Experimental methods of determination of difference in Gibbs'es free energy have many limitations. Thus, computational...
-
Long range molecular dynamics study of regulation of eukaryotic glucosamine-6-phosphate synthase activity by UDP-GlcNAc
PublicationGlucosamine-6-phosphate (GlcN-6-P) synthase catalyses the first and practically irreversible step in hexosamine metabolism. The final product of this pathway, uridine 5' diphospho N-acetyl-D-glucosamine (UDPGlcNAc), is an essential substrate for assembly of bacterialand fungal cell walls. Moreover, the enzyme is involved in phenomenon of hexosamine induced insulin resistance in type II diabetes, which makes it a potential target...
-
Metoda głównych składowych w analizie wyników otrzymanych za pomocą dynamiki molekularnej
PublicationMetoda głównych składowych (ang. principal component analysis, PCA) jest jednym z najpopularniejszych statystycznych narzędzi do wielowymiarowej analizy dużego zestawu danych. Pozwala ona na przekształcenie danego zbioru wzajemnie skorelowanych cech (zmiennych) w nowy układ cech wzajemnie nieskorelowanych (tzw. głównych składowych), który jest porównywalny z układem pierwotnym - zastosowanie PCA upraszcza więc w znaczny sposób...
-
Modelowanie molekularne w projektowaniu nowych chemoterapeutyków przeciwgrzybowych
PublicationGwałtowny wzrost inwazyjnych zakażeń typu grzybowego jest jednym z największych problemów współczesnej medycyny, a mimo to na rynku leków przeciwgrzybicznych dostępnych jest zaledwie kilka chemoterapeutyków. Dzieje się tak, gdyż duże podobieństwo komórek ludzkich i grzybowych jak dotąd uniemożliwiało opracowanie w pełni skutecznych a zarazem nietoksycznych dla człowieka leków. Obecnie prowadzone badania najczęściej skupiają się...
-
Structural features responsible for control of the eukaryotic GlcN-6-P synthase activity
PublicationGlucosamine-6-phosphate (GlcN-6-P) synthase is responsible for catalysis of the first and practically irreversible step in hexosamine metabolism. As UDP-GlcNAc, the final product of the hexosamine path, constitutes one of the essential substrates for assembly of bacterial and fungal cell walls, the enzyme is an interesting target for antimicrobial therapy.The structure of E. coli enzyme, known since 2001, forms a dimer of two identical...
seen 822 times