Search
Damian Bogdanowicz
Publications
Filters
total: 13
Catalog Publications
Year 2013
-
On a matching distance between rooted phylogenetic trees
PublicationThe Robinson–Foulds (RF) distance is the most popular method of evaluating the dissimilarity between phylogenetic trees. In this paper, we define and explore in detail properties of the Matching Cluster (MC) distance, which can be regarded as a refinement of the RF metric for rooted trees. Similarly to RF, MC operates on clusters of compared trees, but the distance evaluation is more complex. Using the graph theoretic approach...
Year 2012
-
Metody optymalizacji dyskretnej w analizie podobieństwa drzew filognetycznych
Publication -
TreeCmp: Comparison of Trees in Polynomial Time
PublicationMetryki filogenetyczne umożliwiają ocenę jakości wyników analizy filogenetycznej oraz wiarygodności algorytmów przeprowadzających taką analizę. Aplikacja TreeCmp oferuje efektywne, wielomianowe implementacje ośmiu takich metryk (dla drzew nieukorzenionych i zawierających korzeń) zdefiniowanych dla dowolnych filogenez (nie koniecznie binarnych). Program ten jako pierwszy umożliwia wyznaczanie nowych metryk, definiowanych w oparciu...
Year 2011
-
Analyzing sets of phylogenetic trees using metrics
PublicationThe reconstruction of evolutionary trees is one of the primary objectives in phylogenetics. Such a tree represents historical evolutionary relationships between different species or organisms. Tree comparisons are used for multiple purposes, from unveiling the history of species to deciphering evolutionary associations among organisms and geographical areas. In this paper, we describe a general method for comparing phylogenetictrees...
-
Consensus models: Computational complexity aspects in modern approaches to the list coloring problem
PublicationArtykuł poświęcony jest nowym modelom konsensusowego kolorowania grafów. Artykuł zawiera omówienie trzech takich modeli, analizę ich złożoności obliczeniowej oraz wielomianowy algorytm dla częściowych k-drzew, dla tzw. modelu addytywnego.
-
Matching Split Distance for Unrooted Binary Phylogenetic Trees
PublicationRekonstrukcja drzew ewolucji jest jednym z głównych celów w bioinformatyce. Drzewa filogenetyczne reprezentuje historię ewolucji i związki pokrewieństwa między różnymi gatunkami. W pracy proponujemy nową ogólną metodę określania odległości między nieukorzenionymi drzewami filogenetycznymi, szczególnie użyteczną dla dużych zbiorów gatunków. Następnie podajemy szczegółowe własności jednej metryki określonej przy użyciu tej metody...
Year 2010
-
Comparing Arbitrary Unrooted Phylogenetic Trees Using Generalized Matching Split Distance
PublicationIn the paper, we describe a method for comparing arbitrary, not necessary fully resolved, unrooted phylogenetic trees. Proposed method is based on finding a minimum weight matching in bipartite graphs and can be regarded as a generalization of well-known Robinson-Foulds distance. We present some properties and advantages of the new distance. We also investigate some properties of presented distance in a common biological problem...
Year 2009
-
Analyzing sets of phylogenetic trees obtained from bayesian MCMC process using topology metrics
PublicationThe reconstruction of evolutionary trees is one of the primary objectives in phylogenetics. Such a tree represents historical evolutionary relationship between different species or organisms. Tree comparisons are used for multiple purposes, from unveiling the history of species to deciphering evolutionary associations amongorganisms and geographical areas.In the paper, we describe a general method for comparing hylogenetic trees....
Year 2008
-
Comparing phylogenetic trees using a minimum weight perfect matching
PublicationA phylogenetic tree represents historical evolutionary relationshipbetween different species or organisms. There are various methods for reconstructing phylogenetic trees.Applying those techniques usually results in different treesfor the same input data. An important problem is to determinehow distant two trees reconstructed in such a wayare from each other. Comparing phylogenetic trees is alsouseful in mining phylogenetic information...
-
Metoda porównywania drzew filogenetycznych wykorzystująca najlżejsze doskonałe skojarzenie w grafach dwudzielnych
PublicationDrzewa filogenetyczne przedstawiają historyczne, ewolucyjne związki pokrewieństwa między różnymi gatunkami lub różnymi osobnikami w ramach jednego gatunku. Istnieje wiele metod rekonstruowania drzew filogenetycznych. Wykorzystywanie różnych metod na tym samym zbiorze danych zazwyczaj owocuje powstaniem różnych drzew. Pojawia się zatem pytanie: jak bardzo dwa dane drzewa różnią się od siebie. W niniejszej pracy prezentujemy nową...
-
Some results on trading model in a consensus list coloring
PublicationKonsensusowy model kolorowania grafów - uogólnienie kolorowania listowego, został zdefiniowany przez Mahadeva i Robertsa w 2002 jako użyteczne narzędzie teoretyczne w niektórych zagadnieniach bioinformatycznych. Pozostaje on jednak słabo rozpoznany pod względem własności algorytmicznych. Wykazujemy, że problem kolorowania grafów pełnych w tym modelu jest wielomianowy, co można uogólnić na częściowe k-drzewa przy ustalonym ograniczeniu...
Year 2007
-
Algorytm budowy reprezentacji przedziałowej grafu jako heurystyka dla problemu mapowania DNA
PublicationW pracy dokonano analizy przydatności algorytmu Corneil'a budowy reprezentacji przedziałowej grafu jako heurystyki dla problemu tworzenia map fizycznych DNA. Prezentowana analiza dotyczy dwóch osobno rozpatrywanych przypadków, w których do danych wzorcowych wprowadzamy odpowiednio błędy negatywne (reprezentujące niedobór informacji) oraz błędy pozytywne (reprezentujące fałszywe informacje). Rozpatrywany algorytm zachowuje się znacznie...
-
Porównywanie topologii drzew i sieci filogenetycznych z wykorzystaniem metryki błędu
PublicationPodstawowymi modelami historii ewolucji organizmów są drzewa i sieci filogenetyczne. Ponieważ algorytmy konstrukcji filogenów zwracają różne wyniki dla tych samych danych wejściowych, powstaje problem oceny, który filogen najlepiej reprezentuje historię ewolucji dla zadanego zbioru gatunków. W pracy podano definicję metryki dla przestrzeni drzew o n liściach, zwanej metryką błędu. Dokonano przeglądu miar odległości na przestrzeni...
seen 791 times