Małgorzata Szopińska rozwój naukowy rozpoczęła realizując pracę doktorską pod kierunkiem prof. dr hab. inż. Żanety Polkowskiej (Politechnika Gdańska, PG) oraz dr hab. Danuty Szumińskiej (Uniwersytet Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy) w Katedrze Chemii Analitycznej, kierowanej wówczas przez prof. dr hab. inż. Jacka Namieśnika.

Pracę doktorską pt. „Charakterystyka czynników modyfikujących skład wód powierzchniowych na obszarach peryglacjalnych o znikomej działalności antropogenicznej ze szczególnym uwzględnieniem degradacji wieloletniej zmarzliny i recesji lodowców” obroniła z wyróżnieniem w marcu 2018 r. uzyskując tytuł doktora nauk chemicznych.

Od 2018 r. pracuje jako adiunkt w Katedrze Technologii w Inżynierii Środowiska (dawniej, Katedra Technologii Wody i Ścieków) na Wydziale Inżynierii Lądowej i Środowiska (WILIŚ), gdzie realizuje projekty ukierunkowane na redukcję emisji zanieczyszczeń do środowiska. W zespole naukowym pod kierunkiem dr hab. inż. Anety Łuczkiewicz, prof. Uczelni (Katedra Technologii w Inżynierii Środowiska, WILIŚ, PG) i dr hab. inż. Sylwii Fudala-Książek, prof. Uczelni (Katedra Inżynierii Sanitarnej, WILIŚ, PG), przy współpracy z zespołem dr hab. inż. Roberta Bogdanowicza, prof. Uczelni  (Katedra Metrologii i Optoelektroniki, Wydział Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki PG) pracuje nad ewaluacją technologii efektywnego usuwania mikrozanieczyszczeń organicznych ze ścieków przy użyciu elektrochemicznego utleniania na nanokrystalicznych anodach diamentowych.  Dotychczas prace badawcze nad chemizmem wód powierzchniowych prowadziła na szczególnie wrażliwych i unikatowych obszarach takich jak: Wyspa Króla Jerzego (Antarktyka Morska), Dolina Jezior w Mongolii (Azja), obszary Fiordów Hornsund i Bellsund (wyspa Spitsbergen, Norwegia), obszar ujścia rzeki Kołymy (Syberia, Rosja) oraz południowa część Morza Bałtyckiego.

Ponadto odbyła staże zagraniczne w laboratoriach analitycznych w Austrii (Politechnika Wiedeńska) oraz Szwecji (Uniwersytet w Lund i Uniwersytet w Kristianstad), a także uczestniczyła w pięciu wyprawach polarnych wliczając Arktykę Norweską (Spitsbergen: Polska Stacja Polarna, Hornsund oraz Longerbyen), Arktykę Rosyjską (Republika Sacha: Północno-Wschodnia Stacja Naukowa Rosyjskiej Akademii Nauk, NESS RAN na Kołymie) oraz Antarktykę (Wyspa Króla Jerzego, Polska Stacja Antarktyczna im. Henryka Arctowskiego) oraz w miesięcznym Europejskim Kursie Badań Atmosfery w Grenoble (Francja).

Obecnie jest inicjatorką współpracy między Politechniką Gdańską, a Kliniką Medyczną im. bł. Jana Beyzyma w Manerinerina (Madagaskar) działającą pod patronatem Stowarzyszenia „Atelier de Dieu” z siedzibą w Mampikony (Madagaskar). Podjęta współpraca ma na celu wypracowanie rozwiązań dotyczących poprawy jakości życia mieszkańców Afryki poprzez opracowanie i wdrożenie zaawansowanych metod oczyszczania wody i ścieków.