Search
Filters
total: 154
Best results in : Research Potential Pokaż wszystkie wyniki (110)
Search results for: AMBIGUOUS RESTRAINTS, COARSE-GRAINED MODELS, NMR-ASSISTED PROTEIN-STRUCTURE MODELING, UNRES
-
Architektura Systemów Komputerowych
Research PotentialGłówną tematyką badawczą podejmowaną w Katedrze jest rozwój architektury aplikacji i systemów komputerowych, w szczególności aplikacji i systemów równoległych i rozproszonych. "Architecture starts when you carefully put two bricks together" - stwierdza niemiecki architekt Ludwig Mies von der Rohe. W przypadku systemów komputerowych dotyczy to nie cegieł, a modułów sprzętowych lub programowych. Przez architekturę systemu komputerowego...
-
Zespół Algorytmów i Modelowania Systemów
Research PotentialStudiowanie problemów i modeli teoriografowych ma na celu badanie złożoności obliczeniowej uogólnień problemu klasycznego kolorowania wierzchołków i krawędzi grafu znajdujących zastosowania w modelowaniu praktycznych problemów oraz badanie nowych miar oceny skuteczności algorytmów. W zakresie szeregowania zadań badania koncentrują się na konstrukcji harmonogramów optymalnych z punktu widzenia długości harmonogramu i średniego czasu...
-
Katedra Technologii Leków i Biochemii
Research PotentialRacjonalne projektowanie, synteza i badanie właściwości biologicznych nowych związków o działaniu przeciwnowotworowym lub przeciwgrzybowym
Best results in : Business Offer Pokaż wszystkie wyniki (44)
Search results for: AMBIGUOUS RESTRAINTS, COARSE-GRAINED MODELS, NMR-ASSISTED PROTEIN-STRUCTURE MODELING, UNRES
-
Superkomputer Tryton
Business OfferObliczenia dużej skali, Wirtualna infrastruktura w chmurze (IaaS), Analiza danych (big data)
-
Laboratorium Syntezy Innowacyjnych Materiałów i Elementów
Business OfferZespół specjalistycznych urządzeń pozwala dokonywać syntezy diamentu mikro- i nanokrystalicznego oraz diamentu domieszkowanego borem i azotem do zastosowań w optoelektronice oraz nanosensoryce. Domieszkowany borem nanodiament (BDD) jest obecnie najwydajniejszym materiałem półprzewodnikowym do zastosowania w wytwarzaniu biosensorów elektrochemicznych. Laboratorium może otrzymywać ciągłe cienkie polikrystaliczne, domieszkowane elektrody...
-
Laboratorium Materiałów Polimerowych
Business OfferLaboratorium jest wyposażone w:; • plastometr do badań wskaźnika szybkości płynięcia uplastycznionego tworzywa, ; • młot do badań udarności materiałów, ; • wtryskarkę hydrauliczną z urządzeniami peryferyjnymi wymaganymi do uruchomienia produkcji znormalizowanych próbek do badań wytrzymałościowych,; • zestaw urządzeń przetwórczo - pomiarowych;
Other results Pokaż wszystkie wyniki (8922)
Search results for: AMBIGUOUS RESTRAINTS, COARSE-GRAINED MODELS, NMR-ASSISTED PROTEIN-STRUCTURE MODELING, UNRES
-
A coarse‐grained approach to NMR ‐data‐assisted modeling of protein structures
PublicationThe ESCASA algorithm for analytical estimation of proton positions from coarse-grained geometry developed in our recent work has been implemented in modeling protein structures with the highly coarse-grained UNRES model of polypeptide chains (two sites per residue) and nuclear magnetic resonance (NMR) data. A penalty function with the shape of intersecting gorges was applied to treat ambiguous distance restraints, which automatically...
-
Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions
PublicationIn this paper we report the improvements and extensions of the UNRES server (https://unres-server.chem.ug.edu.pl) for physics-based simulations with the coarse-grained UNRES model of polypeptide chains. The improvements include the replacement of the old code with the recently optimized one and adding the recent scale-consistent variant of the UNRES force field, which performs better in the modeling of proteins with the β and the...
-
Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment
PublicationThe UNited RESidue (UNRES) force field was tested in the 14th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP14), in which larger oligomeric and multimeric targets were present compared to previous editions. Three prediction modes were tested (i) ab initio (the UNRES group), (ii) contact-assisted (the UNRES- contact group), and (iii) template-assisted (the UNRES-template...
-
Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based information
Publication -
ESCASA : Analytical estimation of atomic coordinates from coarse‐grained geometry for nuclear‐magnetic‐resonance ‐assisted protein structure modeling. I. Backbone and Hβ protons
PublicationA method for the estimation of coordinates of atoms in proteins from coarse-grained geometry by simple analytical formulas (ESCASA), for use in nuclear-magnetic-resonance (NMR) data-assisted coarse-grained simulations of proteins is proposed. In this paper, the formulas for the backbone Hα and amide (HN) protons, and the side-chain Hβ protons, given the Cα-trace, have been derived and parameterized, by using the interproton distances...