Search
Best results in : Research Potential Pokaż wszystkie wyniki (4)
Search results for: IMPLICIT SOLVENT
-
Zespół Fizyki Ciała Stałego
Research PotentialTematyka badawcza Katedry Fizyki Ciała Stałego obejmuje wytwarzanie i badanie materiałów dla energetyki (m.in. nanostruktury, sensory) o innowacyjnych właściwościach fizyko-chemicznych, tj: * kryształy, polikryształy, ceramika, szkło * materiały objętościowe, cienkie warstwy, nanomateriały * materiały metaliczne, półprzewodnikowe, nadprzewodnikowe, izolatory Tematyka badawcza obejmuje również badania symulacyjne i obliczeniowe...
-
Zespół Katedry Fizyki Teoretycznej i Informatyki Kwantowej
Research PotentialPrace naukowe prowadzone w Katedrze dotyczą współczesnych zagadnień fizyki teoretycznej i informatyki kwantowej. W ramach współpracy międzynarodowej stworzony został w Katedrze program komputerowy umożliwiający obliczanie relatywistycznych przejść w atomach i jonach. Jego celem jest dostarczenie danych atomowych potrzebnych do interpretacji pomiarów plazmy astrofizycznej i laboratoryjnej. Dane atomowe obejmują nie tylko siły oscylatorów...
-
Katedra Hydrotechniki
Research PotentialProfil badawczy Katedry Hydrotechniki jest głównie związany z procesem ruchu wody w środowisku naturalnym, jak również w instalacjach technicznych. Zespół katedralny jest silnie powiązany tematycznie z takimi zagadnieniami jak mechanika płynów, hydraulika, hydrologia, meteorologia, budownictwo wodne czy gospodarka wodna.
Other results Pokaż wszystkie wyniki (7)
Search results for: IMPLICIT SOLVENT
-
Minimal parameter implicit solvent model for ab initioelectronic-structure calculations
PublicationAbstract - We present an implicit solvent model for ab initio electronic-structure calculations which is fully self-consistent and is based on direct solution of the nonhomogeneous Poisson equation. The solute cavity is naturally defined in terms of an isosurface of the electronic density according to the formula of Fattebert and Gygi (J. Comput. Chem., 23 (2002) 662). While this model depends on only two parameters, we demonstrate...
-
Large-scale DFT calculations in implicit solvent-A case study on the T4 lysozyme L99A/M102Q protein
PublicationW ostatnich latach zaproponowano szereg modeli typu implicit solvent, ktore bazują na bezpośrednim rozwiązaniu niejednorodnego równania Poissona w przestrzeni rzeczywistej. Modele te charakteryzują się elegancją, ponieważ wnęka, w której umieszczona jest molekuła substancji rozpuszczanej zdefiniowana jest bezpośrednio w funkcji gęstości elektronowej, a rozkład ładunku jest w sposób samouzgodniony polaryzowany dzięki reakcji dielektryka,...
-
Electronically Excited States in Solution via a Smooth Dielectric Model Combined with Equation-of-Motion Coupled Cluster Theory
PublicationWe present a method for computing excitation energies for molecules in solvent, based on the combination of a minimal parameter implicit solvent model and the equation-of-motion coupled-cluster singles and doubles method (EOM-CCSD). In this method, the solvent medium is represented by a smoothly varying dielectric function, constructed directly from the quantum mechanical electronic density using only two tunable parameters. The...
-
Density functional theory calculations on entire proteins for free energies of binding: Application to a model polar binding site
PublicationIn drug optimization calculations, the molecular mechanics Poisson-Boltzmann surface area (MM-PBSA) method can be used to compute free energies of binding of ligands to proteins. The method involves the evaluation of the energy of configurations in an implicit solvent model. One source of errors is the force field used, which can potentially lead to large errors due to the restrictions in accuracy imposed by its empirical nature....
-
DL_MG: A Parallel Multigrid Poisson and Poisson–Boltzmann Solver for Electronic Structure Calculations in Vacuum and Solution
PublicationThe solution of the Poisson equation is a crucial step in electronic structure calculations, yielding the electrostatic potential -- a key component of the quantum mechanical Hamiltonian. In recent decades, theoretical advances and increases in computer performance have made it possible to simulate the electronic structure of extended systems in complex environments. This requires the solution of more complicated variants of the...