W pracy analizowano oddziaływanie dwóch nisko-toksycznych pochodnych amfoterycyny B (związki SAmE i PAmE) z modelami błon lipidowych. Badania wykonane zostały za pomocą dynamiki molekularnej. Modele błon oprócz fosfolipidów DMPC zawierały odpowiednio cholesterol (model błony zwierzęcej) lub ertosterol (model błony grzybowej). Analiza wyników wykazała, że obie pochodne amfoterycyny B zachowują się inaczej w błonie cholesterolowej...

Metoda głównych składowych (ang. principal component analysis, PCA) jest jednym z najpopularniejszych statystycznych narzędzi do wielowymiarowej analizy dużego zestawu danych. Pozwala ona na przekształcenie danego zbioru wzajemnie skorelowanych cech (zmiennych) w nowy układ cech wzajemnie nieskorelowanych (tzw. głównych składowych), który jest porównywalny z układem pierwotnym - zastosowanie PCA upraszcza więc w znaczny sposób...

Rozpuszczalnik w istotny sposób wpływa na preferencje peptydu do przyjmowania określonej struktury drugorzędowej. Przykładem tego może być fakt, iż w przypadku polialaniny stabilność konformacji helikalnej w wodzie jest niższa aniżeli w próżni, podczas gdy w przypadku poliseryny mamy do czynienia ze zjawiskiem odwrotnym.  W celu lepszego zrozumienia tego zjawiska badano właściwości otoczek hydratacyjnych dookoła czterech konformacji...

Celem niniejszej pracy było zbadanie molekularnego mechanizmu wpływu biologicznie znaczących związków, tzw. osmolitów na stabilność białek. Aby zweryfikować istniejące hipotezy i dostarczyć spójnego obrazu działania osmolitów na poziomie molekularnym, wykorzystano metodę dynamiki molekularnej do zasymulowania mechanicznej denaturacji modelowych białek – lizozymu i ubikwityny. W tym podejściu odtworzony został efekt stabilizujący...