Search
Search results for: drzewa filogenetyczne
-
Metoda porównywania drzew filogenetycznych wykorzystująca najlżejsze doskonałe skojarzenie w grafach dwudzielnych
PublicationDrzewa filogenetyczne przedstawiają historyczne, ewolucyjne związki pokrewieństwa między różnymi gatunkami lub różnymi osobnikami w ramach jednego gatunku. Istnieje wiele metod rekonstruowania drzew filogenetycznych. Wykorzystywanie różnych metod na tym samym zbiorze danych zazwyczaj owocuje powstaniem różnych drzew. Pojawia się zatem pytanie: jak bardzo dwa dane drzewa różnią się od siebie. W niniejszej pracy prezentujemy nową...
-
Matching Split Distance for Unrooted Binary Phylogenetic Trees
PublicationRekonstrukcja drzew ewolucji jest jednym z głównych celów w bioinformatyce. Drzewa filogenetyczne reprezentuje historię ewolucji i związki pokrewieństwa między różnymi gatunkami. W pracy proponujemy nową ogólną metodę określania odległości między nieukorzenionymi drzewami filogenetycznymi, szczególnie użyteczną dla dużych zbiorów gatunków. Następnie podajemy szczegółowe własności jednej metryki określonej przy użyciu tej metody...
-
Porównywanie topologii drzew i sieci filogenetycznych z wykorzystaniem metryki błędu
PublicationPodstawowymi modelami historii ewolucji organizmów są drzewa i sieci filogenetyczne. Ponieważ algorytmy konstrukcji filogenów zwracają różne wyniki dla tych samych danych wejściowych, powstaje problem oceny, który filogen najlepiej reprezentuje historię ewolucji dla zadanego zbioru gatunków. W pracy podano definicję metryki dla przestrzeni drzew o n liściach, zwanej metryką błędu. Dokonano przeglądu miar odległości na przestrzeni...
-
Inferring perfect phylogenies with restrictions on character state transitions
PublicationZnana z klasycznej literatury metoda rekonstrukcji drzewa filogenetycznego zbioru gatunków na podstawie ich cech analizowanych w modelu doskonałej filogenezy często okazuje się niewystarczająca ze względu na założenia tego modelu, zmuszające do pominięcia znanych biologom informacji. W pracy definiujemy rozszerzenie umożliwiając wprowadzenie dla każdej cechy grafu skierowanego dopuszczalnych przejść ewolucyjnych pomiędzy jej stanami....
-
Comparing phylogenetic trees using a minimum weight perfect matching
PublicationA phylogenetic tree represents historical evolutionary relationshipbetween different species or organisms. There are various methods for reconstructing phylogenetic trees.Applying those techniques usually results in different treesfor the same input data. An important problem is to determinehow distant two trees reconstructed in such a wayare from each other. Comparing phylogenetic trees is alsouseful in mining phylogenetic information...
-
Polynomial triset metric for unrooted phylogenetic trees
Publicationthe following paper presents a polynomial triset metric for unrooted phylogenetic trees (based on weighted bipartite graphs and the method of determining a minimum edge cover) and its basic characteristics. also a list of further directions of research and examples of the wider use of this metric is presented.
-
Metody optymalizacji dyskretnej w analizie podobieństwa drzew filognetycznych
Publication