DNA G-quadruplex structures obtained through MD-based folding procedure

Opis

The dataset contains structures of DNA G-quadruplexes (G4s), obtained through steered molecular dynamics simulations, for 128 oligonucleotides capable of forming 3- and 2-tetrad G4s. The general sequence of the oligonucleotides is GxTiGxTjGxTkGx, where x = 3 or 2 for 3- and 2-tetrad G4s, respectively, while i, j, and k vary independently from 1 to 4, representing the length of loop regions. Each sequence was folded into 26 G4 topologies, and for each topology, all possible tetrad polarity patterns were considered (8 or 4 such patterns for 3- and 2-tetrad G4s, respectively). Lists of all obtained structures, with specifications of whether the given structures are properly folded, can be found in the files ‘List_of_three-tetrad_structures.csv’ and ‘List_of_two-tetrad_structures.csv’ for 3- and 2-tetrad G4s, respectively. Additionally, pictures showing all obtained structures and movies visualizing the folding simulation for exemplary G4s are attached.

Plik z danymi badawczymi

G4_structures.tar.gz

4.1 GB, S3 ETag 74c095d08821dfcc42c05e94b662557c-9, pobrań: 13

Hash pliku liczony jest ze wzoru
hexmd5(md5(part1)+md5(part2)+...)-{parts_count} gdzie pojedyncza część pliku jest wielkości 512 MB

Przykładowy skrypt do wyliczenia:
https://github.com/antespi/s3md5

pobierz

Informacje szczegółowe o pliku

Licencja:: otwiera się w nowej karcie

CC BY

Uznanie autorstwa
Oprogramowanie:: VMD, PyMol

Informacje szczegółowe

Rok publikacji:

2024

Data zatwierdzenia:

2024-12-03

Język danych badawczych:

angielski

Dyscypliny:

nauki chemiczne (Dziedzina nauk ścisłych i przyrodniczych)

DOI:

10.34808/fcyz-w866

Finansowanie:

Badanie zależności pomiędzy sekwencją DNA a strukturą jako punkt wyjścia do projektowania G-kwadrupleksów o określonej topologii -- zintegrowane podejście łączące symulacje molekularne i metody eksperymentalne

Weryfikacja:

Politechnika Gdańska

Słowa kluczowe

Cytuj jako

Autorzy

wyświetlono 38 razy

Wyszukiwarka