Wyszukiwarka
Abstrakt
Despite the increasing automation of workflows for the preparation of systems for molecular dynamics simulations, the custom editing of molecular topologies to accommodate non-standard modifications remains a daunting task even for experienced users. To alleviate this issue, we created Gromologist, a utility library that provides the simulation community with a toolbox of primitive operations, as well as useful repetitive procedures identified during years of research. The library has been developed in response to users’ feedback, and will continue to grow to include more use cases, thorough automatic testing and support for a broader spectrum of rare features. The program is available at gitlab.com/KomBioMol/gromologist and via Python’s pip.
Cytowania
-
0
CrossRef
-
0
Web of Science
-
0
Scopus
Autorzy (3)
-
Modesto Orozco
- IRB Barcelona
Cytuj jako
Pełna treść
pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach
- Opublikowano w:
-
SoftwareX
nr 30,
ISSN: - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2025
- Opis bibliograficzny:
- Wieczór M., Czub J., Orozco M.: Gromologist: A GROMACS-oriented utility library for structure and topology manipulation// SoftwareX -,iss. 30 (2025), s.102118-102118
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1016/j.softx.2025.102118
- Źródła finansowania:
-
- IDUB
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 0 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS
- C. Kutzner,
- J. Czub,
- H. Grubmüller
Molecular dynamics of fentanyl bound to μ-opioid receptor
- P. Lipiński,
- M. Jarończyk,
- J. Dobrowolski
- + 1 autorów