Simplified AutoDock force field for hydrated binding sites

Marek Wojciechowski

doi:10.1016/j.jmgm.2017.09.016

Simplified AutoDock force field for hydrated binding sites

Abstrakt

has been extracted from the Protein Data Bank and used to test and recalibrate AutoDock force field. Since for some binding sites water molecules are crucial for bridging the receptor-ligand interactions, they have to be included in the analysis. To simplify the process of incorporating water molecules into the binding sites and make it less ambiguous, new simple water model was created. After recalibration of the force field on the new dataset much better correlation between the computed and experimentally determined binding affinities was achieved and the quality of pose prediction improved even more

Cytowania

1 4

CrossRef
0

Web of Science
1 3

Scopus

Autor (1)

Marek Wojciechowski dr hab. inż.

Cytuj jako

Pełna treść

pobierz publikację

pobrano 271 razy

Wersja publikacji: Accepted albo Published Version
Licencja: otwiera się w nowej karcie

Słowa kluczowe

Informacje szczegółowe

Kategoria:: Publikacja w czasopiśmie
Typ:: artykuł w czasopiśmie wyróżnionym w JCR
Opublikowano w:: JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING nr 78, strony 74 - 80,
ISSN: 1093-3263
Język:: angielski
Rok wydania:: 2017
Opis bibliograficzny:: Wojciechowski M.: Simplified AutoDock force field for hydrated binding sites// JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING. -Vol. 78, (2017), s.74-80
DOI:: Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1016/j.jmgm.2017.09.016
Weryfikacja:: Politechnika Gdańska