KPD specjalizuje się w długoterminowym przechowywaniu próbek materiału mikrobiologicznego, jego identyfikacji i walidacji.

Kolekcja Plazmidów i Drobnoustrojów (KPD) działa na Wydziale Biologii Uniwersytetu Gdańskiego.

Do naszych zadań należy:

• długoterminowe przechowywanie szczepów bakterii, bakteriofagów oraz plazmidów do celów naukowo-badawczych
• selekcja szczepów o potencjalnym znaczeniu biotechnologicznym
• upowszechnianie dostępu do zasobów genetycznych o znanym pochodzeniu zgodnie z Protokołem z Nagoi
• wymiana i współpraca z innymi kolekcjami mikroorganizmów w Polsce i na świecie
• gromadzenie i udostępnianie materiału biologiczny na potrzeby szeroko pojętej edukacji i popularyzacji wiedzy
• upowszechnianie wiedzy o drobnoustrojach.

Promując najlepsze praktyki oraz ideę deponowania przez naukowców materiału badawczego, Kolekcja zabezpiecza cenne próbki do dalszych badań naukowych i rozwojowych.

Jako przedsięwzięcie o charakterze niekomercyjnym, którego celem jest upowszechnienie dostępu do wysokiej jakości materiału biologicznego, Kolekcja służy całemu środowisku naukowemu.

Zdeponowanie szczepów mikroorganizmów lub plazmidów w ogólnodostępnej części kolekcji KPD nie wiąże się z żadnymi opłatami.

DEPONOWANIE mikroorganizmów i plazmidów

W zakresie zainteresowań KPD znajdują się:

• Naturalnie występujące szczepy bakterii i archeonów
• Bakteriofagi
• Plazmidy lub wektory plazmidowe

Kolekcja dokłada wszelkich starań, aby powierzony jej materiał biologiczny był przechowywany w warunkach, które zapewnią jego żywotność/ zdolność do replikacji, stabilność genetyczną oraz fizjologiczną.

Kolekcja akceptuje wyłącznie materiał biologiczny zaklasyfikowany do

• grupy 1 zagrożenia biologicznego | Grupa P1 zagrożenia biologicznego, Klasa bezpieczeństwa biologicznego BSL-1 oraz 
• grupy 2 zagrożenia biologicznego | P2 /  BSL-2
  (wykaz takich czynników znajduje się w Rozporządzeniu Ministra Zdrowia Roz. Min. Zdrowia  z dn. 22 kwietnia 2005 r., Dz. Ust. Nr 81 poz. 716, załącznik nr 1) 

Warunkiem zdeponowania materiału biologicznego w KPD jest wypełnienie formularza akcesyjnego (KPD ACCESSION FORM).

Przed przekazaniem KPD materiału, prosimy o kontakt z kuratorem KPD    (kpd@ug.edu.pl) w celu potwierdzenia czy kolekcja dysponuje technicznymi możliwościami przechowywania danego materiału biologicznego. 

Zdeponowanie w KPD szczepów mikroorganizmów lub plazmidów jest nieodpłatne.

Materiał biologiczny powierzony Kolekcji jako „depozyt publiczny ”, ang. public deposit jest dostępny dla naukowców zarówno z ośrodków badawczych zarówno niekomercyjnych jak i komercyjnych. Informacja o zdeponowaniu materiału biologicznego jak i jego opis naukowy udostępnione są w katalogu elektronicznym na stronie internetowej KPD. Przekazanie zdeponowanego materiału stronie trzeciej przez KPD odbywa się na zasadach określonych w Umowie o Przekazaniu Materiału (SMTA) oraz na warunkach określonych w innych umowach związanych z danym materiałem.

udostępnianie  szczepów i PLAZmidów

Materiał biologiczny powierzony Kolekcji jest dostępny dla naukowców z ośrodków badawczych zarówno komercyjnych, jak i niekomercyjnych. 

 Zbiory obejmują wyłącznie materiał biologiczny zaklasyfikowany do grupy 1 zagrożenia biologicznego (Grupa P1 zagrożenia biologicznego, Klasa bezpieczeństwa biologicznego BSL-1) oraz do grupy 2 zagrożenia (P2, BSL-2).

KPD udostępnia wyłącznie materiał biologiczny o znanym i wiarygodnym pochodzeniu, który został pozyskany zgodnie z prawem, w tym z ustaleniami Protokołu z Nagoi dotyczącymi „dostępu do zasobów genetycznych oraz uczciwego i sprawiedliwego podziału korzyści wynikających z ich wykorzystania” oraz zgodnie z Rozporządzeniem Rady UE i Parlamentu Europejskiego nr 511/2014, które nakłada na użytkowników zasobów genetycznych, w tym naukowców, obowiązek „należytej staranności, jeśli chodzi o dążenie do uzyskania wszystkich niezbędnych informacji dotyczących pierwotnego źródła, z którego zasoby genetyczne zostały pozyskane, jak również kolejnych użytkowników”.

KPD dokłada wszelkich starań, aby dostarczany materiał biologiczny był jak najwyższej jakości, spełniał kryteria czystości i żywotności oraz autentyczności. W przypadku złożenia pisemnej reklamacji w ciągu 30 dni od dnia wysyłki, KPD zobowiązuje się do bezpłatnej wymiany materiału.

Aby otrzymać próbki, należy wypełnić „Formularz zamówienia” i przekazać nam podpisany dokument lub przesłać jego skan z podpisem na adres e-mailowy kpd@ug.edu.pl

Zdeponowane w KPD szczepy mikroorganizmów bądź plazmidy udostępniane są na podstawie umowy o przekazaniu materiału (MTA) oraz na warunkach określonych w innych umowach związanych z danym materiałem badawczym.

Misją KPD jest zapewnienie dostępu do materiału badwczego wysokiej jakości. 
Aby pokryć koszty przygotowania próbek oraz ich wysłki, KPD pobiera opłatę manipulacyjną.

W publikacjach, w których wykorzystano szczepy drobnoustrojów lub plazmidy pozyskane z KPD, autorzy są zobowiązani wskazać KPD jako źródło materiału (przy nazwie szczepu/plazmidu należy podać numer nadany przez KPD).  

W przypadku użycia materiału, którego konstrukcja została opisana w publikacji naukowej, należy zacytować pracę źródłową.

depozyty patentowe

W styczniu 2023 r.,  Kolekcja KPD uzyskała - na mocy Traktatu Budapesztańskiego o międzynarodowym uznawaniu depozytu drobnoustrojów dla celów postępowania patentowego - Status Organu Depozytu Międzynarodowego (ang. International Depositary Authority, IDA).  
Jesteśmy jedną z 49 kolekcji mikroorganizmów (spośród niemal tysiąca zarejestrowanych w Światowej Federacji Kolekcji Kultur) uznanych przez Światową Organizację Własności Intelektualnej (WIPO) jako miejsce deponowania mikroorganizmów na potrzeby procesu patentowego, honorowane przez wszystkie Państwa - Strony Traktatu.

Techniczne wymagania odnośnie deponowania mikroorganizmów powiązanych z patentami oraz procedura dokonywania depozytu na mocy Traktatu Budapesztańskiego opisana jest w Komunikacie Dyrektora Generalnego WIPO pod adresem https://www.wipo.int/treaties/en/notifications/budapest/treaty_budapest_355.html

Pełna polska wersja notyfikacji Dyrektora Generalnego WIPO została opublikowana w  Komunikacie Urzędu Patentowego Rzeczpospolitej Polskiej (Wiadomości Urzędu Patentowego z 3 kwietnia 2023 r. Nr 14/2023, str. 101-107)

Rodzaje mikroorganizmów przyjmowanych do depozytu

KPD akceptuje chorobotwórcze i niepatogenne bakterie, archeony, genetycznie zmodyfikowane mikroorganizmy, konsorcja mikroorganizmów i plazmidy w komórkach gospodarzy bakteryjnych/lub jako wyizolowany DNA, które są zakwalifikowane do grupy zagrożenia 1 lub 2.
KPD nie przyjmuje do depozytu patogenów należących do grupy zagrożenia wyższej niż grupa ryzyka 2 zgodnie z dyrektywą UE 2000/54/WE i jej aktualizacjami. Mikroorganizmy genetycznie zmodyfikowane zaklasyfikowane do kategorii 2 mogą być przyjmowane do depozytu; jednak okres realizacji depozytu będzie dłuższy, aby zapewnić wystarczającą ilość czasu potrzebnego do spełnienia wymogów prawnych.

Mikroorganizmy należy deponować w postaci liofilizatów. Deponujący musi dostarczyć 25 ampułek liofilizowanych komórek pochodzących z tej samej hodowli.  Liofilizowane komórki z jednej lub więcej tych ampułek zostaną poddane testowi żywotności.

Plazmidy należy przesłać razem z odpowiednim szczepem gospodarza, jeśli szczep ten nie jest ujęty w publicznie dostępnym katalogu KPD. W takim przypadku szczep gospodarza musi być zdeponowany niezależnie w kolekcji KPD – jako depozyt ogólnie dostępny lub jako odrębny depozyt na mocy Traktatu Budapeszteńskiego. Plazmidy można przesyłać w postaci liofilizowanego preparatu – w komórkach  gospodarza lub jako wyizolowany DNA. Minimalna ilość wyizolowanego DNA, którą deponujący musi dostarczyć przy składaniu depozytu, to 12 mikroprobówek po 20 mikrogramów DNA wytrąconego etanolem. Plazmidowy DNA musi mieć wystarczający stopień czystości i integralności, aby zapewnić udaną transformację.

W przypadku konsorcjów drobnoustrojów lub kultur mieszanych mikroorganizmów KPD zaleca, aby deponować wyizolowane szczepy drobnoustrojów oddzielnie. W takich przypadkach deponent jest obciążany odrębną opłatą za każdy depozyt. Wyjątkowo, KPD może również przyjąć do depozytu kultury mieszane określonych mikroorganizmów pod warunkiem, że (i) możliwe jest przechowywanie kultury bez utraty jednego ze składników, (ii) poszczególne mikroorganizmy można łatwo rozróżnić makroskopowo oraz (iii) możliwe jest indywidualne zbadanie żywotności każdego z drobnoustrojów wchodzących w skład kultury mieszanej. KPD nie ponosi jednak odpowiedzialności za zmiany właściwości konsorcjum po jego zdeponowaniu. Przyjęcie do depozytu mieszanin mikroorganizmów podlega decyzji kuratora KPD, a opłaty z tym związane muszą być ustalane indywidualnie w drodze uprzednich negocjacji z potencjalnym deponentem.

Zanieczyszczone kultury, nieokreślone, niezidentyfikowane mikroorganizmy, szczepy bez naukowego opisu i/lub proponowanego oznaczenia taksonomicznego, których tożsamości nie można zweryfikować, nie będą akceptowane.

Wszystkie deponowane drobnoustroje powinny dać się skutecznie i długoterminowo przechowywać poprzez  liofilizację, zamrożenie w ciekłym azocie lub inną metodę, bez utraty żywotności lub zmiany ich właściwości.

KPD zastrzega sobie prawo do odmowy przyjęcia do depozytu materiału biologicznego, który jest technicznie lub ze względów prawnych trudny do manipulacji lub który w ocenie KPD stanowi niedopuszczalne zagrożenie.

Języki urzędowe
Językiem urzędowym KPD jest język angielski. KPD przyjmuje także korespondencję w języku polskim.

Wymogi techniczne i procedury

Zgodnie z zasadą 6.3 (a) Regulaminu wykonawczego, KPD wymaga:
- aby drobnoustrój był deponowany w postaci i ilości, które są niezbędne dla celów Traktatu i Regulaminu wykonawczego;
- aby deponujący składał należycie wypełniony wniosek i formularz stosowany przez KPD do celów depozytów na mocy Traktatu Budapesztańskiego, odpowiadający wzorowi BP/1;
- aby pisemne oświadczenie, o którym mowa w zasadzie 6.1 (a) lub 6.2 (a), zostało prawidłowo sporządzone w języku angielskim;
- aby opłata za przechowanie, o której mowa w zasadzie 12.1 (a)(i), została wniesiona;
- aby deponujący uzyskał niezbędne pozwolenie do celów transportu i przechowywania; oraz
- aby, w zakresie dozwolonym przez stosowane prawo, deponujący zawarł umowę depozytu patentowego z KPD, określającą zobowiązania stron.

Zgodnie z Regulaminem wykonawczym KPD będzie:
- badać żywotność drobnoustrojów i przechowywać je,
- wydawać deponującemu potwierdzenie przyjęcia drobnoustrojów i świadectwo żywotności, oraz inne oficjalne zawiadomienia;
- zachowywać tajemnicę zgodnie z zasadą 9.2; oraz
- dostarczać próbki zdeponowanego drobnoustroju na warunkach i zgodnie z procedurami przewidzianymi w zasadzie 11.

Infrastruktura badawcza

Szczegółowy opis poszczególnych urzadzeń oraz możliwości badawcze, jakimy dysponujemy znajdują się w linkach  w sekcji poniżej pn. APARATURA W LABORATORIUM

współpraca naukowa

Zasady uznawania wkładu Kolekcji Plazmidów i Drobnoustrojów w prace badawcze

Kolekcja Plazmidów i Drobnoustrojów (KPD) na Wydziale Biologii UG utrzymuje się ze środków pozauczelnianych. Głównym źródłem finansowania infrastruktury Kolekcji jest dotacja Ministerstwa Edukacji i Nauki, pozyskiwana w ramach konkursu. Podobnie jak inne jednostki naukowe, KPD podlega ewaluacji merytorycznej na podstawie publikowania wyników prac badawczych w międzynarodowych czasopismach, udziału w realizacji projektów naukowych oraz zdobywania zewnętrznych funduszy na badania w postaci wspólnych grantów.

W związku z tym wdrożyliśmy w Kolekcji zasady, które systematyzują sposoby uznawania wkładu KPD w realizację badań, których wyniki są prezentowane w postaci artykułów naukowych, streszczeń i plakatów konferencyjnych lub są opisane w ramach prac licencjackich, magisterskich lub doktorskich.

1. Wskazanie KPD jako źródła materiału badawczego| W przypadku wykorzystania w badaniach materiału biologicznego udostępnionego przez KPD, konieczne jest podanie pełnej nazwy szczepu/ plazmidu wraz z numerem akcesyjnym oraz wskazanie KPD jako źródła materiału.
   Pełna nazwa szczepu powinna się znaleźć zarówno w sekcji „MATERIAŁY / MATERIALS”
   jak i w szczegółowym opisie doświadczeń.
   W sytuacji, kiedy szczepy zostały pozyskane z KPD nieodpłatnie, prosimy również o umieszczenie dodatkowej informacjiw sekcji “PODZIĘKOWANIA/ AKNOWLEDGEMNTS” ; np. „The authors gratefully acknowledge the Collection of Plasmids and Microorganisms, KPD at the University of Gdańsk for providing the following strains: ….”
   
   
2. Podziękowanie | Dotyczy sytuacji, kiedy KPD, na miejscu, użycza własnej aparatury
   (np. inkubatora, wirówek, komory laminarnej, koncentratora stężeń próbek itp.), a nasz udział w przeprowadzenie doświadczeń wymaga zaangażowania jedynie od strony organizacyjnej lub technicznej.
   Wówczas w tekście publikacji należy umieścić ogólne lub imienne podziękowanie.
   Na przykład: „The authors gratefully acknowledge the staff of Collection of Plasmids and Microorganisms, KPD at the University of Gdańsk for their support & assistance in this work”.
   
   
3. Współautorstwo | Dotyczy sytuacji, kiedy pracownicy KPD są merytorycznie zaangażowani w planowanie badań, adaptację protokołów laboratoryjnych, dobór panelu mikroorganizmów do badań - na podstawie szczegółowych właściwości tych mikroorganizmów określonych w KPD, przeprowadzenie analiz, wizualizację uzyskanych danych w odpowiedniej postaci graficznej oraz interpretację wyników doświadczeń.

KPD przestrzega standardów, powszechnie przyjętych przez środowisko naukowe oraz czasopisma i domy wydawnicze, dotyczących współautorstwa oryginalnych artykułów naukowych, stąd też pracownicy zaangażowani w realizację badań powinni mieć możliwość uczestniczenia w przygotowaniu artykułu na każdym etapie powstawania manuskryptu, począwszy od wstępnego szkicu aż do chwili wysłania go do druku.
Ma to na celu przygotowanie poprawnego opisu metod badawczych, przedstawienia uzyskanych danych w postaci wykresów, tabel, rysunków oraz interpretacji wyników.
Pracownicy KPD muszą mieć możliwość zaakceptowania ostatecznej wersji tekstu pracy.

Współautorstwo, co do zasady, nie wyklucza konieczności poniesienia kosztów wykonania doświadczeń, w tym kosztów wynagrodzenia dla osoby zaangażowanej w prace badawcze oraz kosztów materiałów zużywalnych. Rozliczenia ustalane są indywidualnie w zależności od zakresu współpracy.

Jeśli analizy wykonywane w KPD są elementem prac badawczych prowadzonych w ramach pracach licencjackich, magisterskich lub doktorskich, w rozdziale „WYNIKI” pracy, w opisie doświadczeń należy umieścić informację:
„Wyniki uzyskano pod kierunkiem [imię i nazwisko] z wykorzystaniem infrastruktury KPD”.

W każdym z trzech przypadków, uprzejmie prosimy o przesłanie ostatecznej wersji publikacji, streszczenia, plakatu konferencyjnego lub pracy w pliku pdf na adres kpd@ug.edu.pl.

PROJEKTY BADAWCZE

• NCN OPUS 26 „Poszukiwanie i wykorzystanie bakterii psychrotolerancyjnych i nowych enzymów przystosowanych do niskich temperatur w rolnictwie regeneracyjnym”, realizowany we współpracy z Uniwersytetem Warszawskim. Kierownikiem Projektu: prof. Tadeusz Kaczorowski, kierownik Katedry Mikrobiologii UG
  
  
• Projekt sieci Euphresco 2023-A-459 pt. Interlaboratory study on the usability of exchanged non-commercially available MALDI-TOF MS databases, dotyczący wykorzystania spektrometrii mas MALDI TOF i opracowania niekomercyjnych baz danych do identyfikacji patogenów roślin. Badania we współpracy z zespołem Pani Prof. Ewy Łojkowskiej z MWB UG-GUMed.
  
  
• Projekt INDEPTH: Life at the limits: diversity, adaptation strategies and bioprospecting of microbes living in Arctic deep-sea habitats  realizowany we współpracy z Uniwerstetem w Bergen oraz polskimi ośrodkami, finansowany poprzez Norweski Mechanizm Finansowy 2014-2021 
  
  
• Virus-X: Viral Metagenomics for Innovation Value, projekt finansowanego w ramach program UE
  
  
• Baltic Blue Biotechnology Alliance realizowany w ramach unijnego programu Intereg Baltic Sea Region
  
  
• Exgenomes: Exgenome Molecular Enzymes

Aktywność na forum międzynarodowym

KPD zarejestrowana jest w Światowym Centrum Informacji o Mikroorganizmach (Word Data Center for Microorganisms, WDCM) pod numerem WDCM1084. 
Oznacza to, że zdeponowanie mikroorganizmów  w Kolekcji KPD jest honorowane przez wszystkie czasopisma naukowe. 

Od 2016 r. KPD jest członkiem Europejskiej Organizacji Kolekcji Kultur (European Culture Collections' Organisation, ECCO).