Publications
Filters
total: 42
Catalog Publications
-
Torsional elasticity and energetics of F1-ATPase
PublicationFoF1-ATPase is a rotary motor protein synthesizing ATP from ADP driven by a cross-membrane proton gradient. The proton flow through the membrane-embedded Fo generates the rotary torque that drives the rotation of the asymmetric shaft of F1. Mechanical energy of the rotating shaft is used by the F1 catalytic subunit to synthesize ATP. It was suggested that elastic power transmission with transient storage of energy in some compliant...
-
Interaction of amphotericin B and its selected derivatives with membranes: molecular modeling studies
PublicationJest to praca przeglądowa obejmująca krytyczną analizę danych dotyczących oddziaływania amfoterycyny B (AmB) i jej wybranych, mniej toksycznych pochodnych, z błonami lipidowymi. Amfoterycyna B jest antybiotykiem przeciwgrzybowym ale ze względu na jej toksyczność trwają prace nad modyfikacjami chemicznymi tego związku. Celem molekularnym dla tego antybiotyku jest błona lipidowa i dlatego różnicowe powinowactwo AmB i jej pochodnych...
-
Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS
PublicationWe describe a versatile method to enforce the rotation of subsets of atoms, e.g., a protein subunit, in molecular dynamics (MD) simulations. In particular, we introduce a “flexible axis” technique that allows realistic flexible adaptions of both the rotary subunit as well as the local rotation axis during the simulation. A variety of useful rotation potentials were implemented for the GROMACS 4.5 MD package. Application to the...
-
On the Possibility of the Amphotericin B-Sterol Complex Formation in Cholesterol- and Ergosterol-Containing Lipid Bilayers: A Molecular Dynamics Study
PublicationAmphotericin B (AmB) is a well-known membrane-active antibiotic that has been used to treat systemicfungal infections for more than 45 years. Therapeutic application of AmB is based on the fact that it is moreactive against ergosterol-containing membranes of fungal cells than against mammalian membranes withcholesterol. In this paper, we examine the hypothesis according to which the selectivity of the AmB's membraneaction originates...
-
Molecular dynamics insights into protein‐glycosaminoglycan systems from microsecond‐scale simulations
Publication -
Molecular dynamics-based model of VEGF-A and its heparin interactions
Publication -
The mechanism of overcoming multidrug resistance (MDR) of fungi by amphotericin B and its derivatives
PublicationPrzeprowadzono badania porównawcze w celu określenia aktywności i cytotoksyczności amfoterycyny B (AmB) i jej pochodnych wobec standardowego szczepu S. cerevisiae i jego transformantów zawierających geny C. albicans kodujące białka oporności wielolekowej (MDR) typu ABC i MFS. Pochodne AmB: amid 3-dimetyloaminopropylowy amfoterycyny B oraz ester metylowy N-metylo-N-D-fruktopiranozylo-amfoterycyny B wykazały efekt fungistatyczny...
-
Use of the UNRES force field in template-assisted prediction of protein structures and the refinement of server models: Test with CASP12 targets
Publication -
Preclusion of irreversible destruction of Dr adhesin structures by a high activation barrier for the unfolding stage of the fimbrial DraE subunit
PublicationFimbrie Dr uropatogennych szczepów Escherichia coli stanowią przykład eksponowanych powierzchniowo struktur adhezyjnych podlegających biogenezie według zakonserwowanego, pośród bakterii Gram-ujemnych, systemu "chaperone-usher" ("białko opiekuńcze-zewnątrzbłonowe białko kanałowe"). Powyższe struktury adhezyjne są niezbędne w procesie specyficznej adhezji bakterii do receptorów zlokalizowanych na powierzchni docelowych komórek gospodarza....
-
Thermodynamic properties of inorganic salts in nonaqueous solvents. II. Apparent molar volumes and compressibilities of divalent transition-metal perchlorates in acetonitrile
PublicationW oparciu w wyniki pomiarów gęstości wykonanych w temperaturze 15,20,25,30,35,40 i 50 stopni Celsjusza oraz pomiaru szybkości dżwięku w temperaturze 25 stopni Celsjusza, wyznaczono pozorne objętości molowe oraz ściśliwości adiabatyczne roztworów nadchloranów manganu(II), kobaltu(II), niklu(II) i cynku(II). Obliczono odpowiednie wartości standardowe oraz rozszerzalności izobaryczne. Przeanalizowano związki między strukurą elektronową...
-
Rat cathepsin K: Enzymatic specificity and regulation of its collagenolytic activity
Publication -
Monosaccharides as internal probes for the determination of the absolute configuration of 2-butanol
PublicationD-dlukoza, D-mannoza i L-ramnoza zostały poddane reakcji z mieszaniną racemiczną 2-butanolu. Otrzymane w ten sposób glikozydy były analizowane za pomocą spektroskopii NMR, z wykorzystaniem eksperymentów COSY i NOESY. Analiza konformacyjna wiązania glikozydowego (dokonana w oparciu o modelowanie molekularne i heteronuklearne stałe sprzężenia) wraz z analizą sprzężeń dipolowych obserwowanych w widmie NOESY umożliwiła określenie konfiguracji...
-
Role of Glycosaminoglycans in Procathepsin B Maturation: Molecular Mechanism Elucidated by a Computational Study
Publication -
Synthesis and in silico characterization of artificially phosphorylated glycosaminoglycans
Publication -
Role of Oligosaccharide Chain Polarity in Protein–Glycosaminoglycan Interactions
Publication -
Local and long range potentials for heparin‐protein systems for coarse‐grained simulations
Publication -
Apparent molar volumes of divalent transition metal bromides in dimethyl sulfoxide solutions
PublicationWyznaczono pozorne i cząstkowe molowe objętości bromków dwuwartościowych metali przejściowych szeregu Mn(II)-Zn(II)w roztworach w dimetylosulfotlenku. Przedyskutowano korelacje między objętościami molowymi a stanami koordynacyjnymi i sposobem jonizacji soli.
-
N-(4-Methylpiperazin-4-ium-1-yl)dithiocarbamate sesquihydrate
PublicationW strukturze krystalicznej tytułowego związku, C6H13N3S2-1.5H2O, obserwuje się słabe wiązania wodorowe typu NH...S pomiędzy cząsteczkami jonów obojnaczych. Prowadzi to do wytworzenia pofałdowanej struktury warstwowej, równoległej do płaszczyzny (100). W jednostce asymetrycznej występują trzy niezależne cząsteczki wody, obsadzone połówkowo.
-
Molecular Determinants of Proton Transfer in ATP Synthase FO Complex
Publication -
Molekularne aspekty aktywności biologicznej amfoterycyny B i jej pochodnych o podwyższonej selektywności - badania z zastosowaniem metod chemii obliczeniowej
Publication