Search
Filters
total: 612
filtered: 252
Search results for: ŻELIWO
-
Theoretical Studies on the Structure, Stability, Ability To Undergo Internal Transformations, and Tautomerization, as Well as Reactivity, of H2PPH2 and HPPH3 Molecules
Publication -
Prediction of the structures of proteins with the UNRES force field, including dynamic formation and breaking of disulfide bonds
Publication -
The investigation of the effects of counterions in protein dynamics simulations
Publication -
Badanie wpływu struktury białek pokarmowych na kinetykę ich trawienia
PublicationW dzisiejszych czasach coraz więcej ludzi cierpi na choroby cywilizacyjne związane z nieprawidłowym odżywianiem, takie jak: otyłość, cukrzyca, schorzenia układu krwionośnego, czy sarkopenia. Naukowcy z całego świata starają się znaleźć rozwiązania mające na celu zapobieganie wspomnianym problemom. Jedna z metod, która w tym pomaga, wykorzystuje modele symulujące warunki fizjologiczne ludzkiego układu pokarmowego w warunkach in...
-
Investigation of Protein Folding by Coarse-Grained Molecular Dynamics with the UNRES Force Field
Publication -
Physics-Based Potentials for the Coupling between Backbone- and Side-Chain-Local Conformational States in the United Residue (UNRES) Force Field for Protein Simulations
Publication -
UNRES-Dock—protein–protein and peptide–protein docking by coarse-grained replica-exchange MD simulations
Publication -
Coarse-Grained Models of Proteins: Theory and Applications
Publication -
Parametrization of Backbone−Electrostatic and Multibody Contributions to the UNRES Force Field for Protein-Structure Prediction from Ab Initio Energy Surfaces of Model Systems
Publication -
Optimization of the UNRES Force Field by Hierarchical Design of the Potential-Energy Landscape. 2. Off-Lattice Tests of the Method with Single Proteins
Publication -
Improved conformational space annealing method to treat β-structure with the UNRES force-field and to enhance scalability of parallel implementation
Publication -
Reply to “Comment on ‘Molecular Origin of Anticooperativity in Hydrophobic Association'”
Publication -
Local and long range potentials for heparin‐protein systems for coarse‐grained simulations
Publication -
Bilans ekonomiczny produkcji biopaliwa rzepakowego (biodiesla) w indywidualnym gospodarstwie rolnym
PublicationEstry metylowe oleju rzepakowego (ang. RME - Rapeseed Methyl Esters), znane szerzej jako biopaliwo rzepakowe lub biodiesel są alternatywnym paliwem służącym do zasilania silników z zapłonem samoczynnym (silników Diesla). Uzyskuje się je w wyniku reakcji transestryfikacji oleju rzepakowego za pomocą metanolu w obecności alkalicznego katalizatora, czego wynikiem jest mieszanina, rozdzielająca się po pewnym czasie na warstwę estrową...
-
Reaktory elektrochemiczne w przemyśle - konstrukcja i zastosowania
PublicationZ biegiem lat reakcje elektrochemiczne przestały być postrzegane jedynie jako eksperymenty laboratoryjne lub proste baterie. Chociaż mechanizm reakcji i budowa prostych reaktorów znana jest ludzkości już od ponad 100 lat w ostatnich latach można zauważyć największy wzrost zainteresowania tą dziedziną. Nowy stale opracowywane są lepsze projekty budowy reaktorów. Modyfikacje to nie tylko rodzaje i formy materiałów, z których wykonane...
-
Dynamic Formation and Breaking of Disulfide Bonds in Molecular Dynamics Simulations with the UNRES Force Field
Publication -
1.21 Computation of Structure, Dynamics, and Thermodynamics of Proteins
Publication -
Prediction of Protein Structure by Template-Based Modeling Combined with the UNRES Force Field
Publication -
Optimization of the UNRES Force Field by Hierarchical Design of the Potential-Energy Landscape. 1. Tests of the Approach Using Simple Lattice Protein Models
Publication -
Role of the sulfur to α-carbon thioether bridges in thurincin H
Publication -
Chemoinformatics Methods for Studying Biomolecules
Publication -
Theory and Practice of Coarse-Grained Molecular Dynamics of Biologically Important Systems
Publication -
Conformational studies of cyclic enkephalin analogues withL- orD-proline in position 3
Publication -
Prediction of protein structure with the coarse-grained UNRES force field assisted by small X-ray scattering data and knowledge-based information
Publication -
Implementation of Molecular Dynamics and Its Extensions with the Coarse-Grained UNRES Force Field on Massively Parallel Systems: Toward Millisecond-Scale Simulations of Protein Structure, Dynamics, and Thermodynamics
Publication -
Towards temperature-dependent coarse-grained potentials of side-chain interactions for protein folding simulations. I: Molecular dynamics study of a pair of methane molecules in water at various temperatures
Publication -
Potential of Mean Force of Hydrophobic Association: Dependence on Solute Size
Publication -
Extension of the UNRES Coarse-Grained Force Field to Membrane Proteins in the Lipid Bilayer
Publication -
Simple Physics-Based Analytical Formulas for the Potentials of Mean Force for the Interaction of Amino Acid Side Chains in Water. IV. Pairs of Different Hydrophobic Side Chains
Publication -
Theoretical Investigation of the Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19) Infection Mechanism and Selectivity
Publication -
Recent Developments in Data-Assisted Modeling of Flexible Proteins
PublicationMany proteins can fold into well-defined conformations. However, intrinsically-disordered proteins (IDPs) do not possess a defined structure. Moreover, folded multi-domain proteins often digress into alternative conformations. Collectively, the conformational dynamics enables these proteins to fulfill specific functions. Thus, most experimental observables are averaged over the conformations that constitute an ensemble. In this...
-
Miejsca ekspozycji w przestrzeni publicznej miasta. IV generacja rozwoju
PublicationPrzestrzeń publiczna miasta, a zwłaszcza te jej obszary, które do niedawna nie były kojarzone z działaniami wystawienniczymi, jest coraz częściej wykorzystywana jako miejsce ekspozycji sztuki. Efektem organizowania wydarzeń artystycznych i quasi-artystycznych jest odnajdywanie niezauważanych czy też celowo niedostrzeganych rejonów miasta. Wprowadzanie do przestrzeni nowej, ekspozycyjnej funkcji sprawia, że następuje jej ożywienie....
-
Processing and properties of Al-Si-Fe-Cr in situ composites
PublicationPraca jest kontynuacją badań nad wytwarzaniem tanich kompozytów in situ o osnowie stopu Al-Si wzmocnionego związkami międzymetalicznymi Al-Fe-Si lub Al-Fe-Cr-Si, otrzymanych poprzez reakcję ciekłego stopu Al (Al-Si11, Al-Si25) z proszkiem Fe lub Cr. Żelazo zostało wybrane ze względu na niską cenę, niską temperaturę wytwarzania, wysoką reaktywność z Al i heksagonalną sieć krystalograficzną związku Al-Fe-Si, co sprzyja tworzeniu...
-
Effect of Maximal Apnoea Easy-Going and Struggle Phases on Subarachnoid Width and Pial Artery Pulsation in Elite Breath-Hold Divers
PublicationPurpose: The aim of the study was to assess changes in subarachnoid space width (sas-TQ), the marker of intracranial pressure (ICP), pial artery pulsation (cc-TQ) and cardiac contribution to blood pressure (BP), cerebral blood flow velocity (CBFV) and cc-TQ oscillations throughout the maximal breath hold in elite apnoea divers. Non-invasive assessment of sas-TQ and cc-TQ became possible due to recently developed method based on...
-
Comment on “Anti-cooperativity in hydrophobic interactions: A simulation study of spatial dependence of three-body effects and beyond” [J. Chem. Phys. 115, 1414 (2001)]
Publication -
Molecular simulation study of cooperativity in hydrophobic association
Publication -
Erratum to “Molecular simulation study of cooperativity in hydrophobic association: clusters of four hydrophobic particles” [Biophys. Chem. 105 (2003) 339–359]
Publication -
Studies on novel BiyXz-TiO2/SrTiO3 composites: Surface properties and visible light-driven photoactivity
PublicationA series of novel BiyXz-TiO2/SrTiO3 composites were prepared by multistep synthesis route. The asprepared photocatalysts were characterized by scanning electron microscopy (SEM), X-ray diffraction (XRD), X-ray photoelectron spectroscopy (XPS), diffuse reflectance spectroscopy (DRS), Fourier transform infrared (FT-IR), Raman spectra and BET analysis. The photocatalytic activity test was performed in aqueous solution of phenol under...
-
A method for optimizing potential-energy functions by a hierarchical design of the potential-energy landscape: Application to the UNRES force field
Publication -
Simple Physics-Based Analytical Formulas for the Potentials of Mean Force for the Interaction of Amino Acid Side Chains in Water. 3. Calculation and Parameterization of the Potentials of Mean Force of Pairs of Identical Hydrophobic Side Chains
Publication -
Współpraca w inicjatywach klastrowych. Rola bliskości w rozwoju powiązań kooperacyjnych
PublicationPodjęty w niniejszej publikacji problem badawczy dotyczy rozwoju powiązań kooperacyjnych w inicjatywach klastrowych. Chęć eksploracji obszaru współpracy w inicjatywach klastrowych wynikała z niedostatecznego rozpoznania i słabego opisania w literaturze przedmiotu problematyki dotyczącej rozwoju współpracy w inicjatywach klastrowych, a także ze słabości wielu inicjatyw klastrowych działających w Polsce, w których nie rozwinęły się...
-
Use of Restraints from Consensus Fragments of Multiple Server Models To Enhance Protein-Structure Prediction Capability of the UNRES Force Field
Publication -
Modification and Optimization of the United-Residue (UNRES) Potential Energy Function for Canonical Simulations. I. Temperature Dependence of the Effective Energy Function and Tests of the Optimization Method with Single Training Proteins
Publication -
Ergodicity and model quality in template-restrained canonical and temperature/Hamiltonian replica exchange coarse-grained molecular dynamics simulations of proteins
Publication -
Computer modeling of the solution conformation of cyclic enkephalins
Publication -
Can cooperativity in hydrophobic association be reproduced correctly by implicit solvation models?
Publication -
Optimization of the UNRES Force Field by Hierarchical Design of the Potential-Energy Landscape. 3. Use of Many Proteins in Optimization
Publication -
The photophysics of β-homo-tyrosine and its simple derivatives
Publication -
Simulation of the Opening and Closing of Hsp70 Chaperones by Coarse-Grained Molecular Dynamics
Publication -
Multiple β-sheet molecular dynamics of amyloid formation from two ABl-SH3 domain peptides
Publication