Wyszukiwarka
Explicit solvent repulsive scaling replica exchange molecular dynamics ( RS‐REMD ) in molecular modeling of protein‐glycosaminoglycan complexes
Abstrakt
Glycosaminoglcyans (GAGs), linear anionic periodic polysaccharides, are crucial for many biologically relevant functions in the extracellular matrix. By interacting with proteins GAGs mediate processes such as cancer development, cell proliferation and the onset of neurodegenerative diseases. Despite this eminent importance of GAGs, they still represent a limited focus for the computational community in comparison to other classes of biomolecules. Therefore, there is a lack of modeling tools designed specifically for docking GAGs. One has to rely on existing docking software developed mostly for small drug molecules substantially differing from GAGs in their basic physico-chemical properties. In this study, we present an updated protocol for docking GAGs based on the Repulsive Scaling Replica Exchange Molecular Dynamics (RS-REMD) that includes explicit solvent description. The use of this water model improved docking performance both in terms of its accuracy and speed. This method represents a significant computational progress in GAG-related research.
Cytowania
-
8
CrossRef
-
0
Web of Science
-
7
Scopus
Autorzy (6)
-
Mateusz Marcisz
-
Margrethe Gaardløs
-
Till Siebenmorgen
-
Martin Zachariasen
-
Sergey A. Samsonov
Cytuj jako
Pełna treść
pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach
- Opublikowano w:
-
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY
nr 43,
strony 1633 - 1640,
ISSN: 0192-8651 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2022
- Opis bibliograficzny:
- Marcisz M., Gaardløs M., Bojarski K., Siebenmorgen T., Zachariasen M., Samsonov S. A.: Explicit solvent repulsive scaling replica exchange molecular dynamics ( RS‐REMD ) in molecular modeling of protein‐glycosaminoglycan complexes// JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY -Vol. 43,iss. 24 (2022), s.1633-1640
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1002/jcc.26965
- Źródła finansowania:
-
- Publikacja bezkosztowa
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 88 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Albumin–Hyaluronan Interactions: Influence of Ionic Composition Probed by Molecular Dynamics
- P. Bełdowski,
- M. Przybyłek,
- P. Raczyński
- + 6 autorów