Wyszukiwarka
UNRES-GPU for Physics-Based Coarse-Grained Simulations of Protein Systems at Biological Time- and Size-Scales
Abstrakt
The dynamics of the virus like particles (VLPs) corresponding to the GII.4 Houston, GII.2 SMV, and GI.1 Norwalk strains of human noroviruses (HuNoV) that cause gastroenteritis was investigated by means of long-time (about 30 μs in the laboratory timescale) molecular dynamics simulations with the coarse-grained UNRES force field. The main motion of VLP units turned out to be the bending at the junction between the P1 subdomain (that sits in the VLP shell) and the P2 subdomain (that protrudes outside) of the major VP1 protein, this resulting in a correlated wagging motion of the P2 subdomains with respect to the VLP surface. The fluctuations of the P2 subdomain were found to be more pronounced and the P2 domain made a greater angle with the normal to the VLP surface for the GII.2 strain, which could explain the inability of this strain to bind the histo-blood group antigens (HBGAs).
Cytowania
-
3
CrossRef
-
0
Web of Science
-
3
Scopus
Autorzy (8)
Cytuj jako
Pełna treść
- Wersja publikacji
- Accepted albo Published Version
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1093/bioinformatics/btad391
- Licencja
-
otwiera się w nowej karcie
Słowa kluczowe
Informacje szczegółowe
- Kategoria:
- Publikacja w czasopiśmie
- Typ:
- artykuły w czasopismach
- Opublikowano w:
-
BIOINFORMATICS
nr 39,
ISSN: 1367-4803 - Język:
- angielski
- Rok wydania:
- 2023
- Opis bibliograficzny:
- Ocetkiewicz K., Czaplewski C., Krawczyk H., Lipska A., Liwo J., Proficz J., Sieradzan A., Czarnul P.: UNRES-GPU for Physics-Based Coarse-Grained Simulations of Protein Systems at Biological Time- and Size-Scales// BIOINFORMATICS -, (2023),
- DOI:
- Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1093/bioinformatics/btad391
- Źródła finansowania:
- Weryfikacja:
- Politechnika Gdańska
wyświetlono 51 razy
Publikacje, które mogą cię zainteresować
Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse‐grained simulations to treat large proteins
- A. Sieradzan,
- J. Sans‐Duñó,
- E. Lubecka
- + 8 autorów