Wyszukiwarka
Filtry
wszystkich: 151
Najlepsze wyniki w katalogu: Potencjał Badawczy Pokaż wszystkie wyniki (110)
Wyniki wyszukiwania dla: PROTEINS, DATA-ASSISTED MODELING, CONFORMATIONAL ENSEMBLES, NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, SMALL-ANGLE X-RAY SCATTERING, CHEMICAL CROSS-LINKING COUPLED WITH MASS SPECTROSCOPY, MOLECULAR DYNAMICS, COARSE GRAINING
-
Katedra Technologii Leków i Biochemii
Potencjał BadawczyRacjonalne projektowanie, synteza i badanie właściwości biologicznych nowych związków o działaniu przeciwnowotworowym lub przeciwgrzybowym
-
Zespół Katedry Fizyki Teoretycznej i Informatyki Kwantowej
Potencjał BadawczyPrace naukowe prowadzone w Katedrze dotyczą współczesnych zagadnień fizyki teoretycznej i informatyki kwantowej. W ramach współpracy międzynarodowej stworzony został w Katedrze program komputerowy umożliwiający obliczanie relatywistycznych przejść w atomach i jonach. Jego celem jest dostarczenie danych atomowych potrzebnych do interpretacji pomiarów plazmy astrofizycznej i laboratoryjnej. Dane atomowe obejmują nie tylko siły oscylatorów...
-
KatedrA Chemii Fizycznej
Potencjał Badawczy1.Termodynamika i struktura roztworów, oddziaływania międzycząsteczkowe w roztworach - badania termodynamiczne, spektroskopowe i teoretyczne. 2. Fizykochemiczne podstawy analizy środowiskowej.
Najlepsze wyniki w katalogu: Oferta Biznesowa Pokaż wszystkie wyniki (41)
Wyniki wyszukiwania dla: PROTEINS, DATA-ASSISTED MODELING, CONFORMATIONAL ENSEMBLES, NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, SMALL-ANGLE X-RAY SCATTERING, CHEMICAL CROSS-LINKING COUPLED WITH MASS SPECTROSCOPY, MOLECULAR DYNAMICS, COARSE GRAINING
-
Laboratorium Syntezy Innowacyjnych Materiałów i Elementów
Oferta BiznesowaZespół specjalistycznych urządzeń pozwala dokonywać syntezy diamentu mikro- i nanokrystalicznego oraz diamentu domieszkowanego borem i azotem do zastosowań w optoelektronice oraz nanosensoryce. Domieszkowany borem nanodiament (BDD) jest obecnie najwydajniejszym materiałem półprzewodnikowym do zastosowania w wytwarzaniu biosensorów elektrochemicznych. Laboratorium może otrzymywać ciągłe cienkie polikrystaliczne, domieszkowane elektrody...
-
Laboratorium Nanomateriałów CZT
Oferta BiznesowaBadanie właściwość powierzchni z wykorzystaniem mikroskopu sił atomowych
-
Laboratorium Fizyki Zderzeń Elektronowych
Oferta BiznesowaBadania oddziaływań nisko- i średnio-energetycznych elektronów z atomami i drobinami wieloatomowymi w różnych stanach skupienia
Pozostałe wyniki Pokaż wszystkie wyniki (5735)
Wyniki wyszukiwania dla: PROTEINS, DATA-ASSISTED MODELING, CONFORMATIONAL ENSEMBLES, NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, SMALL-ANGLE X-RAY SCATTERING, CHEMICAL CROSS-LINKING COUPLED WITH MASS SPECTROSCOPY, MOLECULAR DYNAMICS, COARSE GRAINING
-
Recent Developments in Data-Assisted Modeling of Flexible Proteins
PublikacjaMany proteins can fold into well-defined conformations. However, intrinsically-disordered proteins (IDPs) do not possess a defined structure. Moreover, folded multi-domain proteins often digress into alternative conformations. Collectively, the conformational dynamics enables these proteins to fulfill specific functions. Thus, most experimental observables are averaged over the conformations that constitute an ensemble. In this...
-
A coarse‐grained approach to NMR ‐data‐assisted modeling of protein structures
PublikacjaThe ESCASA algorithm for analytical estimation of proton positions from coarse-grained geometry developed in our recent work has been implemented in modeling protein structures with the highly coarse-grained UNRES model of polypeptide chains (two sites per residue) and nuclear magnetic resonance (NMR) data. A penalty function with the shape of intersecting gorges was applied to treat ambiguous distance restraints, which automatically...
-
ESCASA : Analytical estimation of atomic coordinates from coarse‐grained geometry for nuclear‐magnetic‐resonance ‐assisted protein structure modeling. I. Backbone and Hβ protons
PublikacjaA method for the estimation of coordinates of atoms in proteins from coarse-grained geometry by simple analytical formulas (ESCASA), for use in nuclear-magnetic-resonance (NMR) data-assisted coarse-grained simulations of proteins is proposed. In this paper, the formulas for the backbone Hα and amide (HN) protons, and the side-chain Hβ protons, given the Cα-trace, have been derived and parameterized, by using the interproton distances...
-
Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions
PublikacjaIn this paper we report the improvements and extensions of the UNRES server (https://unres-server.chem.ug.edu.pl) for physics-based simulations with the coarse-grained UNRES model of polypeptide chains. The improvements include the replacement of the old code with the recently optimized one and adding the recent scale-consistent variant of the UNRES force field, which performs better in the modeling of proteins with the β and the...
-
Modeling protein structures with the coarse-grained UNRES force field in the CASP14 experiment
PublikacjaThe UNited RESidue (UNRES) force field was tested in the 14th Community Wide Experiment on the Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction (CASP14), in which larger oligomeric and multimeric targets were present compared to previous editions. Three prediction modes were tested (i) ab initio (the UNRES group), (ii) contact-assisted (the UNRES- contact group), and (iii) template-assisted (the UNRES-template...