Wyszukiwarka
Filtry
wszystkich: 110
Najlepsze wyniki w katalogu: Potencjał Badawczy Pokaż wszystkie wyniki (88)
Wyniki wyszukiwania dla: coarse graining, data-assisted molecular modeling, nuclear magnetic resonance, proteins
-
Katedra Technologii Leków i Biochemii
Potencjał BadawczyRacjonalne projektowanie, synteza i badanie właściwości biologicznych nowych związków o działaniu przeciwnowotworowym lub przeciwgrzybowym
-
Zespół Katedry Fizyki Atomowej, Molekularnej i Optycznej
Potencjał BadawczyKatedra Fizyki Atomowej, Molekularnej i Optycznej specjalizuje się w badaniach naukowych w zakresie: * fizyki zderzeń elektronowych * teoretycznej fizyki atomowej i molekularnej * doświadczalnej optyki kryształów
-
Zespół Fizyki Ciała Stałego
Potencjał BadawczyTematyka badawcza Katedry Fizyki Ciała Stałego obejmuje wytwarzanie i badanie materiałów dla energetyki (m.in. nanostruktury, sensory) o innowacyjnych właściwościach fizyko-chemicznych, tj: * kryształy, polikryształy, ceramika, szkło * materiały objętościowe, cienkie warstwy, nanomateriały * materiały metaliczne, półprzewodnikowe, nadprzewodnikowe, izolatory Tematyka badawcza obejmuje również badania symulacyjne i obliczeniowe...
Najlepsze wyniki w katalogu: Oferta Biznesowa Pokaż wszystkie wyniki (22)
Wyniki wyszukiwania dla: coarse graining, data-assisted molecular modeling, nuclear magnetic resonance, proteins
-
Laboratorium Syntezy Innowacyjnych Materiałów i Elementów
Oferta BiznesowaZespół specjalistycznych urządzeń pozwala dokonywać syntezy diamentu mikro- i nanokrystalicznego oraz diamentu domieszkowanego borem i azotem do zastosowań w optoelektronice oraz nanosensoryce. Domieszkowany borem nanodiament (BDD) jest obecnie najwydajniejszym materiałem półprzewodnikowym do zastosowania w wytwarzaniu biosensorów elektrochemicznych. Laboratorium może otrzymywać ciągłe cienkie polikrystaliczne, domieszkowane elektrody...
-
Laboratorium Badawcze 2-3
Oferta BiznesowaObliczenia komputerowe wymagające dużych mocy obliczeniowych z wykorzystaniem oprogramowania typu: Matlab, Tomlab, Gams, Apros.
-
Superkomputer Tryton
Oferta BiznesowaObliczenia dużej skali, Wirtualna infrastruktura w chmurze (IaaS), Analiza danych (big data)
Pozostałe wyniki Pokaż wszystkie wyniki (124)
Wyniki wyszukiwania dla: coarse graining, data-assisted molecular modeling, nuclear magnetic resonance, proteins
-
ESCASA : Analytical estimation of atomic coordinates from coarse‐grained geometry for nuclear‐magnetic‐resonance ‐assisted protein structure modeling. I. Backbone and Hβ protons
PublikacjaA method for the estimation of coordinates of atoms in proteins from coarse-grained geometry by simple analytical formulas (ESCASA), for use in nuclear-magnetic-resonance (NMR) data-assisted coarse-grained simulations of proteins is proposed. In this paper, the formulas for the backbone Hα and amide (HN) protons, and the side-chain Hβ protons, given the Cα-trace, have been derived and parameterized, by using the interproton distances...
-
A coarse‐grained approach to NMR ‐data‐assisted modeling of protein structures
PublikacjaThe ESCASA algorithm for analytical estimation of proton positions from coarse-grained geometry developed in our recent work has been implemented in modeling protein structures with the highly coarse-grained UNRES model of polypeptide chains (two sites per residue) and nuclear magnetic resonance (NMR) data. A penalty function with the shape of intersecting gorges was applied to treat ambiguous distance restraints, which automatically...
-
Nuclear Magnetic Resonance data for the synthesis of esterase cleavable antifungal conjugates containing fatty acids as molecular carriers
Dane BadawczeNMR data for novel organic compounds - conjugates composed of C2-18 fatty acid (FA) residues as a molecular carrier and 5-fluorocytosine (5-FC) as an active agent, released upon the action of intracellular esterases on the ester bond between FA and “trimethyl lock” intramolecular linker.
-
Recent Developments in Data-Assisted Modeling of Flexible Proteins
PublikacjaMany proteins can fold into well-defined conformations. However, intrinsically-disordered proteins (IDPs) do not possess a defined structure. Moreover, folded multi-domain proteins often digress into alternative conformations. Collectively, the conformational dynamics enables these proteins to fulfill specific functions. Thus, most experimental observables are averaged over the conformations that constitute an ensemble. In this...
-
Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions
PublikacjaIn this paper we report the improvements and extensions of the UNRES server (https://unres-server.chem.ug.edu.pl) for physics-based simulations with the coarse-grained UNRES model of polypeptide chains. The improvements include the replacement of the old code with the recently optimized one and adding the recent scale-consistent variant of the UNRES force field, which performs better in the modeling of proteins with the β and the...