Filtry
wszystkich: 120
Najlepsze wyniki w katalogu: Potencjał Badawczy Pokaż wszystkie wyniki (96)
Wyniki wyszukiwania dla: coarse graining, molecular dynamics, openmp, parallel algorithms, unres
-
Architektura Systemów Komputerowych
Potencjał BadawczyGłówną tematyką badawczą podejmowaną w Katedrze jest rozwój architektury aplikacji i systemów komputerowych, w szczególności aplikacji i systemów równoległych i rozproszonych. "Architecture starts when you carefully put two bricks together" - stwierdza niemiecki architekt Ludwig Mies von der Rohe. W przypadku systemów komputerowych dotyczy to nie cegieł, a modułów sprzętowych lub programowych. Przez architekturę systemu komputerowego...
-
Zespół Algorytmów i Modelowania Systemów
Potencjał BadawczyStudiowanie problemów i modeli teoriografowych ma na celu badanie złożoności obliczeniowej uogólnień problemu klasycznego kolorowania wierzchołków i krawędzi grafu znajdujących zastosowania w modelowaniu praktycznych problemów oraz badanie nowych miar oceny skuteczności algorytmów. W zakresie szeregowania zadań badania koncentrują się na konstrukcji harmonogramów optymalnych z punktu widzenia długości harmonogramu i średniego czasu...
-
Katedra Technologii Leków i Biochemii
Potencjał BadawczyRacjonalne projektowanie, synteza i badanie właściwości biologicznych nowych związków o działaniu przeciwnowotworowym lub przeciwgrzybowym
Najlepsze wyniki w katalogu: Oferta Biznesowa Pokaż wszystkie wyniki (24)
Wyniki wyszukiwania dla: coarse graining, molecular dynamics, openmp, parallel algorithms, unres
-
Superkomputer Tryton
Oferta BiznesowaObliczenia dużej skali, Wirtualna infrastruktura w chmurze (IaaS), Analiza danych (big data)
-
Laboratorium Badawcze 2-3
Oferta BiznesowaObliczenia komputerowe wymagające dużych mocy obliczeniowych z wykorzystaniem oprogramowania typu: Matlab, Tomlab, Gams, Apros.
-
Środowiskowe Laboratorium Technologii Bezprzewodowych
Oferta BiznesowaŚrodowiskowe Laboratorium Technologii Bezprzewodowych powstało w ramach realizacji projektu CZT Centrum Zaawansowanych Technologii POMORZE i mieści się w Katedrze Inżynierii Mikrofalowej i Antenowej na Wydziale Elektroniki, Telekomunikacji i Informatyki Politechniki Gdańskiej. Laboratorium zostało wyposażone w specjalistyczne zaplecze aparaturowe, które w połączeniu z kompetencjami naukowymi i technologicznymi kadry pozwala na...
Pozostałe wyniki Pokaż wszystkie wyniki (465)
Wyniki wyszukiwania dla: coarse graining, molecular dynamics, openmp, parallel algorithms, unres
-
Implementation of Molecular Dynamics and Its Extensions with the Coarse-Grained UNRES Force Field on Massively Parallel Systems: Toward Millisecond-Scale Simulations of Protein Structure, Dynamics, and Thermodynamics
Publikacja -
Optimization of parallel implementation of UNRES package for coarse‐grained simulations to treat large proteins
PublikacjaWe report major algorithmic improvements of the UNRES package for physics-based coarse-grained simulations of proteins. These include (i) introduction of interaction lists to optimize computations, (ii) transforming the inertia matrix to a pentadiagonal form to reduce computing and memory requirements, (iii) removing explicit angles and dihedral angles from energy expressions and recoding the most time-consuming energy/force terms...
-
Improvements and new functionalities of UNRES server for coarse-grained modeling of protein structure, dynamics, and interactions
PublikacjaIn this paper we report the improvements and extensions of the UNRES server (https://unres-server.chem.ug.edu.pl) for physics-based simulations with the coarse-grained UNRES model of polypeptide chains. The improvements include the replacement of the old code with the recently optimized one and adding the recent scale-consistent variant of the UNRES force field, which performs better in the modeling of proteins with the β and the...
-
Investigation of Protein Folding by Coarse-Grained Molecular Dynamics with the UNRES Force Field
Publikacja -
Assessment of OpenMP Master–Slave Implementations for Selected Irregular Parallel Applications
PublikacjaThe paper investigates various implementations of a master–slave paradigm using the popular OpenMP API and relative performance of the former using modern multi-core workstation CPUs. It is assumed that a master partitions available input into a batch of predefined number of data chunks which are then processed in parallel by a set of slaves and the procedure is repeated until all input data has been processed. The paper experimentally...