Year 2014

• Evolution of Animats Following a Moving Target in an Artificial Ecosystem

  Publication

  • J. Erdei
  • B. Wróbel

  - Year 2014

  Many biological animals, even microscopically small, are able to track moving sources of food. In this paper, we investigate the emergence of such behavior in artificial animals (animats) in a 2-dimensional simulated liquid environment. These "predators" are controlled by evolving artificial gene regulatory networks encoded in linear genomes. The fate of the predators is determined only by their ability to gather food and reproduce—no...

  Full text to download in external service

Year 2013

• Evolution of artificial single-cell organisms foraging for resources in a 3-dimensional environment

  Publication

  • J. Erdei
  • M. Joachimczak
  • B. Wróbel

  - Year 2013

  Foraging for resources is a simple cognitive task that even one-celled biological organisms can ac- complish. We present an Artificial Life system in which artificial unicellular organisms (animats) forage for food in a 3-dimensional simulated liquid environment. The movement of animats is controlled by evolving artificial gene regulatory networks encoded in linear genomes. When an animat consumes enough food, it produces offspring...

• Evolving gene regulatory networks controlling foraging strategies of prey and predators in an artificial ecosystem

  Publication

  • J. Erdei
  • M. Joachimczak
  • B. Wróbel

  - Year 2013

  Co-evolution of predators and prey is an example of an evolutionary arms race, leading in nature to selective pressures in positive feedback. We introduce here an artificial life ecosystem in which such positive feedback can emerge. This ecosystem consists of a 2-dimensional liquid environment and animats controlled by evolving artificial gene regulatory networks encoded in linear genomes. The genes in the genome encode chemical...

Year 2012

• Evolution of chemotaxis in single-cell artificial organisms

  Publication

  • J. Erdei
  • M. Joachimczak
  • B. Wróbel

  - Year 2012

  The model of a liquid two-dimensional environment, which is based on physics of diffusion, allows us to simulate the diffusion of morphogenes. Artificial organisms move using a chemotaxis reacting to concentration difference. Organisms are controlled by a gene regulatory network coded in a linear genome and reproduce by division. We made a lot of experiments presenting organisms’ behaviour in various environment conditions. We...

• TreeCmp: Comparison of Trees in Polynomial Time

  Publication

  • D. Bogdanowicz
  • K. Giaro
  • B. Wróbel

  - Evolutionary Bioinformatics - Year 2012

  Metryki filogenetyczne umożliwiają ocenę jakości wyników analizy filogenetycznej oraz wiarygodności algorytmów przeprowadzających taką analizę. Aplikacja TreeCmp oferuje efektywne, wielomianowe implementacje ośmiu takich metryk (dla drzew nieukorzenionych i zawierających korzeń) zdefiniowanych dla dowolnych filogenez (nie koniecznie binarnych). Program ten jako pierwszy umożliwia wyznaczanie nowych metryk, definiowanych w oparciu...

  Full text available to download

Year 2011

• Ewolucja chemotaksji organizmów jednokomórkowych w dwuwymiarowym środowisku

  Publication

  • J. Erdei
  • M. Joachimczak
  • B. Wróbel

  - Zeszyty Naukowe Wydziału ETI Politechniki Gdańskiej. Technologie Informacyjne - Year 2011

  Opracowany przez nas model środowiska oparty jest na fizyce dyfuzji płynów i umożliwia symulację dyfuzji morfogenów. Sztuczne organizmy w tym środowisku wykazują chemotaksję: poruszają się reagując na zmianę stężenia substancji chemicznych. Organizm sterowany jest za pomocą sieci genowej kodowanej w liniowym genomie. Organizmy rozmnażają się przez podział. Przeprowadziliśmy szereg doświadczeń pozwalających na obserwację zachowania...

Year 2010

• Tetracycline and ampicillin resistance of Escherichia coli strains of surface water origin: the potential for horizontal transfer of resistance genes = Oporność na tetracyklinę i ampicylinę szczepów Escherichia Coli wyizolowanych z wody powierzchniowej : możliwość horyzontalnego przenoszenia genów oporności

  Publication

  • A. Łuczkiewicz
  • E. Kotlarska
  • K. Jankowska
  • B. Wróbel
  • K. Olańczuk-Neyman

  - Year 2010

  The aim of this preliminary study was to assess the occurrence and molecular diversity of tetracycline and ampicillin resistance genes carried by Escherichia coli present in surface water. Bacterial strains were isolated from two watercourses (the Reda River and the Oliwski Stream) that influence the quality of coastal waters in the Gdańsk Bay (Northern Poland) by direct discharge. The bacterial drug susceptibility, tested against...