Abstract

Celem pracy było zbadanie właściwości wody solwatacyjnej wokół domeny motorycznej kinezyny oraz pomiędzy kinezyną a dimerem tubulinowym. Ponadto, analizowany był wpływ rozpuszczalnika na siłę generowaną przez szyjkę łącznikową kinezyny. Dane otrzymane zostały z użyciem symulacji komputerowych. Odkryto liniową korelację pomiędzy współczynnikami dyfuzji wody solwatacyjnej i ruchliwością sąsiadujących atomów białka. Wpływ wody na ruchliwość atomów zależał silnie od kształtu powierzchni kontaktu woda-białko. Zmiany w dynamice i strukturze wody solwatacyjnej wokół pojedynczego białka i w obszarze pomiędzy dwiema powierzchniami białkowymi wydają się mieć wiele wspólnych cech. Na wodę solwatacyjną pomiędzy białkami wpływ wywiera pole elektryczne generowane przez białka. Gęstość wody solwatacyjnej wzrasta. Wyjaśnia to dyskutowany w pracy model solwatacji, oparty na właściwościach wody czystej. Omówiono także różnice pomiędzy hydrofobową i hydrofilową solwatacją. Wiele wskazuje na to, że najważniejszym czynnikiem różnicującym oba procesy jest obecność niewielkiej pustej przestrzeni pomiędzy hydrofobową cząsteczką solwatowaną a wodą.

Author (1)