Search
Search results for: genotypowanie
-
Molecular typing of Staphylococcus aureus isolated from cows with mastitis in the east of Poland on the basis of polymorphism of genes coding protein A and coagulase
PublicationPolimorfizm genów kodujących białko A i koagulazę wykorzystano do badania zmienności genetycznej bakterii Staphylococcus aureus wyizolowanych z gruczołów mlekowych krów u których stwierdzono stan zapalny. W badanej grupie 82 szczepów wyróżniono 24 genotypy.
-
A nosocomial outbreak of Candida parapsilosis in southern Sweden verified by genotyping
PublicationIn a haematology ward, Candida parapsilosis was found in blood cultures from 4 patients within a month. As C. parapsilosis is known to have a restricted genetic diversity, a combined methodological approach was adopted to establish a possible epidemiological relationship among the isolates (n = 9). Multilocus sequence typing and random amplified polymorphic DNA analysis suggested a clonal origin of the isolates. The clonal origin...
-
PCR Melting Profile method for genotyping analysis of vancomycin-resistant Enterococcus faecium isolates from Hematological Unit patients
PublicationW ostatnich latach znacząco wzrasta liczba szczepów Enterococcus opornych na wankomycynę. Stwarzają one problemy medyczne u pacjentów skolonizowanych czy zainfekowanych tymi drobnoustrojami. W przedstawionych badaniach, określiliśmy genetyczne podobieństwo pomiędzy izolatami E. faecium VRE, pozyskiwanymi w okresie od kwietnia 2003 do kwietnia 2005 od pojedynczych pacjentów oddziału Hematologicznego Specjalistycznego Publicznego...
-
Anna Brillowska-Dąbrowska dr hab. inż.
PeopleAnna Brillowska-Dąbrowska, born in 1971 in Gdańsk, Poland, graduated in 1996 in Biotechnology from the Faculty of Chemistry, Gdańsk University of Technology (GUT). In 2001 she got her PhD, in 2013 became a DSc (habilitation). She was employed in 2004 as a researcher in Statens Serum Institut in Denmark. Currently she is an Associate Professor (adiunkt) in the Department of Molecular Biotechnology and Microbiology and Vice-dean...
-
Beata Krawczyk dr hab.
PeopleBeata Krawczyk, PhD, Professor Academic degrees, education, qualifications: B. Krawczyk earned his master degree in Biology at the University of Gdansk, Biology Faculty, in 1986, and her PhD in Molecular Biology at the University of Gdansk, Biology Faculty, in 1996. Postdoctoral degree (habilitation) in biological sciences in the discipline biology, Faculty of Natural Sciences, University of Szczecin, Szczecin, in 2009. In 2012...
-
Józef Kur prof. dr hab.
People -
Comparative studies of the Acinetobacter genus and the species identification method based on the recA sequences
PublicationZaproponowano metodę genotypowania bakterii rodzaju Acinetobacter, opartą o analizę sekwencji genów recA, amplifikację fragmentów genu recA i analizę profili fragmentów restrykcyjnych po cięciu produktów reakcji PCR enzymami restrykcyjnymi (recA PCR/RFLP). Profile RFLP otrzymane za pomocą enzymu Tsp509I są użyteczne w identyfikacji poszczególnych gatunków bakterii rodzaju Acinetobacter. Na podstawie analizy otrzymanych sekwencji...
-
Molecular epidemiology of Serratia marcescens in two hospitals in Danzig, Poland, over a 5-year period.Molecular epidemiology of Serratia marcescens in two hospitals in Gdańsk, Poland, over a 5-year period.
PublicationW pracy badano zmiany populacji Serratia marcescens w ciągu 5 lat w dwóch szpitalach klinicznych Gdańska. Posłużono się wartościami MIC, wynikami typowania genetycznego RAPD-PCR, PFGE i nową metodą ADSRRS-fingerprinting oraz analizą beta-laktamaz o rozszerzonym spektrum substratowym (ESBL). Dzięki określeniu lekowrażliwości na najnowsze antybiotyki beta-laktamowe wykryto fenotypy wykazujące derepresję cefalosporynazy AmpC u 23%...
-
PCR amplification with primers based on IS2404 and GC-rich repeated sequence reveals polymorphism in Mycobacterium ulcerans
PublicationOpracowano prostą w wykonaniu metodę genotypowania szczepów bakterii z gatunku Mycobacterium ulcerans. Polimorfizm genetyczny 32 badanych izolatów Mycobacterium ulcerans odzwierciedla ich geograficzne pochodzenie z rejonów Afryki Centralnej, Ameryki Południowej i Łacińskiej, Azji Południowo-Wschodniej, Malezji oraz Australii.
-
Techniki biologii molekularnej w badaniach epidemiologicznych zakażeń szpitalnych
PublicationPrzedstawiono przegląd i porównanie kilku najczęściej stosowanych technik genotypowania mikroorganizmów, uwzględniając molekularne podstawy metod, ich powtarzalność, siłę różnicowania, łatwość i koszt użycia. Pozwoli to zapoznać się z możliwościami klinicznego zastosowania obecnie dostępnych narzędzi molekularnego różnicowania mikroorganizmów.
-
PCR-Based Genotyping of Mycobacterium tuberculosis with New GC-Rich Repeated Sequences and IS6110 Inverted Repeats Used as Primers.
PublicationW pracy przedstawiono nową metodę genotypowania Mycobacterium tuberculosis. Zastosowanie oligonukleotydu Mtb1 5'-CCG-GCG-GGG-CCG-GCG-G lub Mtb2 5'-CGG-CGG-CAA-CGG-CGG-C wraz z oligonukleotydami specyficznymi do terminalnych sekwencji elementu insercyjnego IS6110 pozwala na różnicowanie szczepów Mycobacterium tuberculosis w metodzie PCR. Opracowana metoda może być wykorzystana w badaniach epidemiologicznych gruźlicy.
-
Evaluation of multiple genetic markers for typing drug-resistant Mycobacterium tuberculosis strains from Poland
PublicationW publikacji przedstawiono wyniki genotypowania wielolekoopornych szczepów Mycobacterium tuberculosis izolowanych od pacjentów z Polski.
-
Genotyping Techniques for Determining the Diversity of Microorganisms
PublicationTyping of microbial pathogens, or identifying bacteria at the strain level, is particularly important for diagnosis, treatment, and epidemiological surveillance of bacterial infections. This is especially the case for bacteria exhibiting high levels of antibiotic resistance or virulence, and those involved in nosocomial or pandemic infections. Strain typing also has applications in studying bacterial population dynamics. The part...
-
Fatal sepsis in a pregnant woman with pyelonephritis caused by Escherichia coli bearing Dr and P adhesins: diagnosis based on postmortem strain genotyping
PublicationW pracy został opisany pierwszy śmiertelny przypadek młodej kobiety w ciąży z powodu przewlekłego zapalenia odmiedniczkowego nerek spowodowany przez szczepy E. coli z fimbriami typu Dr + i P. Badania pośmiertne wykazały, że śmierć nastąpiła z powodu posocznicy do której doszło na skutek zakażenia szczepami E. coli Dr + . Odmiedniczkowe zapalenie nerek w ciąży jest związane z wieloma powikłaniami, w tym ograniczeniem wzrostu płodu,...
-
Retrospective analysis of genetic diversity of Klebsiella oxytoca isolated in Poland over a 50-year period.
PublicationAnaliza genetyki populacji i określenie powiązań filogenetycznych pomiędzy szczepami może być niezwykle użytecznym podejściem w określaniu rozprzestrzeniania się wzorów genetycznych różnych gatunków bakterii na potrzeby epidemiologiczne. Nie ma danych, które opisywałyby długoterminowe sytuacje epidemiologiczne powodowane przez wielolekooporne, oportunistyczne szczepy Klebsiella oxytoca metodami molekularnymi. Celem przedstawionych...
-
Evaluation of a PCR Melting Profile method for intra-species differentiation of Trichophyton rubrum and Trichophyton interdigitale
PublicationW celu identyfikacji źródła infekcji spowodowanych przez dermatofity, jak i drogi ich transmisji, istnieje potrzeba szukania nowych metod, które pozwolą na głębokie zróżnicowanie genetyczne szczepów w obrębie rodzaju. W pracy po raz pierwszy pokazano zastosowanie techniki PCR MP opartej o adaptory oligonukleotydowe i różnice w temperaturze topnienia fragmentów restrykcyjnych DNA w reakcji PCR do wewnątrzgatunkowego typowania dermatofitów....
-
Usefulness of PCR Melting Profile Method for Genotyping Analysis of Klebsiella oxytoca Isolates from Patients of a Single Hospital Unit
PublicationOpracowanie szybkich i prostych metod typowania jest wymagane w celu identyfikacji potencjalnych źródeł zakażenia ludzi drobnoustrojami oportunistycznymi. Klebsiella spp. należą do grupy bakterii oportunistycznych odpowiedzialnych za wzrost liczby wieloopornych zakażeń szpitalnych. Ostatnio pokazaliśmy wysoką różnorodność genetyczną K. oxytoca używając dużej kolekcji szczepów izolowanych przez 50 lat od pacjentów z kilku szpitali...
-
PCR melting profile (PCR MP) - a new tool for differentiation of Candida albicans strains
PublicationPo raz pierwszy przedstawiliśmy użyteczność techniki PCR MP opartej na metodzie ligacji adaptorów (LM PCR) i obniżonej temperaturze denaturacji w cyklach PCR do wewnątrzgatunkowego różnicowania szczepów Candida albicans. Przebadaliśmy 123 szczepy Candida albicans z zastosowaniem trzech metod genotypowania: PCR MP, REA-PFGE i RAPD i uzyskaliśmy odpowiednio 27, 26 i 25 unikalnych genotypów. Zaprezentowane dane pokazały, że technika...
-
Genetic features of clinical Pseudomonas aeruginosa strains
PublicationW grupie 62 izolatów klinicznych sprawdzono obecność 6 wybranych czynnikow wirulencji. We wcześniejszych badaniach z wykorzystaniem techniki ERIC - PCR wykazano, że w analizowanej grupie 49 (79%) to szczepy, o dużum podobieństwie genetycznym (ponad 62%), każdy z pozostałych 13 izolatów zaliczono do osobnego genotypu, o zdecydownie niższym stopniu pokrewieństwa. W przypadku wszystkich 49 szczepów z pierwszej grupy stwierdzono obecność...
-
ADSRRS-fingerprinting and PCR MP techniques for studies of intraspecies genetic relatedness in Staphylococcus aureus
PublicationW pracy pokazano użyteczność dwóch nowych metod do typowania molekularnego Staphylococcus aureus, ADSRRS-fingerprinting (Amplification of DNA fragments Surrounding Rare Restriction Sites) i PCR MP (PCR melting profile). Przebadano 37 szczepów Staphylococcus aureus izolowanych od pacjentów z czyracznością. Jako metodę referencyjną zastosowano REA-PFGE. Okazało się, że izolaty Staphylococcus aureus z nosa od niektórych pacjentów...