Modeling SARS‐CoV‐2 proteins in the CASP‐commons experiment - Publikacja - MOST Wiedzy

Wyszukiwarka

Modeling SARS‐CoV‐2 proteins in the CASP‐commons experiment

Abstrakt

Critical Assessment of Structure Prediction (CASP) is an organization aimed at advancing the state of the art in computing protein structure from sequence. In the spring of 2020, CASP launched a community project to compute the structures of the most structurally challenging proteins coded for in the SARS-CoV-2 genome. Forty-seven research groups submitted over 3000 three-dimensional models and 700 sets of accuracy estimates on 10 proteins. The resulting models were released to the public. CASP community members also worked together to provide estimates of local and global accuracy and identify structure-based domain boundaries for some proteins. Subsequently, two of these structures (ORF3a and ORF8) have been solved experimentally, allowing assessment of both model quality and the accuracy estimates. Models from the AlphaFold2 group were found to have good agreement with the experimental structures, with main chain GDT_TS accuracy scores ranging from 63 (a correct topology) to 87 (competitive with experiment).

Cytowania

  • 2 2

    CrossRef

  • 0

    Web of Science

  • 1 6

    Scopus

Autorzy (89)

  • Zdjęcie użytkownika  Andriy Kryshtafovych

    Andriy Kryshtafovych

  • Zdjęcie użytkownika  John Moult

    John Moult

  • Zdjęcie użytkownika  Wendy M. Billings

    Wendy M. Billings

  • Zdjęcie użytkownika  Dennis Della Corte

    Dennis Della Corte

  • Zdjęcie użytkownika  Krzysztof Fidelis

    Krzysztof Fidelis

  • Zdjęcie użytkownika  Sohee Kwon

    Sohee Kwon

  • Zdjęcie użytkownika  Kliment Olechnovič

    Kliment Olechnovič

  • Zdjęcie użytkownika  Chaok Seok

    Chaok Seok

  • Zdjęcie użytkownika  Česlovas Venclovas

    Česlovas Venclovas

  • Zdjęcie użytkownika  Jonghun Won

    Jonghun Won

  • Zdjęcie użytkownika  Alphafold Team

    Alphafold Team

  • Zdjęcie użytkownika  Badri Adhikari

    Badri Adhikari

  • Zdjęcie użytkownika  Recep Adiyaman

    Recep Adiyaman

  • Zdjęcie użytkownika  Joaquim Aguirre-plans

    Joaquim Aguirre-plans

  • Zdjęcie użytkownika  Ivan Anishchenko

    Ivan Anishchenko

  • Zdjęcie użytkownika  Minkyung Baek

    Minkyung Baek

  • Zdjęcie użytkownika  David Baker

    David Baker

  • Zdjęcie użytkownika  Frederico Baldassarre

    Frederico Baldassarre

  • Zdjęcie użytkownika  Jacob Barger

    Jacob Barger

  • Zdjęcie użytkownika  Sutanu Bhattacharya

    Sutanu Bhattacharya

  • Zdjęcie użytkownika  Debswapna Bhattacharya

    Debswapna Bhattacharya

  • Zdjęcie użytkownika  Mor Bitton

    Mor Bitton

  • Zdjęcie użytkownika  Renzhi Cao

    Renzhi Cao

  • Zdjęcie użytkownika  Jianlin Cheng

    Jianlin Cheng

  • Zdjęcie użytkownika  Charles Christoffer

    Charles Christoffer

  • Zdjęcie użytkownika Dr hab. Cezary Czaplewski

    Cezary Czaplewski Dr hab.

  • Zdjęcie użytkownika  Zongyang Du

    Zongyang Du

  • Zdjęcie użytkownika  Arne Elofsson

    Arne Elofsson

  • Zdjęcie użytkownika  Eshel Faraggi

    Eshel Faraggi

  • Zdjęcie użytkownika  Michael Feig

    Michael Feig

  • Zdjęcie użytkownika  Narcis Fernandez-fuentes

    Narcis Fernandez-fuentes

  • Zdjęcie użytkownika  Nick Grishin

    Nick Grishin

  • Zdjęcie użytkownika  Sergei Grudinin

    Sergei Grudinin

  • Zdjęcie użytkownika  Zhiye Guo

    Zhiye Guo

  • Zdjęcie użytkownika  Yuya Hanazono

    Yuya Hanazono

  • Zdjęcie użytkownika  Demis Hassabis

    Demis Hassabis

  • Zdjęcie użytkownika  Bryce Hedelius

    Bryce Hedelius

  • Zdjęcie użytkownika  Lim Heo

    Lim Heo

  • Zdjęcie użytkownika  Naozumi Hiranuma

    Naozumi Hiranuma

  • Zdjęcie użytkownika  Cassandra Hunt

    Cassandra Hunt

  • Zdjęcie użytkownika  Ilia Igashov

    Ilia Igashov

  • Zdjęcie użytkownika  Takashi Ishida

    Takashi Ishida

  • Zdjęcie użytkownika  Robert L. Jernigan

    Robert L. Jernigan

  • Zdjęcie użytkownika  David Jones

    David Jones

  • Zdjęcie użytkownika  John Jumper

    John Jumper

  • Zdjęcie użytkownika  Maria Kadukova

    Maria Kadukova

  • Zdjęcie użytkownika  Shaun Kandathil

    Shaun Kandathil

  • Zdjęcie użytkownika  Chen Keasar

    Chen Keasar

  • Zdjęcie użytkownika  Daisuke Kihara

    Daisuke Kihara

  • Zdjęcie użytkownika  Lisa Kinch

    Lisa Kinch

  • Zdjęcie użytkownika  Yasuomi Kiyota

    Yasuomi Kiyota

  • Zdjęcie użytkownika  Andrzej Kloczkowski

    Andrzej Kloczkowski

  • Zdjęcie użytkownika  Pushmeet Kohli

    Pushmeet Kohli

  • Zdjęcie użytkownika  Mateusz Kogut

    Mateusz Kogut

  • Zdjęcie użytkownika  Elodie Laine

    Elodie Laine

  • Zdjęcie użytkownika  Cade Lilley

    Cade Lilley

  • Zdjęcie użytkownika  Jian Liu

    Jian Liu

  • Zdjęcie użytkownika  Adam Liwo

    Adam Liwo

  • Zdjęcie użytkownika  Arup Mondal

    Arup Mondal

  • Zdjęcie użytkownika  Connor J. Morris

    Connor J. Morris

  • Zdjęcie użytkownika  Liam Mcguffin

    Liam Mcguffin

  • Zdjęcie użytkownika  Alexis Molina

    Alexis Molina

  • Zdjęcie użytkownika  Tsukasa Nakamura

    Tsukasa Nakamura

  • Zdjęcie użytkownika  Baldo Oliva

    Baldo Oliva

  • Zdjęcie użytkownika  Alberto Perez

    Alberto Perez

  • Zdjęcie użytkownika  Gabriele Pozzati

    Gabriele Pozzati

  • Zdjęcie użytkownika  Daipayan Sarkar

    Daipayan Sarkar

  • Zdjęcie użytkownika  Rin Sato

    Rin Sato

  • Zdjęcie użytkownika  Torsten Schwede

    Torsten Schwede

  • Zdjęcie użytkownika  Bikash Shrestha

    Bikash Shrestha

  • Zdjęcie użytkownika  Tomer Sidi

    Tomer Sidi

  • Zdjęcie użytkownika  Gabriel Studer

    Gabriel Studer

  • Zdjęcie użytkownika  Md Hossain Shuvo

    Md Hossain Shuvo

  • Zdjęcie użytkownika  Mayuko Takeda-shitaka

    Mayuko Takeda-shitaka

  • Zdjęcie użytkownika  Yuma Takei

    Yuma Takei

  • Zdjęcie użytkownika  Genki Terashi

    Genki Terashi

  • Zdjęcie użytkownika  Kentaro Tomii

    Kentaro Tomii

  • Zdjęcie użytkownika  Yuko Tsuchiya

    Yuko Tsuchiya

  • Zdjęcie użytkownika  Kathryn Tunyasuvunakool

    Kathryn Tunyasuvunakool

  • Zdjęcie użytkownika  Bjorn Wallner

    Bjorn Wallner

  • Zdjęcie użytkownika  Tianqi Wu

    Tianqi Wu

  • Zdjęcie użytkownika  Jinbo Xu

    Jinbo Xu

  • Zdjęcie użytkownika  Yu Yamamori

    Yu Yamamori

  • Zdjęcie użytkownika  Jianyi Yang

    Jianyi Yang

  • Zdjęcie użytkownika  Lisha Ye

    Lisha Ye

  • Zdjęcie użytkownika  Chengxin Zhang

    Chengxin Zhang

  • Zdjęcie użytkownika  Yang Zhang

    Yang Zhang

  • Zdjęcie użytkownika  Wei Zheng

    Wei Zheng

Cytuj jako

Pełna treść

pełna treść publikacji nie jest dostępna w portalu

Słowa kluczowe

Informacje szczegółowe

Kategoria:
Publikacja w czasopiśmie
Typ:
artykuły w czasopismach
Opublikowano w:
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS nr 89, strony 1987 - 1996,
ISSN: 0887-3585
Język:
angielski
Rok wydania:
2021
Opis bibliograficzny:
Kryshtafovych A., Moult J., Billings W. M., Della Corte D., Fidelis K., Kwon S., Olechnovič K., Seok C., Venclovas Č., Won J., Team A., Adhikari B., Adiyaman R., Aguirre-Plans J., Anishchenko I., Baek M., Baker D., Baldassarre F., Barger J., Bhattacharya S., Bhattacharya D., Bitton M., Cao R., Cheng J., Christoffer C., Czaplewski C., Du Z., Elofsson A., Faraggi E., Feig M., Fernandez-Fuentes N., Grishin N., Grudinin S., Guo Z., Hanazono Y., Hassabis D., Hedelius B., Heo L., Hiranuma N., Hunt C., Igashov I., Ishida T., Jernigan R. L., Jones D., Jumper J., Kadukova M., Kandathil S., Keasar C., Kihara D., Kinch L., Kiyota Y., Kloczkowski A., Kohli P., Kogut M., Laine E., Lilley C., Liu J., Liwo A., Lubecka E., Mondal A., Morris C. J., Mcguffin L., Molina A., Nakamura T., Oliva B., Perez A., Pozzati G., Sarkar D., Sato R., Schwede T., Shrestha B., Sidi T., Studer G., Shuvo M. H., Takeda-Shitaka M., Takei Y., Terashi G., Tomii K., Tsuchiya Y., Tunyasuvunakool K., Wallner B., Wu T., Xu J., Yamamori Y., Yang J., Ye L., Zhang C., Zhang Y., Zheng W.: Modeling SARS‐CoV‐2 proteins in the CASP‐commons experiment// PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS -Vol. 89,iss. 12 (2021), s.1987-1996
DOI:
Cyfrowy identyfikator dokumentu elektronicznego (otwiera się w nowej karcie) 10.1002/prot.26231
Weryfikacja:
Politechnika Gdańska

wyświetlono 87 razy

Publikacje, które mogą cię zainteresować

Meta Tagi