Filtry
wszystkich: 11
Najlepsze wyniki w katalogu: Potencjał Badawczy Pokaż wszystkie wyniki (9)
Wyniki wyszukiwania dla: md simulations
-
KatedrA Chemii Fizycznej
Potencjał Badawczy1.Termodynamika i struktura roztworów, oddziaływania międzycząsteczkowe w roztworach - badania termodynamiczne, spektroskopowe i teoretyczne. 2. Fizykochemiczne podstawy analizy środowiskowej.
-
Zespół Fizyki Ciała Stałego
Potencjał BadawczyTematyka badawcza Katedry Fizyki Ciała Stałego obejmuje wytwarzanie i badanie materiałów dla energetyki (m.in. nanostruktury, sensory) o innowacyjnych właściwościach fizyko-chemicznych, tj: * kryształy, polikryształy, ceramika, szkło * materiały objętościowe, cienkie warstwy, nanomateriały * materiały metaliczne, półprzewodnikowe, nadprzewodnikowe, izolatory Tematyka badawcza obejmuje również badania symulacyjne i obliczeniowe...
-
Katedra Technologii Leków i Biochemii
Potencjał BadawczyRacjonalne projektowanie, synteza i badanie właściwości biologicznych nowych związków o działaniu przeciwnowotworowym lub przeciwgrzybowym
Najlepsze wyniki w katalogu: Oferta Biznesowa Pokaż wszystkie wyniki (2)
Wyniki wyszukiwania dla: md simulations
-
Laboratorium Materiałów Polimerowych
Oferta BiznesowaLaboratorium jest wyposażone w:; • plastometr do badań wskaźnika szybkości płynięcia uplastycznionego tworzywa, ; • młot do badań udarności materiałów, ; • wtryskarkę hydrauliczną z urządzeniami peryferyjnymi wymaganymi do uruchomienia produkcji znormalizowanych próbek do badań wytrzymałościowych,; • zestaw urządzeń przetwórczo - pomiarowych;
-
Laboratorium Syntezy Innowacyjnych Materiałów i Elementów
Oferta BiznesowaZespół specjalistycznych urządzeń pozwala dokonywać syntezy diamentu mikro- i nanokrystalicznego oraz diamentu domieszkowanego borem i azotem do zastosowań w optoelektronice oraz nanosensoryce. Domieszkowany borem nanodiament (BDD) jest obecnie najwydajniejszym materiałem półprzewodnikowym do zastosowania w wytwarzaniu biosensorów elektrochemicznych. Laboratorium może otrzymywać ciągłe cienkie polikrystaliczne, domieszkowane elektrody...
Pozostałe wyniki Pokaż wszystkie wyniki (59)
Wyniki wyszukiwania dla: md simulations
-
Brownian Motion in Optical Tweezers, a Comparison between MD Simulations and Experimental Data in the Ballistic Regime
PublikacjaThe four most popular water models in molecular dynamics were studied in large-scale simulations of Brownian motion of colloidal particles in optical tweezers and then compared with experimental measurements in the same time scale. We present the most direct comparison of colloidal polystyrene particle diffusion in molecular dynamics simulations and experimental data on the same time scales in the ballistic regime. The four most...
-
UNRES-Dock—protein–protein and peptide–protein docking by coarse-grained replica-exchange MD simulations
Publikacja -
Keep It Flexible: Driving Macromolecular Rotary Motions in Atomistic Simulations with GROMACS
PublikacjaWe describe a versatile method to enforce the rotation of subsets of atoms, e.g., a protein subunit, in molecular dynamics (MD) simulations. In particular, we introduce a “flexible axis” technique that allows realistic flexible adaptions of both the rotary subunit as well as the local rotation axis during the simulation. A variety of useful rotation potentials were implemented for the GROMACS 4.5 MD package. Application to the...
-
Structural and dynamic insights on the EmrE protein with TPP+ and related substrates through molecular dynamics simulations
PublikacjaEmrE is a bacterial transporter protein that forms an anti-parallel homodimer with four transmembrane helices in each monomer. EmrE transports positively charged aromatic compounds, such as TPP+ and its derivatives. We performed molecular dynamics (MD) simulations of EmrE in complex with TPP+, MeTPP+, and MBTPP+ embedded in a membrane. The detailed molecular properties and interactions were analysed for all EmrE-ligand complexes....
-
C-1311 (Symadex), a potential anti-cancer drug, intercalates into DNA between A and G moieties. NMR-derived and MD-refined stereostructure of the d(GAGGCCTC) 2 :C-1311 complex
PublikacjaImidazoacridinone C-1311 (Symadex®) is an antitumor agent which has been recommended for Phase II clinical trials a few years ago. Previously, it was shown experimentally that during the initial stage of its action C-1311 forms stable intercalation complexes with DNA duplexes. Herein, a NMR-derived stereostructure of d(GAGGCCTC)2:C-1311 complex was reported. The ligand was found locating itself between A and G moieties, forming...