Celem działania naukowego jest poszukiwanie klinicznie istotnych szczepów Escherichia coli posiadających β-laktamazy o szerokim spektrum działania (ESBL) w środowisku wodnym, aby zrozumieć częstość ich występowania i bioróżnorodność. Projekt skupi się na metagenomowych analizach tych szczepów, w tym: (1) określenie determinant oporności; (2) fenotypowe i genetyczne typowanie izolatów; (3) sekwencjonowanie całego genomu wybranych izolatów w celu mapowania elementów genetycznych uczestniczących w nabywaniu ESBL. Bakterie będą izolowane z rzeki Łeby (woj. pomorskie) oraz z pięciu oczyszczalni ścieków obsługujących poniżej 100 000 RLM. Izolacja E. coli będzie wykonywana na podłożu chromogennym z antybiotykiem determinującym wielolekooporność ESBL. Wybrane izolaty będą analizowane molekularnie poprzez sekwencjonowanie genomowego DNA, a sekwencje będą analizowane w dostępnych bazach. Dane zostaną porównane z danymi klinicznymi w celu oceny genetycznego zróżnicowania wynikającego z presji środowiskowej. Projekt pomoże określić rolę środowiska wodnego w przenoszeniu bakterii wielolekoopornych oraz zrozumieć mechanizmy różnicowania genetycznego izolatów środowiskowych od klinicznych. Działania te wpisują się w założenia nowej Ramowej Dyrektywy Wodnej UE, która wymaga lepszego monitorowania patogenów i lekooporności. Projekt pozwoli na rozwój umiejętności Wnioskodawcy z zakresu biologii molekularnej, dzięki czemu Politechnika Gdańska pozyska specjalistę w dziedzinie molekularnej analizy lekooporności w środowisku.